diff --git a/scripts/distance-matrix/README.md b/scripts/distance-matrix/README.md new file mode 100644 index 0000000..68bf892 --- /dev/null +++ b/scripts/distance-matrix/README.md @@ -0,0 +1,13 @@ +# Distance matrices computed for following species: + ++ k__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Pseudomonadales|f__Pseudomonadaceae|g__Pseudomonas|s__Pseudomonas_fluorescens 57 genomes ++ k__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Xanthomonadales|f__Xanthomonadaceae|g__Stenotrophomonas|s__Stenotrophomonas_maltophilia 60 genomes ++ k__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Betaproteobacteria|o__Burkholderiales|f__Burkholderiaceae|g__Burkholderia|s__Burkholderia_stagnalis 63 genomes ++ k__Bacteria|p__Firmicutes|c__Bacilli|o__Lactobacillales|f__Streptococcaceae|g__Streptococcus|s__Streptococcus_pneumoniae 6659 genomes + +# Algorithm to compute distance matrices: + ++ Run ```subtrees_compute.py``` to generate directory of all genomes (in FASTA format) per species ++ Run PhyloPhlAn using genomes input directory ++ Convert full (concatenated) FASTA alignment to PHYLIP format using ```fasta2phylip.py``` ++ Run Protdist on PHYLIP alignment diff --git a/scripts/distance-matrix/s__Burkholderia_stagnalis_dm.txt b/scripts/distance-matrix/s__Burkholderia_stagnalis_dm.txt new file mode 100644 index 0000000..2436a34 --- /dev/null +++ b/scripts/distance-matrix/s__Burkholderia_stagnalis_dm.txt @@ -0,0 +1,631 @@ + 63 +G001532985 0.000000 0.302561 0.212541 0.192363 0.274273 0.225050 + 0.177325 0.180513 0.212541 0.213366 0.231135 0.212541 0.212541 + 0.203320 0.212541 0.167067 0.187677 0.193666 0.238185 0.190980 + 0.224306 0.189381 0.187724 0.223894 0.274227 0.186919 0.185831 + 0.212541 0.238960 0.187701 0.194435 0.212541 0.213366 0.166283 + 0.180513 0.201679 0.203955 0.212541 0.216722 0.180513 0.207494 + 0.186919 0.184702 0.225848 0.203320 0.279053 0.212541 0.224306 + 0.193666 0.201679 0.000010 0.224306 0.212541 0.203320 0.180513 + 0.186919 0.212541 0.196984 0.273341 0.180513 0.222587 0.213366 + 0.231135 +G001534515 0.302561 0.000000 0.317603 0.083215 0.406000 0.338909 + 0.261413 0.303603 0.317603 0.318569 0.344542 0.317603 0.317603 + 0.306358 0.317603 0.253128 0.091028 0.293850 0.351337 0.242094 + 0.338072 0.240339 0.295133 0.337339 0.447662 0.296081 0.089419 + 0.317603 0.352228 0.296991 0.292804 0.317603 0.318569 0.252223 + 0.303603 0.285487 0.290269 0.317603 0.274260 0.303603 0.253107 + 0.296081 0.276631 0.338007 0.306358 0.394518 0.317603 0.338072 + 0.293850 0.285487 0.302561 0.338072 0.317603 0.306358 0.303603 + 0.296081 0.317603 0.288211 0.448814 0.303603 0.394270 0.318569 + 0.344542 +G001533025 0.212541 0.317603 0.000000 0.206292 0.267506 0.235968 + 0.195277 0.200087 0.000010 0.000627 0.234771 0.000010 0.000010 + 0.006330 0.000010 0.191620 0.200665 0.183185 0.228239 0.205485 + 0.235220 0.205503 0.208191 0.234787 0.322810 0.207378 0.198779 + 0.000010 0.228997 0.208167 0.181074 0.000010 0.000627 0.190815 + 0.200087 0.187384 0.204818 0.000010 0.230862 0.200087 0.225918 + 0.207378 0.172092 0.236139 0.006330 0.288034 0.000010 0.235220 + 0.183185 0.187384 0.212541 0.235220 0.000010 0.006330 0.200087 + 0.207378 0.000010 0.197786 0.321867 0.200087 0.262333 0.000627 + 0.234771 +G001527585 0.192363 0.083215 0.206292 0.000000 0.284837 0.230553 + 0.161908 0.195267 0.206292 0.207110 0.230192 0.206292 0.206292 + 0.197168 0.206292 0.150695 0.006335 0.189087 0.237244 0.143451 + 0.229805 0.141964 0.189872 0.229325 0.321381 0.189074 0.005057 + 0.206292 0.238019 0.189373 0.185642 0.206292 0.207110 0.149933 + 0.195267 0.179169 0.182357 