Au programme de notre atelier 05 Open Geek, une séance culture générale geek (culture G2) :
Vous avez peut-être déjà passé de nombreuses heures à trier des articles au format pdf dans des fichiers de votre ordinateur et puis peiné à les retrouver ? Ou bien vous vous souvenez de journées entières consacrées à constituer votre bibliographie à la fin d’un article ou d’une thèse ? Si vous vous reconnaissez un tant soit peu dans cette description, cette séance est pour vous. Dans le cadre de la semaine du libre accès, nous vous proposons une séance spéciale sur le logiciel de gestion bibliographique libre Zotero. En effet, accéder librement à des publications est un plus indéniable, mais si c’est pour accumuler des articles dans votre fichier téléchargement, l’intérêt est drastiquement diminué.
Dans cette séance culture G2, nous ferons une introduction au logiciel Zotero. Une première découverte qui vous fera gagner du temps et vous aidera à classer vos articles mais aussi à générer en deux clics une bibliographie.
Pour les adeptes de Zotero qui souhaitent aller plus loin, nous proposons aussi de discuter de fonctionnalités plus avancées : la création de groupe partagé mais aussi le développement de nouveaux styles de citation. Une bonne façon de contribuer à votre tour à l’amélioration des services offerts par Zotero.
- venir avec un ordinateur ;
- un plus serait d'installer Zotero avant la séance. https://www.zotero.org/download/
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Samedi 29 octobre de 16h à 18h30 à La Paillasse (Paris)
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Formateurs : Célya Gruson-Daniel + Thibault de Premorel
- collecter des documents de tout type (notamment des articles scientifiques) avec leurs metadonnées (auteurs, revues, dates, etc. à partir de bases de données, d'autres sites web ou bien même des fichiers de votre ordinateur;
- organiser ces documents (références bibliographiques) dans des collections (dossiers) ;
- gérer ces références,les retrouver et les citer aisément;
- générer facilement des bibliographies ;
Le "Moto" de Zotero : Collect-Organize-Cite-Sync-Collaborate
- création d'un compte et synchronisation de votre bibliothèque en ligne;
- option de partage de votre bibliographie en ligne;
- création de groupes pour travailler à plusieurs/collaborer;
- amélioration du logiciel en contribuant (création de modules supplémentaires, traduction, ajout de style de citation) ==> culture libre
- deux options : standalone ou bien plug-in Firefox :
- Plug in Firefox : tout dans le navigateur, installation plug-in pour word et open office à faire, plus rapide, récupération pdf et accès distant;
- Standalone : application (ouverture dans une autre fenêtre), permet de travailler avec d'autres navigateurs (Chrome, Safari);
==> Pour vous aider à choisir ou bien gérer les 2 ? Quelques explications supplémentaires ici
Installation de Zotero durant la séance
Pour aller plus loin :
- Premier Pas dans Zotero : MOOCSciNum avec Alexandre Boutet Ressources en CC-BY-SA
- Tutoriel de Frédérique Flamerie (UPMC) : Zotero : gérer sa bibliographie et ses pdf: Introduction Ressources en CC-BY-NC-SA
utilisation ici du plug-in Firefox : cliquer sur le Z dans Firefox
- collections, marqueurs, recherches sauvegardées : Organisation générale
- liste des références biblio;
- détails sur chaque référence + (note et marqeurs).
Dans l'icône roue : utile pour la gestion des préférences, l'importation etc.
- Préférences : réglage général (notamment récupération des pdf ou pas : avantage de l'accès distant avec Firefox), synchronisation, style de citation etc.
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depuis une base de données (exemple HAL, Sudoc, Google Scholar) : Utilisation du bouton enregistrer dans Zotero
- importation de documents multiples ou bien d'une référence;
- possibilité de choisir différentes options d'importation;
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par une saisie manuelle (très long) via barre à outils;
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par l'identifiant du document (ISBN ou DOI) via barre à outils (très efficace);
Autres fonctions : récupération des métadonnées d'un pdf, page web et favori, importation de fichier biblio (BibTex, RIS, EndNote XML, MedLine, Web of Science, etc.)
- importation et déplacement des références (présence dans plusieurs dossiers à la fois);
- suppression des références de la collection ou bien de la bibliothèque (gestion de la corbeille).
- dossier doublon : fusion des documents
- repérage des différences entre documents
- différence entre copier ou lier soit en local sur l'ordi ou bien sur le dossier système zotero (plus pérenne mais pas accessible sur l'explorateur);
- possibilité de copier pdf ou glisser-déplacer(+MAJ) pdf;
- récupérer les metadonnées d'un pdf.
==> pour le standalone : installation et gestion avec Zotfile
- utilisation de bases de données pour importer des références
- penser à importer via l'identifiant (ISBN, DOI, etc.)
