From dab485366191f1d42faf53f8b231c0ce5d966aaa Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: phauchamps Date: Mon, 30 Oct 2023 14:09:02 +0100 Subject: [PATCH] - updated structure of documentation files - support to Bioc 3.19 (except workflow - waiting for update of Bioc docker images) - bumped version to 1.1.1 --- .github/workflows/check-bioc.yml | 4 +- DESCRIPTION | 6 +- NEWS.md | 5 + R/CytoPipelineGUI.R | 2 + R/shiny.R | 6 +- man/CytoPipelineCheckApp.Rd | 58 + man/CytoPipelineGUI.Rd | 101 +- man/ScaleTransformApp.Rd | 54 + .../plots/pltdiffff-100c-nofixlin-notran.svg | 175 - .../plots/pltdiffff-allc-fixlin-notran.svg | 3602 ----------------- .../_snaps/plots/pltdiffff-allc-tran.svg | 3059 -------------- .../_snaps/plots/pltscaletransch-linear.svg | 30 +- .../pltscaletransch-logicle-data-mker.svg | 36 +- .../_snaps/plots/pltscaletransch-logicle.svg | 36 +- .../plots/pltselff-100c-nofixlin-notran.svg | 178 - 15 files changed, 182 insertions(+), 7170 deletions(-) create mode 100644 man/CytoPipelineCheckApp.Rd create mode 100644 man/ScaleTransformApp.Rd delete mode 100644 tests/testthat/_snaps/plots/pltdiffff-100c-nofixlin-notran.svg delete mode 100644 tests/testthat/_snaps/plots/pltdiffff-allc-fixlin-notran.svg delete mode 100644 tests/testthat/_snaps/plots/pltdiffff-allc-tran.svg delete mode 100644 tests/testthat/_snaps/plots/pltselff-100c-nofixlin-notran.svg diff --git a/.github/workflows/check-bioc.yml b/.github/workflows/check-bioc.yml index a44c885..10dd980 100644 --- a/.github/workflows/check-bioc.yml +++ b/.github/workflows/check-bioc.yml @@ -53,8 +53,8 @@ jobs: matrix: config: - { os: ubuntu-latest, r: '4.3', bioc: '3.18', cont: "bioconductor/bioconductor_docker:devel", rspm: "https://packagemanager.rstudio.com/cran/__linux__/focal/latest" } - # - { os: macOS-latest, r: '4.3', bioc: '3.18'} - # - { os: windows-latest, r: '4.3', bioc: '3.18'} + # - { os: macOS-latest, r: '4.4', bioc: '3.19'} + # - { os: windows-latest, r: '4.4', bioc: '3.19'} env: R_REMOTES_NO_ERRORS_FROM_WARNINGS: true RSPM: ${{ matrix.config.rspm }} diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index 0dc0765..57cd8e3 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -1,6 +1,6 @@ Package: CytoPipelineGUI Title: GUI's for visualization of flow cytometry data analysis pipelines -Version: 0.99.2 +Version: 1.1.1 Authors@R: c(person(given = "Philippe", family = "Hauchamps", @@ -21,10 +21,12 @@ Description: This package is the companion of the `CytoPipeline` package. Two shiny applications are provided, i.e. an interactive flow frame assessment and comparison tool and an interactive scale transformations visualization and adjustment tool. -License: GPL (>=3) | file LICENSE +License: GPL-3 Encoding: UTF-8 Roxygen: list(markdown = TRUE) RoxygenNote: 7.2.3 +BugReports: https://github.com/UCLouvain-CBIO/CytoPipelineGUI/issues +URL: https://uclouvain-cbio.github.io/CytoPipelineGUI biocViews: FlowCytometry, Preprocessing, QualityControl, WorkflowStep, ImmunoOncology, Software, Visualization, GUI, ShinyApps Collate: diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md index ce6dce8..7dad027 100644 --- a/NEWS.md +++ b/NEWS.md @@ -1,3 +1,8 @@ +# CytoPipelineGUI 1.1 + +## CytoPipelineGUI 1.1.1 +- refactored documentation files + # CytoPipelineGUI 0.99 ## CytoPipelineGUI 0.99.2 diff --git