0.206292 0.172020 0.195267 0.147303 + 0.188600 0.169613 0.231356 0.196671 0.276548 0.206292 0.229805 + 0.189087 0.179169 0.192363 0.229805 0.206292 0.197168 0.195267 + 0.189074 0.206292 0.184657 0.320437 0.195267 0.276118 0.207110 + 0.230192 +G001533575 0.274273 0.406000 0.267506 0.284837 0.000000 0.211177 + 0.253436 0.264062 0.267506 0.268380 0.131791 0.267506 0.267506 + 0.277840 0.267506 0.249186 0.273951 0.261170 0.137738 0.265813 + 0.210434 0.266849 0.273025 0.212931 0.181272 0.272147 0.272687 + 0.267506 0.138451 0.276600 0.269690 0.267506 0.268380 0.248314 + 0.264062 0.280685 0.274113 0.267506 0.281945 0.264062 0.304889 + 0.275747 0.251524 0.211970 0.281482 0.150917 0.267506 0.210434 + 0.261170 0.280685 0.274273 0.210434 0.267506 0.277840 0.264062 + 0.272147 0.267506 0.259196 0.180455 0.264062 0.154040 0.268380 + 0.131791 +G001527665 0.225050 0.338909 0.235968 0.230553 0.211177 0.000000 + 0.216381 0.244884 0.235968 0.236811 0.202149 0.235968 0.235968 + 0.228146 0.235968 0.204044 0.222173 0.217060 0.207889 0.220909 + 0.004383 0.220138 0.252839 0.006273 0.205583 0.251976 0.220214 + 0.235968 0.208647 0.256355 0.211795 0.235968 0.236811 0.203225 + 0.244884 0.222624 0.243498 0.235968 0.247939 0.244884 0.216167 + 0.255517 0.205095 0.000625 0.231564 0.167104 0.235968 0.004383 + 0.217060 0.222624 0.225050 0.004383 0.235968 0.228146 0.244884 + 0.251976 0.235968 0.219530 0.204762 0.244884 0.188973 0.236811 + 0.202149 +G001527645 0.177325 0.261413 0.195277 0.161908 0.253436 0.216381 + 0.000000 0.155189 0.195277 0.196076 0.204604 0.195277 0.195277 + 0.204407 0.195277 0.138630 0.157524 0.164904 0.209669 0.155075 + 0.215642 0.153562 0.161978 0.215192 0.289350 0.161210 0.155803 + 0.195277 0.210419 0.161957 0.176493 0.195277 0.196076 0.137879 + 0.155189 0.183522 0.168767 0.195277 0.178759 0.155189 0.196757 + 0.161210 0.152360 0.215609 0.204407 0.255382 0.195277 0.215642 + 0.164904 0.183522 0.177325 0.215642 0.195277 0.204407 0.155189 + 0.161210 0.195277 0.149883 0.288442 0.155189 0.261828 0.196076 + 0.204604 +G001533235 0.180513 0.303603 0.200087 0.195267 0.264062 0.244884 + 0.155189 0.000000 0.200087 0.200890 0.229422 0.200087 0.200087 + 0.209293 0.200087 0.164189 0.189751 0.183503 0.236390 0.185748 + 0.244130 0.184164 0.005683 0.243621 0.324807 0.005049 0.187906 + 0.200087 0.237156 0.005682 0.201937 0.200087 0.200890 0.163411 + 0.000010 0.208487 0.162987 0.200087 0.195228 0.000010 0.192992 + 0.005049 0.161016 0.245697 0.209293 0.288462 0.200087 0.244130 + 0.183503 0.208487 0.180513 0.244130 0.200087 0.209293 0.000010 + 0.005049 0.200087 0.164537 0.323862 0.000010 0.295414 0.200890 + 0.229422 +G001532345 0.212541 0.317603 0.000010 0.206292 0.267506 0.235968 + 0.195277 0.200087 0.000000 0.000627 0.234771 0.000010 0.000010 + 0.006330 0.000010 0.191620 0.200665 0.183185 0.228239 0.205485 + 0.235220 0.205503 0.208191 0.234787 0.322810 0.207378 0.198779 + 0.000010 0.228997 0.208167 0.181074 0.000010 0.000627 0.190815 + 0.200087 0.187384 0.204818 0.000010 0.230862 0.200087 0.225918 + 0.207378 0.172092 0.236139 0.006330 0.288034 0.000010 0.235220 + 0.183185 0.187384 0.212541 0.235220 0.000010 0.006330 0.200087 + 0.207378 0.000010 0.197786 0.321867 0.200087 0.262333 0.000627 + 0.234771 +G001531405 0.213366 0.318569 0.000627 0.207110 0.268380 0.236811 + 0.196076 0.200890 0.000627 0.000000 0.235602 0.000627 0.000627 + 0.006967 0.000627 0.192418 0.201476 0.183973 0.229061 0.206302 + 0.236062 0.206321 0.209005 0.235627 0.323753 0.208191 0.199586 + 0.000627 0.229820 0.208981 0.181861 0.000627 0.000010 0.191612 + 0.200890 0.188180 0.205633 0.000627 0.231741 0.200890 