- compléter les métadonnées (au moins le type de document, l'auteur et l 'année, voire la publication et l'abstract pour les plus pointillleux…) et corriger les erreurs au fur et à mesure, doublons, etc.
Pour aller plus loin :
- Découverte de Zotero - Partie 2 : Import et gestion de références bibliographiques : MOOCSciNum avec Alexandre Boutet Ressources en CC-BY-SA
- Tutoriel de Frédérique Flamerie (UPMC) : Zotero : gérer sa bibliographie et ses pdf Ressources en CC-BY-NC-SA
Les items de votre bibliothèque se trouvent dans le panneau central de Zotero. Vous pouvez les classer selon différentes colonnes, mais la visibilité est assez limitée par la présence des 2 panneaux latéraux.
Ayez une colonne pour le type de document, une pour le titre… ensuite, c'est au choix : j'utilise une colonne «date» et une colonne «auteur».
Enfin, je classe mes items selon leur date d'ajout (à la manière d'une boîte de réception de mails). Ce choix n'est pas forcément le plus indiqué, et dépend surtout de la façon dont vous organisez l'information dans Zotero. Voyez plutôt…
Vous avez 3 façons différentes d'organiser l'information dans Zotero : les collections, les tags et les recherches sauvegardées. Ce sont des outils qui peuvent être pensés ensemble pour utiliser l'information de façon optimale.
Voici une proposition pour utiliser ces outils, mais n'oubliez pas que malgré son interface dépouillée, Zotero est un outil extrêmement riche ==> il y a donc presque autant d'usages possibles que d'utilisateurs !
==> L'usage proposé ci-dessous pour organiser l'information dans Zotero doit beaucoup à deux billets : celui-ci de Frédérique Flamerie sur le blog francophone et celui-là de Franziska Heimburger sur la BAH (cf. ressources à la fin du compte-rendu).
- création de dossiers («collections dans le langage Zotero»): via la barre à outils ou bien directement dans la bibliothèque (clique droit : nouvelle collection);
- création de sous-dossiers (clique droit : sous-collection):
- autre option (masquer-afficher sous dossier).
==> classement par ordre alphabétique automatique (penser à mettre des numéros si autre ordre souhaité)
==> Attention ! pas de récursivité des collections par défaut (ce qui est présent dans une sous-collection n'apparaît pas dans la collection-mère), sauf si vous l'indiquez dans votre config : (comment faire ? cf. tutoriel Frédérique Flamerie partie Gérer ses docs : les collections).
Je vous conseille de paramétrer la récursivité des collections pour limiter le mésusage de cet outil : il faut plutôt considérer les collections comme des listes de lecture (d'après la comparaison de Frédérique Flamerie dans le billet cité) plutôt que comme des «dossiers» au sens de Windows.
Quelques arguments en faveur de cette idée:
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les items peuvent être placés dans différentes collections : par défaut, ils seront dupliqués, et non déplacés, entre les collections. De plus, si vous supprimez un item à partir d'une collection, il sort simplement de la collection tout en restant dans votre bibliothèque. (Pour supprimer un item, il faut faire un clique droit sur «mettre l'item dans la corbeille»)
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si vous adoptez un classement thématique de vos collections, vous serez vite confronté à un problème du type : «cette référence, dois-je la ranger plutôt ici ou bien plutôt là ?» (problème qui peut néanmoins être résolu en dupliquant les items entre les collections)
==> Une astuce : pour savoir dans quelle(s) collection(s) se trouve une référence depuis la bibliothèque : appui prolongé sur Ctrl sous Windows ou sur Alt sous Mac OS/Linux (cela surligne la collection où est rangé l'item)
Cependant, on va voir qu'il y a un outil très puissant pour ordonner thématiquement les références : ce sont les tags !
Personnellement, j'utilise les collections pour ranger mes références selon leur «lieu» d'utilisation : un cours suivi, un cours enseigné, un séminaire, un papier à écrire…
Cela fait appel à la mémoire «directe» (qu'en pensent les neuroscientists?), ancrée dans la vie quotidienne, et me permet donc de retrouver très vite une référence que j'ai déjà utilisée dans un contexte social antérieur, sans avoir besoin de me souvenir de l'usage argumentatif que j'avais fait de cette référence (puisque l'usage que je veux en faire peut changer).
En revanche, le contexte de la dernière utilisation ne change pas : «j'ai utilisé cette référence pour le cours sur…/dans un papier pour…»
Quid des items pas encore lus/étudiés ? Comment les classer dans ma bibliothèque?
Pour ma part, je ne les classe dans aucune collection : ils sont tous regroupés indifférement dans le grand pool que forme la bibliothèque.
Mais voici comment donner du sens à ces items…
Les tags sont une autre façon d'organiser ses ressources dans Zotero. Vous pouvez récuperer des tags disponibles automatiquement avec certaines méta-données, mais ils ne sont pas harmonisées et risquent de vous causer des ennuis, c'est plutôt une source de "bruit" (au sens statistique).