a/R/CytoPipelineGUI.R b/R/CytoPipelineGUI.R index 817b2cc..61914b0 100644 --- a/R/CytoPipelineGUI.R +++ b/R/CytoPipelineGUI.R @@ -16,6 +16,8 @@ #' @title CytoPipelineGUI package #' +#' @docType package +#' #' @name CytoPipelineGUI #' #' @rdname CytoPipelineGUI diff --git a/R/shiny.R b/R/shiny.R index e0d703f..5543e8b 100644 --- a/R/shiny.R +++ b/R/shiny.R @@ -14,7 +14,6 @@ # GNU General Public License for more details (). #' @title interactive display and modification of scale transform list -#' @rdname CytoPipelineGUI #' @description this application allows the user to visualize a scale #' transformation list, possibly amending it channel after channel, #' and save the results on disk. @@ -24,7 +23,7 @@ #' CytoPipeline experiments #' @import shiny #' @import CytoPipeline -#' @return - for `ScaleTransformApp`: no return value +#' @return no return value #' @export #' @examples #' @@ -91,13 +90,12 @@ ScaleTransformApp <- function(dir = ".") { #' @title interactive visualization of flow cytometry data analysis pipeline #' objects stored in cache -#' @rdname CytoPipelineGUI #' #' @param dir the root directory into which the engine will look for existing #' CytoPipeline experiments #' @param debug if TRUE, will output messages on the console tracking the #' shiny events, for debugging purposes -#' @return - for `CytoPipelineCheckApp`: no return value +#' @return no return value #' @import shiny #' @import CytoPipeline #' @export diff --git a/man/CytoPipelineCheckApp.Rd b/man/CytoPipelineCheckApp.Rd new file mode 100644 index 0000000..d530e59 --- /dev/null +++ b/man/CytoPipelineCheckApp.Rd @@ -0,0 +1,58 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/shiny.R +\name{CytoPipelineCheckApp} +\alias{CytoPipelineCheckApp} +\title{interactive visualization of flow cytometry data analysis pipeline +objects stored in cache} +\usage{ +CytoPipelineCheckApp(dir = ".", debug = FALSE) +} +\arguments{ +\item{dir}{the root directory into which the engine will look for existing +CytoPipeline experiments} + +\item{debug}{if TRUE, will output messages on the console tracking the +shiny events, for debugging purposes} +} +\value{ +no return value +} +\description{ +interactive visualization of flow cytometry data analysis pipeline +objects stored in cache +} +\examples{ + +# run CytoPipeline object first + +outputDir <- base::tempdir() + + +rawDataDir <- + system.file("extdata", package = "CytoPipeline") +experimentName <- "OMIP021_PeacoQC" +sampleFiles <- + file.path( + rawDataDir, + list.files( + rawDataDir, + pattern = "Donor")) +jsonDir <- system.file("extdata", package = "CytoPipeline") +jsonPath <- file.path(jsonDir, "pipelineParams.json") + +pipL2 <- CytoPipeline( + jsonPath, + experimentName = experimentName, + sampleFiles = sampleFiles) + +suppressWarnings(execute( + pipL2, + rmCache = TRUE, + path = outputDir)) + +# run shiny app + +if (interactive()) + CytoPipelineCheckApp(dir = outputDir) + +} diff --git a/man/CytoPipelineGUI.Rd b/man/CytoPipelineGUI.Rd index ed3e5cf..c2bb98c 100644 --- a/man/CytoPipelineGUI.Rd +++ b/man/CytoPipelineGUI.Rd @@ -1,38 +1,10 @@ % Generated by roxygen2: do not edit by hand -% Please edit documentation in R/shiny.R, R/CytoPipelineGUI.R -\name{ScaleTransformApp} -\alias{ScaleTransformApp} -\alias{CytoPipelineCheckApp} +% Please edit documentation in