0.226764 + 0.208191 0.172871 0.236983 0.006967 0.288933 0.000627 0.236062 + 0.183973 0.188180 0.213366 0.236062 0.000627 0.006967 0.200890 + 0.208191 0.000627 0.198584 0.322810 0.200890 0.263202 0.000010 + 0.235602 +G001526815 0.231135 0.344542 0.234771 0.230192 0.131791 0.202149 + 0.204604 0.229422 0.234771 0.235602 0.000000 0.234771 0.234771 + 0.244446 0.234771 0.214470 0.224423 0.227286 0.004418 0.218741 + 0.201419 0.219684 0.237060 0.203865 0.206901 0.236227 0.223300 + 0.234771 0.005050 0.237034 0.226680 0.234771 0.235602 0.213646 + 0.229422 0.234245 0.220425 0.234771 0.249909 0.229422 0.244983 + 0.236227 0.203758 0.202927 0.244446 0.176592 0.234771 0.201419 + 0.227286 0.234245 0.231135 0.201419 0.234771 0.244446 0.229422 + 0.236227 0.234771 0.217314 0.206071 0.229422 0.173140 0.235602 + 0.000010 +G001534385 0.212541 0.317603 0.000010 0.206292 0.267506 0.235968 + 0.195277 0.200087 0.000010 0.000627 0.234771 0.000000 0.000010 + 0.006330 0.000010 0.191620 0.200665 0.183185 0.228239 0.205485 + 0.235220 0.205503 0.208191 0.234787 0.322810 0.207378 0.198779 + 0.000010 0.228997 0.208167 0.181074 0.000010 0.000627 0.190815 + 0.200087 0.187384 0.204818 0.000010 0.230862 0.200087 0.225918 + 0.207378 0.172092 0.236139 0.006330 0.288034 0.000010 0.235220 + 0.183185 0.187384 0.212541 0.235220 0.000010 0.006330 0.200087 + 0.207378 0.000010 0.197786 0.321867 0.200087 0.262333 0.000627 + 0.234771 +G001534525 0.212541 0.317603 0.000010 0.206292 0.267506 0.235968 + 0.195277 0.200087 0.000010 0.000627 0.234771 0.000010 0.000000 + 0.006330 0.000010 0.191620 0.200665 0.183185 0.228239 0.205485 + 0.235220 0.205503 0.208191 0.234787 0.322810 0.207378 0.198779 + 0.000010 0.228997 0.208167 0.181074 0.000010 0.000627 0.190815 + 0.200087 0.187384 0.204818 0.000010 0.230862 0.200087 0.225918 + 0.207378 0.172092 0.236139 0.006330 0.288034 0.000010 0.235220 + 0.183185 0.187384 0.212541 0.235220 0.000010 0.006330 0.200087 + 0.207378 0.000010 0.197786 0.321867 0.200087 0.262333 0.000627 + 0.234771 +G001533905 0.203320 0.306358 0.006330 0.197168 0.277840 0.228146 + 0.204407 0.209293 0.006330 0.006967 0.244446 0.006330 0.006330 + 0.000000 0.006330 0.182774 0.191648 0.174482 0.237789 0.196369 + 0.227404 0.196386 0.217557 0.226989 0.321874 0.216731 0.189801 + 0.006330 0.238557 0.217532 0.172392 0.006330 0.006967 0.181982 + 0.209293 0.178578 0.214187 0.006330 0.220957 0.209293 0.216406 + 0.216731 0.180897 0.228312 0.000010 0.279497 0.006330 0.227404 + 0.174482 0.178578 0.203320 0.227404 0.006330 0.000010 0.209293 + 0.216731 0.006330 0.206930 0.320932 0.209293 0.254169 0.006967 + 0.244446 +G001532315 0.212541 0.317603 0.000010 0.206292 0.267506 0.235968 + 0.195277 0.200087 0.000010 0.000627 0.234771 0.000010 0.000010 + 0.006330 0.000000 0.191620 0.200665 0.183185 0.228239 0.205485 + 0.235220 0.205503 0.208191 0.234787 0.322810 0.207378 0.198779 + 0.000010 0.228997 0.208167 0.181074 0.000010 0.000627 0.190815 + 0.200087 0.187384 0.204818 0.000010 0.230862 0.200087 0.225918 + 0.207378 0.172092 0.236139 0.006330 0.288034 0.000010 0.235220 + 0.183185 0.187384 0.212541 0.235220 0.000010 0.006330 0.200087 + 0.207378 0.000010 0.197786 0.321867 0.200087 0.262333 0.000627 + 0.234771 +G001533485 0.167067 0.253128 0.191620 0.150695 0.249186 0.204044 + 0.138630 0.164189 0.191620 0.192418 0.214470 0.191620 0.191620 + 0.182774 0.191620 0.000000 0.145623 0.166638 0.221311 0.149996 + 0.203313 0.148486 0.171877 0.202889 0.274576 0.171094 0.143942 + 0.191620 0.222072 0.171855 0.169964 0.191620 0.192418 0.000627 + 0.164189 0.176158 0.186915 0.191620 0.168858 0.164189 0.186057 + 0.171094 0.144212 