diff --git a/ComplementaryScripts/increaseVersion.m b/ComplementaryScripts/increaseVersion.m
index 58b4814b..88542d1a 100644
--- a/ComplementaryScripts/increaseVersion.m
+++ b/ComplementaryScripts/increaseVersion.m
@@ -14,7 +14,7 @@ function increaseVersion(bumpType)
%Bump version number:
oldModel = load('../ModelFiles/mat/yeastGEM.mat');
-oldVersion = oldModel.model.description;
+oldVersion = oldModel.model.modelID;
oldVersion = oldVersion(strfind(oldVersion,'_v')+2:end);
oldVersion = str2double(strsplit(oldVersion,'.'));
newVersion = oldVersion;
@@ -49,6 +49,31 @@ function increaseVersion(bumpType)
model.modelID = ['yeastGEM_v' newVersion];
saveYeastModel(model,false)
+%Check if any file changed (except for history.md and 1 line in yeastGEM.xml):
+diff = git('diff --numstat');
+diff = strsplit(diff,'\n');
+change = false;
+for i = 1:length(diff)
+ diff_i = strsplit(diff{i},'\t');
+ if length(diff_i) == 3
+ %.xml file: 1 line should be added & 1 line should be deleted
+ if strcmp(diff_i{3},'ModelFiles/xml/yeastGEM.xml')
+ if eval([diff_i{1} ' > 1']) || eval([diff_i{2} ' > 1'])
+ disp(['NOTE: File ' diff_i{3} ' is changing more than expected'])
+ change = true;
+ end
+ %Any other file except for history.md: no changes should be detected
+ elseif ~strcmp(diff_i{3},{'history.md'})
+ disp(['NOTE: File ' diff_i{3} ' is changing'])
+ change = true;
+ end
+ end
+end
+if change
+ error(['Some files are changing from devel. To fix, first update devel, ' ...
+ 'then merge to master, and try again.'])
+end
+
%Allow .mat & .xls storage:
copyfile('../.gitignore','backup')
fin = fopen('backup','r');
diff --git a/ComplementaryScripts/missingFields/addSBOterms.m b/ComplementaryScripts/missingFields/addSBOterms.m
new file mode 100644
index 00000000..63986c9a
--- /dev/null
+++ b/ComplementaryScripts/missingFields/addSBOterms.m
@@ -0,0 +1,61 @@
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+% model = addSBOterms(model)
+%
+% Benjamín J. Sánchez
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+
+function model = addSBOterms(model)
+
+%Get RAVEN model for matching names & compartments
+model_r = ravenCobraWrapper(model);
+
+%Add SBO terms for mets:
+model.metSBOTerms = cell(size(model.mets));
+for i = 1:length(model.mets)
+ metName = model_r.metNames{i};
+ if ismember(metName,{'biomass','DNA','RNA','protein','carbohydrate','lipid'}) ...
+ || endsWith(metName,' backbone') || endsWith(metName,' chain')
+ model.metSBOTerms{i} = 'SBO:0000649'; %Biomass
+ else
+ model.metSBOTerms{i} = 'SBO:0000247'; %Simple chemical
+ end
+end
+
+%Add SBO terms for rxns:
+model.rxnSBOTerms = cell(size(model.rxns));
+for i = 1:length(model.rxns)
+ rxnName = model_r.rxnNames{i};
+ metNames = model_r.metNames(model.S(:,i) ~= 0);
+ metComps = model_r.metComps(model.S(:,i) ~= 0);
+ metStoich = model_r.S(model.S(:,i) ~= 0,i);
+
+ if length(metNames) == 1
+ if strcmp(model_r.comps{metComps},'e')
+ model.rxnSBOTerms{i} = 'SBO:0000627'; %Exchange rxn
+
+ elseif metStoich > 0
+ model.rxnSBOTerms{i} = 'SBO:0000628'; %Demand rxn
+ else
+ model.rxnSBOTerms{i} = 'SBO:0000632'; %Sink rxn
+ end
+
+ elseif strcmp(rxnName,'biomass pseudoreaction')
+ model.rxnSBOTerms{i} = 'SBO:0000629'; %Biomass pseudo-rxn
+
+ elseif strcmp(rxnName,'non-growth associated maintenance reaction')
+ model.rxnSBOTerms{i} = 'SBO:0000630'; %ATP maintenance
+
+ elseif contains(rxnName,'pseudoreaction') || contains(rxnName,'SLIME rxn')
+ model.rxnSBOTerms{i} = 'SBO:0000395'; %Encapsulating process
+
+ elseif length(unique(metComps)) > 1 && length(unique(metNames)) < length(metNames)
+ model.rxnSBOTerms{i} = 'SBO:0000655'; %Transport rxn
+
+ else
+ model.rxnSBOTerms{i} = 'SBO:0000176'; %Metabolic rxn
+ end
+end
+
+end
+
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
diff --git a/ComplementaryScripts/saveYeastModel.m b/ComplementaryScripts/saveYeastModel.m
index d11678af..6c7f121c 100644
--- a/ComplementaryScripts/saveYeastModel.m
+++ b/ComplementaryScripts/saveYeastModel.m
@@ -20,6 +20,11 @@ function saveYeastModel(model,upDATE)
scriptFolder = fileparts(which(mfilename));
currentDir = cd(scriptFolder);
+%Update SBO terms in model:
+cd missingFields
+model = addSBOterms(model);
+cd ..