R/CytoPipelineGUI.R +\docType{package} +\name{CytoPipelineGUI} \alias{CytoPipelineGUI} -\title{interactive display and modification of scale transform list} -\usage{ -ScaleTransformApp(dir = ".") - -CytoPipelineCheckApp(dir = ".", debug = FALSE) -} -\arguments{ -\item{dir}{the root directory into which the engine will look for existing -CytoPipeline experiments} - -\item{debug}{if TRUE, will output messages on the console tracking the -shiny events, for debugging purposes} -} -\value{ -\itemize{ -\item for \code{ScaleTransformApp}: no return value -} - -\itemize{ -\item for \code{CytoPipelineCheckApp}: no return value -} -} +\title{CytoPipelineGUI package} \description{ -this application allows the user to visualize a scale -transformation list, possibly amending it channel after channel, -and save the results on disk. -The needed input tranformation list and flow frame for visualization needs -to be read from a CytoPipeline experiments stored in cache. - \code{CytoPipelineGUI} is the companion package of \code{CytoPipeline}, and is used for interactive visualization. It implements two shiny applications : @@ -45,71 +17,6 @@ It is launched using the following statement: \code{CytoPipelineCheckApp()} transformation objects. It is launched using the following statement: \code{ScaleTransformApp()} } -} -\examples{ - -# run CytoPipeline object first - -outputDir <- base::tempdir() - - -rawDataDir <- - system.file("extdata", package = "CytoPipeline") -experimentName <- "OMIP021_PeacoQC" -sampleFiles <- - file.path(rawDataDir, list.files(rawDataDir, pattern = "Donor")) -jsonDir <- system.file("extdata", package = "CytoPipeline") -jsonPath <- file.path(jsonDir, "pipelineParams.json") - -pipL2 <- - CytoPipeline( - jsonPath, - experimentName = experimentName, - sampleFiles = sampleFiles) - -suppressWarnings(execute( - pipL2, - rmCache = TRUE, - path = outputDir)) - -# run shiny app - -if (interactive()) - ScaleTransformApp(dir = outputDir) - - -# run CytoPipeline object first - -outputDir <- base::tempdir() - - -rawDataDir <- - system.file("extdata", package = "CytoPipeline") -experimentName <- "OMIP021_PeacoQC" -sampleFiles <- - file.path( - rawDataDir, - list.files( - rawDataDir, - pattern = "Donor")) -jsonDir <- system.file("extdata", package = "CytoPipeline") -jsonPath <- file.path(jsonDir, "pipelineParams.json") - -pipL2 <- CytoPipeline( - jsonPath, - experimentName = experimentName, - sampleFiles = sampleFiles) - -suppressWarnings(execute( - pipL2, - rmCache = TRUE, - path = outputDir)) - -# run shiny app - -if (interactive()) - CytoPipelineCheckApp(dir = outputDir) - } \seealso{ \link{CytoPipeline}, \link{CytoPipelineCheckApp}, diff --git a/man/ScaleTransformApp.Rd b/man/ScaleTransformApp.Rd new file mode 100644 index 0000000..0489689 --- /dev/null +++ b/man/ScaleTransformApp.Rd @@ -0,0 +1,54 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/shiny.R +\name{ScaleTransformApp} +\alias{ScaleTransformApp} +\title{interactive display and modification of scale transform list} +\usage{ +ScaleTransformApp(dir = ".") +} +\arguments{ +\item{dir}{the root directory into which the engine will look for existing +CytoPipeline experiments} +} +\value{ +no return value +} +\description{ +this application allows the user to visualize a scale +transformation list, possibly amending it channel after