0.204822 0.182774 0.233426 0.191620 0.203313 + 0.166638 0.176158 0.167067 0.203313 0.191620 0.182774 0.164189 + 0.171094 0.191620 0.154110 0.273683 0.164189 0.243504 0.192418 + 0.214470 +G001532645 0.187677 0.091028 0.200665 0.006335 0.273951 0.222173 + 0.157524 0.189751 0.200665 0.201476 0.224423 0.200665 0.200665 + 0.191648 0.200665 0.145623 0.000000 0.184480 0.231387 0.150733 + 0.221432 0.149227 0.197774 0.220970 0.309071 0.196966 0.001255 + 0.200665 0.232157 0.197750 0.181053 0.200665 0.201476 0.144869 + 0.189751 0.187358 0.190687 0.200665 0.166517 0.189751 0.155166 + 0.196966 0.164309 0.222967 0.191648 0.265063 0.200665 0.221432 + 0.184480 0.187358 0.187677 0.221432 0.200665 0.191648 0.189751 + 0.196966 0.200665 0.176033 0.308141 0.189751 0.266321 0.201476 + 0.224423 +G001534295 0.193666 0.293850 0.183185 0.189087 0.261170 0.217060 + 0.164904 0.183503 0.183185 0.183973 0.227286 0.183185 0.183185 + 0.174482 0.183185 0.166638 0.184480 0.000000 0.233213 0.184720 + 0.216326 0.183979 0.190619 0.215933 0.303505 0.189826 0.182665 + 0.183185 0.233980 0.190596 0.165033 0.183185 0.183973 0.165862 + 0.183503 0.171852 0.179361 0.183185 0.210463 0.183503 0.193444 + 0.189826 0.171399 0.217844 0.174482 0.260714 0.183185 0.216326 + 0.000010 0.171852 0.193666 0.216326 0.183185 0.174482 0.183503 + 0.189826 0.183185 0.175285 0.302584 0.183503 0.256784 0.183973 + 0.227286 +G001529625 0.238185 0.351337 0.228239 0.237244 0.137738 0.207889 + 0.209669 0.236390 0.228239 0.229061 0.004418 0.228239 0.228239 + 0.237789 0.228239 0.221311 0.231387 0.233213 0.000000 0.225654 + 0.207152 0.226612 0.244143 0.209623 0.213841 0.243300 0.230243 + 0.228239 0.000626 0.244117 0.232618 0.228239 0.229061 0.220476 + 0.236390 0.240281 0.227388 0.228239 0.257507 0.236390 0.252272 + 0.243300 0.210464 0.208044 0.237789 0.183107 0.228239 0.207152 + 0.233213 0.240281 0.238185 0.207152 0.228239 0.237789 0.236390 + 0.243300 0.228239 0.224157 0.213001 0.236390 0.179609 0.229061 + 0.004418 +G001527305 0.190980 0.242094 0.205485 0.143451 0.265813 0.220909 + 0.155075 0.185748 0.205485 0.206302 0.218741 0.205485 0.205485 + 0.196369 0.205485 0.149996 0.150733 0.184720 0.225654 0.000000 + 0.220166 0.001884 0.179848 0.219705 0.310610 0.179059 0.149028 + 0.205485 0.226421 0.179826 0.198446 0.205485 0.206302 0.149232 + 0.185748 0.191625 0.174878 0.205485 0.033122 0.185748 0.189275 + 0.179059 0.169033 0.221705 0.196369 0.266454 0.205485 0.220166 + 0.184720 0.191625 0.190980 0.220166 0.205485 0.196369 0.185748 + 0.179059 0.205485 0.177954 0.309677 0.185748 0.268849 0.206302 + 0.218741 +G001533815 0.224306 0.338072 0.235220 0.229805 0.210434 0.004383 + 0.215642 0.244130 0.235220 0.236062 0.201419 0.235220 0.235220 + 0.227404 0.235220 0.203313 0.221432 0.216326 0.207152 0.220166 + 0.000000 0.219395 0.252078 0.005645 0.204843 0.251215 0.219475 + 0.235220 0.207911 0.255592 0.211061 0.235220 0.236062 0.202495 + 0.244130 0.221882 0.242738 0.235220 0.247149 0.244130 0.215429 + 0.254754 0.204358 0.005011 0.230821 0.166396 0.235220 0.000010 + 0.216326 0.221882 0.224306 0.000010 0.235220 0.227404 0.244130 + 0.251215 0.235220 0.218793 0.204023 0.244130 0.188245 0.236062 + 0.201419 +G001527265 0.189381 0.240339 0.205503 0.141964 0.266849 0.220138 + 0.153562 0.184164 0.205503 0.206321 0.219684 0.205503 0.205503 + 0.196386 0.205503 0.148486 0.149227 0.183979 0.226612 0.001884 + 0.219395 0.000000 0.178278 0.218936 0.310641 0.177491 0.147527 + 0.205503 0.227380 0.178256 0.196073 0.205503 0.206321 0.147723 + 0.184164 0.189276 0.173302 0.205503 0.031056 0.184164 0.187677 + 0.177491 0.166714 0.220934 0.196386 