+
%Check if model is a valid SBML structure:
writeCbModel(model,'sbml','tempModel.xml');
[~,errors] = TranslateSBML('tempModel.xml');
diff --git a/ModelFiles/boundaryMets.txt b/ModelFiles/boundaryMets.txt
index 766637cf..e1ac8e68 100644
--- a/ModelFiles/boundaryMets.txt
+++ b/ModelFiles/boundaryMets.txt
@@ -164,5 +164,5 @@ s_2826[e] oleate [extracellular]
s_1163[e] myristate [extracellular]
s_3715[e] raffinose [extracellular]
s_3716[e] melibiose [extracellular]
-s_3746[c] lipid - backbones [cytoplasm]
-s_3747[c] lipid - tails [cytoplasm]
+s_3746[c] lipid backbone [cytoplasm]
+s_3747[c] lipid chain [cytoplasm]
diff --git a/ModelFiles/dependencies.txt b/ModelFiles/dependencies.txt
index 2eb3b1c6..eced9b25 100644
--- a/ModelFiles/dependencies.txt
+++ b/ModelFiles/dependencies.txt
@@ -1,7 +1,7 @@
MATLAB 9.4.0.813654 (R2018a)
libSBML 5.17.0
RAVEN_toolbox 2.0.0
-COBRA_toolbox commit c72a7bd
+COBRA_toolbox commit 1361503
SBML_level 3
SBML_version 1
fbc_version 2
diff --git a/ModelFiles/xml/yeastGEM.xml b/ModelFiles/xml/yeastGEM.xml
index 26be1c7c..528d610e 100644
--- a/ModelFiles/xml/yeastGEM.xml
+++ b/ModelFiles/xml/yeastGEM.xml
@@ -27,7 +27,7 @@
-
+
@@ -37,11 +37,16 @@
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@@ -51,11 +56,16 @@
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@@ -65,11 +75,16 @@
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@@ -79,11 +94,16 @@
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@@ -93,11 +113,16 @@
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@@ -107,11 +132,16 @@
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@@ -121,11 +151,16 @@
+
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@@ -135,11 +170,16 @@
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@@ -149,11 +189,16 @@
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@@ -163,11 +208,16 @@
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@@ -177,11 +227,16 @@
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@@ -190,11 +245,16 @@
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@@ -203,11 +263,16 @@
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@@ -217,11 +282,16 @@
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@@ -231,11 +301,16 @@
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@@ -245,11 +320,16 @@
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@@ -259,11 +339,16 @@
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@@ -273,11 +358,16 @@
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@@ -287,11 +377,16 @@
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@@ -301,11 +396,16 @@
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@@ -315,11 +415,16 @@
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@@ -329,11 +434,16 @@
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@@ -343,11 +453,16 @@
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@@ -357,11 +472,16 @@
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@@ -371,11 +491,16 @@
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@@ -385,11 +510,16 @@
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@@ -399,11 +529,16 @@
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@@ -413,11 +548,16 @@
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@@ -427,11 +567,16 @@
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@@ -441,11 +586,16 @@
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@@ -455,11 +605,16 @@
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@@ -469,11 +624,16 @@
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@@ -483,11 +643,16 @@
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@@ -497,11 +662,16 @@
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@@ -511,11 +681,16 @@
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@@ -525,11 +700,16 @@
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@@ -539,11 +719,16 @@
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@@ -553,11 +738,16 @@
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@@ -567,11 +757,16 @@
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@@ -580,11 +775,16 @@
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@@ -594,11 +794,16 @@
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@@ -608,11 +813,16 @@
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@@ -622,11 +832,16 @@
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@@ -636,11 +851,16 @@
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@@ -650,11 +870,16 @@
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@@ -664,11 +889,16 @@
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@@ -678,11 +908,16 @@
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@@ -692,11 +927,16 @@
+
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@@ -706,11 +946,16 @@
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@@ -720,11 +965,16 @@
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@@ -734,11 +984,16 @@
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@@ -748,11 +1003,16 @@
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@@ -762,11 +1022,16 @@
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@@ -776,11 +1041,16 @@
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@@ -790,11 +1060,16 @@
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@@ -804,11 +1079,16 @@
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@@ -818,11 +1098,16 @@
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@@ -832,11 +1117,16 @@
+
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@@ -846,11 +1136,16 @@
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@@ -860,11 +1155,16 @@
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@@ -874,11 +1174,16 @@
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@@ -888,11 +1193,16 @@
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@@ -902,11 +1212,16 @@
+
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@@ -916,11 +1231,16 @@
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@@ -930,11 +1250,16 @@
+
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@@ -944,11 +1269,16 @@
+