Les tags d'un document se trouvent dans l'onglet «tags» sur la droite. Dans le panneau en bas à gauche, sous les collections, se trouvent la liste des tags de la collection sélectionnée.
Pour désactiver l'ajout de tags automatiques : molette de la barre à outils, menu «Préférences», onglet «Général».
En revanche, vous pouvez créer vos propres tags ! C'est la solution que j'ai choisie pour donner une coloration thématique à mes documents.
Avant de vous expliquer le fonctionnement des tags, quelques petits conseils de manipulation pour vous faciliter la vie :
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quand vous taguez un document, il y a un système d'autocomplétion qui permet d'éviter la redondance si vous n'êtes plus sûr.e du libellé exact de votre tag (mon conseil : ni majuscule ni espace pour les tags)
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les tags sont très facilement manipulables (et donc beaucoup plus évolutifs que les collections) : clique droit sur un tag (depuis le panneau de gestion des tags en bas à droite, et non depuis les tags d'un document) pour le renommer/le supprimer (il disparaît alors de toutes les documents)/lui attribuer une couleur qui en fait un super tag (6 possibles)
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pour attribuer un tag à un ou plusieurs document(s), vous pouvez aussi déplacer le(s) document(s) sur le tag (et non l'inverse)
Taguer un document créé une information qui n'existait pas : cela prend donc du temps. Voici pourquoi les tags me paraissent une solution intéressante :
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le temps que vous réflechissiez au meilleur endroit (à la meilleure collection) pour ranger un document, vous auriez déjà eu le temps d'attribuer 3-5 tags au document en question
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les tags sont cumulatifs : c'est leur énorme avantage. C'est le seul outil avec lequel alourdir l'information n'entrave aucunement sa lisibilité. Quand je sauvegarde un document qui m'intéresse, je peux lui attribuer 2-3 tags, voire 7-8 tags (tout dépend de ma connaissance préalable de la référence). Le fait de taguer mon document me donne déjà plein d'idées sur les usages futurs possibles de cette référence.
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une fois le document lu, je peux compléter les tags : parfois jusqu'à 20 ou plus !
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les tags sont relationnels. Ça n'a pas d'intérêt de taguer un ouvrage avec 100 mots-clé que vous y avez trouvé si vous n'avez aucune autre référence qui s'y rapporte ! Dans ce cas, vous perdez votre temps…
D'une manière générale, le système des tags est donc très efficace en ce qu'il est cumulatif. Mais attention à ne pas en abuser.
Personnellement, je distingue l'importance de mes références selon le nombre de tags que je leur accorde, c'est-à-dire la "force" avec laquelle j'attache une référence au reste de ma bibliothèque (i.e. aux autres références qui ont les mêmes tags) : < 5 tags, 5 à 10 tags, 10 à 15 tags, > 15 tags…
N'ayez pas peur de créer vos premiers tags, car ils se manipulent facilement ! En revanche, si un tag ne concerne qu'un ou 2 fichier(s) après plusieurs semaines, c'est peut-être qu'il a été mal choisi !
La visualisation des tags se fait en naviguant et en les sélectionnant dans le panneau en bas à gauche.
Pour faire le point après plusieurs semaines de lecture, vous pouvez aussi utiliser un plugin de visualisation créé spécialement pour Zotero : PaperMachine (vous devez installer Java pour l'utiliser).
Dernière astuce : le plugin Zutilo vous permet, entre autres choses, de copier/coller rapidement une série de tags d'un document à l'autre.
C'est le dernier outil de gestion de l'information de Zotero, particulièrement efficace également.
Les recherches sauvegardées répondent à la question : pourquoi créer une collection ou un tag pour classer une information déjà disponible dans les métadonnées?
Pour faire une recherche sauvegardée, cliquez sur la loupe au milieu de la barre d'outils :
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vous pouvez effectuer une recherche que Zotero gardera en mémoire, et actualisera au fur et à mesure, à propos de n'importe quelle information des métadonnées des documents, ou des tags associés
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vous pouvez cumuler les critères de recherche, selon un critère boléen
Prenons un exemple :
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vous faites de la veille médiatique sur un sujet et vous souhaitez conserver tous les articles du Monde/Libé/… sur le sujet : vous pouvez créer une recherche sauvegardée de tous vos items incluant «lemonde» dans leur URL (et votre recherche s'actualisera toute seule) [Cela fonctionne aussi pour votre blog scientifique favori.]
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vous faites de la veille scientifique sur un sujet et vous souhaitez conserver tout ce que vous voyez passer là-dessus, avant d'y revenir plus tard : taguez les items avec le tag de votre choix, et sauvegardez une recherche pour tous les items comportant ce tag (fonctionne avec plusieurs tags, ou avec un tag et un autre critère).