0.266479 0.205503 0.219395 + 0.183979 0.189276 0.189381 0.219395 0.205503 0.196386 0.184164 + 0.177491 0.205503 0.175633 0.309708 0.184164 0.268874 0.206321 + 0.219684 +G001529545 0.187724 0.295133 0.208191 0.189872 0.273025 0.252839 + 0.161978 0.005683 0.208191 0.209005 0.237060 0.208191 0.208191 + 0.217557 0.208191 0.171877 0.197774 0.190619 0.244143 0.179848 + 0.252078 0.178278 0.000000 0.251550 0.332857 0.000627 0.195894 + 0.208191 0.244918 0.001255 0.209340 0.208191 0.209005 0.171088 + 0.005683 0.202398 0.157285 0.208191 0.203692 0.005683 0.186974 + 0.000627 0.168662 0.253662 0.217557 0.297845 0.208191 0.252078 + 0.190619 0.202398 0.187724 0.252078 0.208191 0.217557 0.005683 + 0.000627 0.208191 0.172159 0.333826 0.005683 0.304004 0.209005 + 0.237060 +G001533705 0.223894 0.337339 0.234787 0.229325 0.212931 0.006273 + 0.215192 0.243621 0.234787 0.235627 0.203865 0.234787 0.234787 + 0.226989 0.234787 0.202889 0.220970 0.215933 0.209623 0.219705 + 0.005645 0.218936 0.251550 0.000000 0.207323 0.250690 0.219018 + 0.234787 0.210383 0.255057 0.210677 0.234787 0.235627 0.202072 + 0.243621 0.221475 0.242285 0.234787 0.246610 0.243621 0.214980 + 0.254221 0.203984 0.006902 0.230398 0.168733 0.234787 0.005645 + 0.215933 0.221475 0.223894 0.005645 0.234787 0.226989 0.243621 + 0.250690 0.234787 0.218338 0.206500 0.243621 0.190667 0.235627 + 0.203865 +G001533645 0.274227 0.447662 0.322810 0.321381 0.181272 0.205583 + 0.289350 0.324807 0.322810 0.323753 0.206901 0.322810 0.322810 + 0.321874 0.322810 0.274576 0.309071 0.303505 0.213841 0.310610 + 0.204843 0.310641 0.332857 0.207323 0.000000 0.333826 0.308451 + 0.322810 0.214618 0.338665 0.307163 0.322810 0.323753 0.273668 + 0.324807 0.318872 0.322668 0.322810 0.347031 0.324807 0.307501 + 0.337734 0.294794 0.206371 0.325725 0.042159 0.322810 0.204843 + 0.303505 0.318872 0.274227 0.204843 0.322810 0.321874 0.324807 + 0.333826 0.322810 0.301562 0.000634 0.324807 0.146555 0.323753 + 0.206901 +G001534285 0.186919 0.296081 0.207378 0.189074 0.272147 0.251976 + 0.161210 0.005049 0.207378 0.208191 0.236227 0.207378 0.207378 + 0.216731 0.207378 0.171094 0.196966 0.189826 0.243300 0.179059 + 0.251215 0.177491 0.000627 0.250690 0.333826 0.000000 0.195089 + 0.207378 0.244074 0.000627 0.208522 0.207378 0.208191 0.170306 + 0.005049 0.201588 0.156519 0.207378 0.202841 0.005049 0.186171 + 0.000010 0.167882 0.252799 0.216731 0.296933 0.207378 0.251215 + 0.189826 0.201588 0.186919 0.251215 0.207378 0.216731 0.005049 + 0.000010 0.207378 0.171384 0.332869 0.005049 0.303092 0.208191 + 0.236227 +G001533335 0.185831 0.089419 0.198779 0.005057 0.272687 0.220214 + 0.155803 0.187906 0.198779 0.199586 0.223300 0.198779 0.198779 + 0.189801 0.198779 0.143942 0.001255 0.182665 0.230243 0.149028 + 0.219475 0.147527 0.195894 0.219018 0.308451 0.195089 0.000000 + 0.198779 0.231011 0.195871 0.179246 0.198779 0.199586 0.143191 + 0.187906 0.185523 0.188819 0.198779 0.164686 0.187906 0.153408 + 0.195089 0.162545 0.221005 0.189801 0.264541 0.198779 0.219475 + 0.182665 0.185523 0.185831 0.219475 0.198779 0.189801 0.187906 + 0.195089 0.198779 0.174240 0.307523 0.187906 0.265085 0.199586 + 0.223300 +G001534035 0.212541 0.317603 0.000010 0.206292 0.267506 0.235968 + 0.195277 0.200087 0.000010 0.000627 0.234771 0.000010 0.000010 + 0.006330 0.000010 0.191620 0.200665 0.183185 0.228239 0.205485 + 0.235220 0.205503 0.208191 0.234787 0.322810 0.207378 0.198779 + 0.000000 0.228997 0.208167 0.181074 0.000010 0.000627 0.190815 + 0.200087 0.187384 0.204818 0.000010 0.230862 0.200087 0.225918 + 0.207378 0.172092 0.236139 0.006330 0.288034 0.000010 0.235220 + 