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@@ -958,11 +1288,16 @@
+
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@@ -972,11 +1307,16 @@
+
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@@ -986,11 +1326,16 @@
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@@ -1000,11 +1345,16 @@
+
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@@ -1014,11 +1364,16 @@
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@@ -1028,11 +1383,16 @@
+
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@@ -1042,11 +1402,16 @@
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@@ -1056,11 +1421,16 @@
+
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@@ -1070,11 +1440,16 @@
+
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@@ -1084,11 +1459,16 @@
+
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@@ -1098,11 +1478,16 @@
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@@ -1112,11 +1497,16 @@
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@@ -1126,11 +1516,16 @@
+
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@@ -1140,11 +1535,16 @@
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@@ -1154,11 +1554,16 @@
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@@ -1168,11 +1573,16 @@
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@@ -1182,11 +1592,16 @@
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@@ -1196,11 +1611,16 @@
+
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@@ -1210,11 +1630,16 @@
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@@ -1224,11 +1649,16 @@
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@@ -1238,11 +1668,16 @@
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@@ -1252,11 +1687,16 @@
+
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@@ -1266,11 +1706,16 @@
+
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@@ -1279,11 +1724,16 @@
+
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@@ -1293,11 +1743,16 @@
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@@ -1307,11 +1762,16 @@
+
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@@ -1321,11 +1781,16 @@
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@@ -1335,11 +1800,16 @@
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@@ -1348,11 +1818,16 @@
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@@ -1362,11 +1837,16 @@
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@@ -1376,11 +1856,16 @@
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@@ -1390,11 +1875,16 @@
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@@ -1404,11 +1894,16 @@
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@@ -1418,11 +1913,16 @@
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@@ -1432,11 +1932,16 @@
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@@ -1446,11 +1951,16 @@
+
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@@ -1460,11 +1970,16 @@
+
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@@ -1474,11 +1989,16 @@
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@@ -1488,11 +2008,16 @@
+
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@@ -1501,11 +2026,16 @@
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@@ -1515,11 +2045,16 @@
+
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@@ -1529,11 +2064,16 @@
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@@ -1543,11 +2083,16 @@
+
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@@ -1557,11 +2102,16 @@
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@@ -1571,11 +2121,16 @@
+
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@@ -1585,11 +2140,16 @@
+
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@@ -1599,11 +2159,16 @@
+
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@@ -1612,11 +2177,16 @@
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@@ -1625,11 +2195,16 @@
+
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+
+
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@@ -1638,11 +2213,16 @@
+
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@@ -1651,11 +2231,16 @@
+
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@@ -1664,11 +2249,16 @@
+
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@@ -1678,11 +2268,16 @@
+
+
+
+
+
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@@ -1692,11 +2287,16 @@
+
+
+
+
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@@ -1706,11 +2306,16 @@
+
+
+
+
+
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@@ -1720,11 +2325,16 @@
+
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+
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@@ -1734,11 +2344,16 @@
+
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@@ -1748,11 +2363,16 @@
+
+
+
+
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@@ -1762,11 +2382,16 @@
+
+
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@@ -1776,11 +2401,16 @@
+
+
+
+
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@@ -1790,11 +2420,16 @@
+
+
+
+
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@@ -1804,11 +2439,16 @@
+
+
+
+
+
-
+
@@ -1818,11 +2458,16 @@
+
+
+
+
+
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+
@@ -1832,11 +2477,16 @@
+
+
+
+
+
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+
@@ -1846,11 +2496,16 @@
+
+
+
+
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@@ -1860,11 +2515,16 @@
+
+
+
+
+
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+
@@ -1874,11 +2534,16 @@
+
+
+
+
+
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+
@@ -1888,11 +2553,16 @@
+
+
+
+
+
-
+
@@ -1902,11 +2572,16 @@
+
+
+
+
+
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@@ -1916,11 +2591,16 @@
+
+
+
+
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-
+
@@ -1930,11 +2610,16 @@
+
+
+
+
+
-
+
@@ -1944,11 +2629,16 @@
+
+
+
+
+
-
+
@@ -1958,11 +2648,16 @@
+
+
+
+
+
-
+
@@ -1972,11 +2667,16 @@
+
+
+
+
+
-
+
@@ -1986,11 +2686,16 @@
+
+
+
+
+
-
+
@@ -2000,11 +2705,16 @@
+
+
+
+
+
-
+
@@ -2014,11 +2724,16 @@
+
+
+
+
+
-
+
@@ -2028,11 +2743,16 @@
+
+
+
+
+
-
+
@@ -2042,11 +2762,16 @@
+
+
+
+
+
-
+
@@ -2056,11 +2781,16 @@
+
+
+
+
+
-
+
@@ -2070,11 +2800,16 @@
+
+
+
+
+
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