Comme vous l'avez peut-être vu, il y a aussi un onglet «notes» associé à chaque document. Très pratique, et chaudement recommandé, plutôt que de prendre des notes sur un format PDF : c'est plus facilement accessible, mieux partageable, et prêt à l'emploi pour les phases de rédaction.
Astuce : quand je le trouve en ligne (par exemple sur le site de l'éditeur), je créé aussi une note avec le sommaire des ouvrages.
- A partir d'une collection, clique droit "créer une bibliographie-choix de style-choix du lieu de la bibliographie"
- Pour générer une bibliographie dans un manuscrit écrit avec un traitement de texte : installation du plug-in Word/Open Office (pour Firefox seulement pas pour Standalone)
- Dans word : (Attention, le navigateur de Firefox doit être ouvert)
- allez dans compléments : option (insertion/modification des citations, insertion/modification des biblio, mise à jour, chamngement de style);
- insertion de citation :
- choix du style de citation, préférences en vue classique ou vue condensé;
- insertion de plusieurs citations en même temps (sources multiples)
- modification de citation possible
- insertion de bibliographie (insertion/modification et mise à jour)
- modification de style de bibliographie possible (ajout de style de citation supplémentaire : via la barre à outils Zotero -> écrou)
- De nombreux autres formats d'export disponibles, la plupart ouverts ! (BibTex, csv…)
Pour aller plus loin :
- Découverte de Zotero - Partie 3 : Insertion et gestion de citations et de bibliographies Ressources en CC-BY-SA
- Tutoriel de Frédérique Flamerie (UPMC) : Zotero : gérer sa bibliographie et ses pdf Ressources en CC-BY-NC-SA
Autres points à découvrir : citation facile, Zotero et LaTeX (import, export en BibTex)
- distinction entre synchronisation (dernière version en ligne disponible) et sauvegarde;
- nécessité de se créer un compte (fonction réseau social : CV, groupes, etc + espace de stockage);
- gestion des pdf : si vous faites le choix de tout stocker, vous allez vite arriver à la limite des 300 Mo "gratuits" (mais vous pouvez simplement attacher un lien vers le fichier qui reste en local, plutôt que d'insérer le pdf dans Zotero)
- dans préférences : paramétrage à faire, préférer la synchro automatique
- deux options pour la réinitialisation :
- du serveur local vers le serveur Zotero (écrase données du serveur)
- du serveur Zotero ver le serveur local (écrase données locales)
- d'une manière générale, Zotero gère plutôt bien les conflits de synchronisation et vous demande votre avis s'il y a un décalage entre 2 versions
Autres fonctions : gestion avec Zotfile et avec Dropbox
Pour aller plus loin :
- Tutoriel de Frédérique Flamerie (UPMC) : Zotero : bibliographie en ligne et bibliographie nomade Ressources en CC-BY-NC-SA
- pour partager votre bibliographie;
- pour contribuer à plusieurs sur une même bibliographie;
- différents paramètres à régler : degré d'ouverture des groupes, gestion des membres et de leur rôle, gestion des autorisations sur les biblio de groupes.
Pour aller plus loin :
Partager des ressources dans un groupe Zotero MOOCSciNum avec Célya Gruson-Daniel
Tutoriel de Frédérique Flamerie (UPMC) Zotero++ : créer un style bibliographique personnalisé
Prochain atelier prévu avec le blog Zotero francophone
- beaucoup de modules complémentaires ont été crées par la communauté (contributeurs). La liste des plugins est disponible ici. Quelques exemples : Paper machines (visualisation marqueurs), Zutilo, utilisation avec smartphone… N'oubliez pas de vérifier qu'un outil est toujours maintenu avant de l'installer !
- la traduction : un exemple d'utilisation de Github
- poser vos questions sur le forum Zotero : même en français, vous trouverez certainement quelqu'un pour vous répondre;
- découvrez des tutoriels avancés (cf. ressources à la fin de ce billet)
- suivez d'autres formations dans vote université ou avec HYPhD ;).
- le blog Zotero francophone très riche, y compris dans les commentaires
- la boite à outils des historiens, pour certains usages spécifiques
- tutoriels du MOOCSciNum par Alexandre Boutet (BIUSanté) dans la séance 1 : s'appuyer sur des ressources existantes
- les tutoriels Zotero de Frédérique Flamerie (UMPC)
- des ressources dans le groupe MOOCSciNum Zotero
- le manuel anglophone (non-officiel) de Zotero, en cours de construction
Fiche réalisée par Célya Gruson-Daniel et Thibault de Premorel (licence CC-BY-SA)
Merci à Frédérique Flamerie du blog Zotero pour son aide à la préparation de cette séance ainsi qu'à Alexandre Boutet de la BIUSanté qui avait participé au MOOCSciNum !