0.183185 0.187384 0.212541 0.235220 0.000010 0.006330 0.200087 + 0.207378 0.000010 0.197786 0.321867 0.200087 0.262333 0.000627 + 0.234771 +G001533075 0.238960 0.352228 0.228997 0.238019 0.138451 0.208647 + 0.210419 0.237156 0.228997 0.229820 0.005050 0.228997 0.228997 + 0.238557 0.228997 0.222072 0.232157 0.233980 0.000626 0.226421 + 0.207911 0.227380 0.244918 0.210383 0.214618 0.244074 0.231011 + 0.228997 0.000000 0.244892 0.233387 0.228997 0.229820 0.221237 + 0.237156 0.241058 0.228160 0.228997 0.257507 0.237156 0.253065 + 0.244074 0.211217 0.208803 0.238557 0.183857 0.228997 0.207911 + 0.233980 0.241058 0.238960 0.207911 0.228997 0.238557 0.237156 + 0.244074 0.228997 0.224917 0.213778 0.237156 0.180355 0.229820 + 0.005050 +G001529505 0.187701 0.296991 0.208167 0.189373 0.276600 0.256355 + 0.161957 0.005682 0.208167 0.208981 0.237034 0.208167 0.208167 + 0.217532 0.208167 0.171855 0.197750 0.190596 0.244117 0.179826 + 0.255592 0.178256 0.001255 0.255057 0.338665 0.000627 0.195871 + 0.208167 0.244892 0.000000 0.209315 0.208167 0.208981 0.171066 + 0.005682 0.201863 0.156879 0.208167 0.203667 0.005682 0.186479 + 0.000626 0.168641 0.257181 0.216976 0.301550 0.208167 0.255592 + 0.190596 0.201863 0.187701 0.255592 0.208167 0.217532 0.005682 + 0.000627 0.208167 0.175331 0.337704 0.005682 0.307712 0.208981 + 0.237034 +G001534505 0.194435 0.292804 0.181074 0.185642 0.269690 0.211795 + 0.176493 0.201937 0.181074 0.181861 0.226680 0.181074 0.181074 + 0.172392 0.181074 0.169964 0.181053 0.165033 0.232618 0.198446 + 0.211061 0.196073 0.209340 0.210677 0.307163 0.208522 0.179246 + 0.181074 0.233387 0.209315 0.000000 0.181074 0.181861 0.169181 + 0.201937 0.005054 0.188024 0.181074 0.220966 0.201937 0.199752 + 0.208522 0.177055 0.212578 0.172392 0.264068 0.181074 0.211061 + 0.165033 0.005054 0.194435 0.211061 0.181074 0.172392 0.201937 + 0.208522 0.181074 0.179323 0.306237 0.201937 0.250069 0.181861 + 0.226680 +G001534015 0.212541 0.317603 0.000010 0.206292 0.267506 0.235968 + 0.195277 0.200087 0.000010 0.000627 0.234771 0.000010 0.000010 + 0.006330 0.000010 0.191620 0.200665 0.183185 0.228239 0.205485 + 0.235220 0.205503 0.208191 0.234787 0.322810 0.207378 0.198779 + 0.000010 0.228997 0.208167 0.181074 0.000000 0.000627 0.190815 + 0.200087 0.187384 0.204818 0.000010 0.230862 0.200087 0.225918 + 0.207378 0.172092 0.236139 0.006330 0.288034 0.000010 0.235220 + 0.183185 0.187384 0.212541 0.235220 0.000010 0.006330 0.200087 + 0.207378 0.000010 0.197786 0.321867 0.200087 0.262333 0.000627 + 0.234771 +G001531065 0.213366 0.318569 0.000627 0.207110 0.268380 0.236811 + 0.196076 0.200890 0.000627 0.000010 0.235602 0.000627 0.000627 + 0.006967 0.000627 0.192418 0.201476 0.183973 0.229061 0.206302 + 0.236062 0.206321 0.209005 0.235627 0.323753 0.208191 0.199586 + 0.000627 0.229820 0.208981 0.181861 0.000627 0.000000 0.191612 + 0.200890 0.188180 0.205633 0.000627 0.231741 0.200890 0.226764 + 0.208191 0.172871 0.236983 0.006967 0.288933 0.000627 0.236062 + 0.183973 0.188180 0.213366 0.236062 0.000627 0.006967 0.200890 + 0.208191 0.000627 0.198584 0.322810 0.200890 0.263202 0.000010 + 0.235602 +G001532995 0.166283 0.252223 0.190815 0.149933 0.248314 0.203225 + 0.137879 0.163411 0.190815 0.191612 0.213646 0.190815 0.190815 + 0.181982 0.190815 0.000627 0.144869 0.165862 0.220476 0.149232 + 0.202495 0.147723 0.171088 0.202072 0.273668 0.170306 0.143191 + 0.190815 0.221237 0.171066 0.169181 0.190815 0.191612 0.000000 + 0.163411 0.175366 0.186103 0.190815 0.168042 0.163411 0.185245 + 0.170306 0.143448 0.204002 0.181982 0.232575 0.190815 0.202495 + 0.165862 0.175366 0.166283 