channel, +and save the results on disk. +The needed input tranformation list and flow frame for visualization needs +to be read from a CytoPipeline experiments stored in cache. +} +\examples{ + +# run CytoPipeline object first + +outputDir <- base::tempdir() + + +rawDataDir <- + system.file("extdata", package = "CytoPipeline") +experimentName <- "OMIP021_PeacoQC" +sampleFiles <- + file.path(rawDataDir, list.files(rawDataDir, pattern = "Donor")) +jsonDir <- system.file("extdata", package = "CytoPipeline") +jsonPath <- file.path(jsonDir, "pipelineParams.json") + +pipL2 <- + CytoPipeline( + jsonPath, + experimentName = experimentName, + sampleFiles = sampleFiles) + +suppressWarnings(execute( + pipL2, + rmCache = TRUE, + path = outputDir)) + +# run shiny app + +if (interactive()) + ScaleTransformApp(dir = outputDir) + +} diff --git a/tests/testthat/_snaps/plots/pltdiffff-100c-nofixlin-notran.svg b/tests/testthat/_snaps/plots/pltdiffff-100c-nofixlin-notran.svg deleted file mode 100644 index 10961f2..0000000 --- a/tests/testthat/_snaps/plots/pltdiffff-100c-nofixlin-notran.svg +++ /dev/null @@ -1,175 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0 -50000 -100000 -150000 -200000 - - - - - - - - - - -0 -50000 -100000 -150000 -200000 -FSC-A -SSC-A -removed 15.76% of events, 2983 good events remaining -pltDiffFF-100c-nofixlin-notran - - diff --git a/tests/testthat/_snaps/plots/pltdiffff-allc-fixlin-notran.svg b/tests/testthat/_snaps/plots/pltdiffff-allc-fixlin-notran.svg deleted file mode 100644 index b73d581..0000000 --- a/tests/testthat/_snaps/plots/pltdiffff-allc-fixlin-notran.svg +++ /dev/null @@ -1,3602 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 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- diff --git a/tests/testthat/_snaps/plots/pltdiffff-allc-tran.svg b/tests/testthat/_snaps/plots/pltdiffff-allc-tran.svg deleted file mode 100644 index e8b7242..0000000 --- a/tests/testthat/_snaps/plots/pltdiffff-allc-tran.svg +++ /dev/null @@ -1,3059 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 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- - - + + + + - - - - + + + + - - + + @@ -72,15 +72,15 @@ 3 4 0.0 -0.2 -0.4 -0.6 -0.8 +0.2 +0.4 +0.6 +0.8 - - - - + + + + Comp-670/30Violet-A : BV785 - CD3 (transformed) density pltScaleTransCh-logicle-data-mker diff --git a/tests/testthat/_snaps/plots/pltscaletransch-logicle.svg b/tests/testthat/_snaps/plots/pltscaletransch-logicle.svg index a04bca9..16c489e 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/plots/pltscaletransch-logicle.svg +++ b/tests/testthat/_snaps/plots/pltscaletransch-logicle.svg @@ -27,10 +27,10 @@ - - - - + + + + @@ -40,17 +40,17 @@ - - - - + + + + - - + + @@ -79,15 +79,15 @@ 10 5 0.0 -0.2 -0.4 -0.6 -0.8 +0.2 +0.4 +0.6 +0.8 - - - - + + + + Comp-670/30Violet-A : BV785 - CD3 density pltScaleTransCh-logicle diff --git a/tests/testthat/_snaps/plots/pltselff-100c-nofixlin-notran.svg b/tests/testthat/_snaps/plots/pltselff-100c-nofixlin-notran.svg deleted file mode 100644 index 90851ec..0000000 --- a/tests/testthat/_snaps/plots/pltselff-100c-nofixlin-notran.svg +++ /dev/null @@ -1,178 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -Donor1.fcs - - - - - - -90000 -120000 -150000 -180000 -50000 -100000 -150000 -200000 - - - - -FSC-A -SSC-A -nb of events: 2983 -pltSelFF-100c-nofixlin-notran - -