0.202495 0.190815 0.181982 0.163411 + 0.170306 0.190815 0.153343 0.272776 0.163411 0.242643 0.191612 + 0.213646 +G001533115 0.180513 0.303603 0.200087 0.195267 0.264062 0.244884 + 0.155189 0.000010 0.200087 0.200890 0.229422 0.200087 0.200087 + 0.209293 0.200087 0.164189 0.189751 0.183503 0.236390 0.185748 + 0.244130 0.184164 0.005683 0.243621 0.324807 0.005049 0.187906 + 0.200087 0.237156 0.005682 0.201937 0.200087 0.200890 0.163411 + 0.000000 0.208487 0.162987 0.200087 0.195228 0.000010 0.192992 + 0.005049 0.161016 0.245697 0.209293 0.288462 0.200087 0.244130 + 0.183503 0.208487 0.180513 0.244130 0.200087 0.209293 0.000010 + 0.005049 0.200087 0.164537 0.323862 0.000010 0.295414 0.200890 + 0.229422 +G001527825 0.201679 0.285487 0.187384 0.179169 0.280685 0.222624 + 0.183522 0.208487 0.187384 0.188180 0.234245 0.187384 0.187384 + 0.178578 0.187384 0.176158 0.187358 0.171852 0.240281 0.191625 + 0.221882 0.189276 0.202398 0.221475 0.318872 0.201588 0.185523 + 0.187384 0.241058 0.201863 0.005054 0.187384 0.188180 0.175366 + 0.208487 0.000000 0.180803 0.187384 0.228023 0.208487 0.192358 + 0.201079 0.183336 0.223419 0.178136 0.274953 0.187384 0.221882 + 0.171852 0.000010 0.201679 0.221882 0.187384 0.178578 0.208487 + 0.201588 0.187384 0.188869 0.317931 0.208487 0.261506 0.188180 + 0.234245 +G001527725 0.203955 0.290269 0.204818 0.182357 0.274113 0.243498 + 0.168767 0.162987 0.204818 0.205633 0.220425 0.204818 0.204818 + 0.214187 0.204818 0.186915 0.190687 0.179361 0.227388 0.174878 + 0.242738 0.173302 0.157285 0.242285 0.322668 0.156519 0.188819 + 0.204818 0.228160 0.156879 0.188024 0.204818 0.205633 0.186103 + 0.162987 0.180803 0.000000 0.204818 0.213362 0.162987 0.180313 + 0.156135 0.145876 0.244318 0.213638 0.285124 0.204818 0.242738 + 0.179361 0.180803 0.203955 0.242738 0.204818 0.214187 0.162987 + 0.156519 0.204818 0.154867 0.321715 0.162987 0.276464 0.205633 + 0.220425 +G001533605 0.212541 0.317603 0.000010 0.206292 0.267506 0.235968 + 0.195277 0.200087 0.000010 0.000627 0.234771 0.000010 0.000010 + 0.006330 0.000010 0.191620 0.200665 0.183185 0.228239 0.205485 + 0.235220 0.205503 0.208191 0.234787 0.322810 0.207378 0.198779 + 0.000010 0.228997 0.208167 0.181074 0.000010 0.000627 0.190815 + 0.200087 0.187384 0.204818 0.000000 0.230862 0.200087 0.225918 + 0.207378 0.172092 0.236139 0.006330 0.288034 0.000010 0.235220 + 0.183185 0.187384 0.212541 0.235220 0.000010 0.006330 0.200087 + 0.207378 0.000010 0.197786 0.321867 0.200087 0.262333 0.000627 + 0.234771 +G001527285 0.216722 0.274260 0.230862 0.172020 0.281945 0.247939 + 0.178759 0.195228 0.230862 0.231741 0.249909 0.230862 0.230862 + 0.220957 0.230862 0.168858 0.166517 0.210463 0.257507 0.033122 + 0.247149 0.031056 0.203692 0.246610 0.347031 0.202841 0.164686 + 0.230862 0.257507 0.203667 0.220966 0.230862 0.231741 0.168042 + 0.195228 0.228023 0.213362 0.230862 0.000000 0.195228 0.226032 + 0.202841 0.195779 0.248792 0.220957 0.298803 0.230862 0.247149 + 0.210463 0.228023 0.216722 0.247149 0.230862 0.220957 0.195228 + 0.202841 0.230862 0.203444 0.346020 0.195228 0.303300 0.231741 + 0.249909 +G001526825 0.180513 0.303603 0.200087 0.195267 0.264062 0.244884 + 0.155189 0.000010 0.200087 0.200890 0.229422 0.200087 0.200087 + 0.209293 0.200087 0.164189 0.189751 0.183503 0.236390 0.185748 + 0.244130 0.184164 0.005683 0.243621 0.324807 0.005049 0.187906 + 0.200087 0.237156 0.005682 0.201937 0.200087 0.200890 0.163411 + 0.000010 0.208487 0.162987 0.200087 0.195228 0.000000 0.192992 + 0.005049 0.161016 0.245697 0.209293 0.288462 0.200087 0.244130 + 0.183503 0.208487 0.180513 0.244130 0.200087 0.209293 0.000010 + 0.005049 0.200087 0.164537 0.323862 0.000010 0.295414 0.200890 + 0.229422 +G001527805 0.207494 0.253107 0.225918 0.147303 0.304889 0.216167 + 0.196757 0.192992 0.225918 0.226764 0.244983 0.225918 0.225918 + 0.216406 0.225918 0.186057 0.155166 0.193444 0.252272 0.189275 + 0.215429 0.187677 0.186974 0.214980 0.307501 0.186171 0.153408 + 0.225918 0.253065 0.186479 0.199752 0.225918 0.226764 0.185245 + 0.192992 0.192358 0.180313 0.225918 0.226032 0.192992 0.000000 + 0.185701 0.209807 0.216955 0.215849 0.263547 0.225918 0.215429 + 0.193444 0.192358 0.207494 0.215429 0.225918 0.216406 0.192992 + 0.186171 0.225918 0.197909 0.306571 0.192992 0.293779 0.226764 + 0.244983 +G001533205 0.186919 0.296081 0.207378 0.188600 0.275747 0.255517 + 0.161210 0.005049 0.207378 0.208191 0.236227 0.207378 0.207378 + 0.216731 0.207378 0.171094 0.196966 0.189826 0.243300 0.179059 + 0.254754 0.177491 0.000627 0.254221 0.337734 0.000010 0.195089 + 0.207378 0.244074 0.000626 0.208522 0.207378 0.208191 0.170306 + 0.005049 0.201079 0.156135 0.207378 0.202841 0.005049 0.185701 + 0.000000 0.167882 0.256342 0.216178 0.300664 0.207378 0.254754 + 0.189826 0.201079 0.186919 0.254754 0.207378 0.216731 0.005049 + 0.000010 0.207378 0.174574 0.336774 0.005049 0.306826 0.208191 + 0.236227 +G001530645 0.184702 0.276631 0.172092 0.169613 0.251524 0.205095 + 0.152360 0.161016 0.172092 0.172871 0.203758 0.172092 0.172092 + 0.180897 0.172092 0.144212 0.164309 0.171399 0.210464 0.169033 + 0.204358 0.166714 0.168662 0.203984 0.294794 0.167882 0.162545 + 0.172092 0.211217 0.168641 0.177055 0.172092 0.172871 0.143448 + 0.161016 0.183336 0.145876 0.172092 0.195779 0.161016 0.209807 + 0.167882 0.000000 0.205879 0.180897 0.259626 0.172092 0.204358 + 0.171399 0.183336 0.184702 0.204358 0.172092 0.180897 0.161016 + 0.167882 0.172092 0.142388 0.293877 0.161016 0.253480 0.172871 + 0.203758 +G001523185 0.225848 0.338007 0.236139 0.231356 0.211970 0.000625 + 0.215609 0.245697 0.236139 0.236983 0.202927 0.236139 0.236139 + 0.228312 0.236139 0.204822 0.222967 0.217844 0.208044 0.221705 + 0.005011 0.220934 0.253662 0.006902 0.206371 0.252799 0.221005 + 0.236139 0.208803 0.257181 0.212578 0.236139 0.236983 0.204002 + 0.245697 0.223419 0.244318 0.236139 0.248792 0.245697 0.216955 + 0.256342 0.205879 0.000000 0.231732 0.167850 0.236139 0.005011 + 0.217844 0.223419 0.225848 0.005011 0.236139 0.228312 0.245697 + 0.252799 0.236139 0.220319 0.205549 0.245697 0.189743 0.236983 + 0.202927 +G001533885 0.203320 0.306358 0.006330 0.196671 0.281482 0.231564 + 0.204407 0.209293 0.006330 0.006967 0.244446 0.006330 0.006330 + 0.000010 0.006330 0.182774 0.191648 0.174482 0.237789 0.196369 + 0.230821 0.196386 0.217557 0.230398 0.325725 0.216731 0.189801 + 0.006330 0.238557 0.216976 0.172392 0.006330 0.006967 0.181982 + 0.209293 0.178136 0.213638 0.006330 0.220957 0.209293 0.215849 + 0.216178 0.180897 0.231732 0.000000 0.283134 0.006330 0.230821 + 0.174482 0.178136 0.203320 0.230821 0.006330 0.000010 0.209293 + 0.216731 0.006330 0.210266 0.324780 0.209293 0.257690 0.006967 + 0.244446 +G001533985 0.279053 0.394518 0.288034 0.276548 0.150917 0.167104 + 0.255382 0.288462 0.288034 0.288933 0.176592 0.288034 0.288034 + 0.279497 0.288034 0.233426 0.265063 0.260714 0.183107 0.266454 + 0.166396 0.266479 0.297845 0.168733 0.042159 0.296933 0.264541 + 0.288034 0.183857 0.301550 0.264068 0.288034 0.288933 0.232575 + 0.288462 0.274953 0.285124 0.288034 0.298803 0.288462 0.263547 + 0.300664 0.259626 0.167850 0.283134 0.000000 0.288034 0.166396 + 0.260714 0.274953 0.279053 0.166396 0.288034 0.279497 0.288462 + 0.296933 0.288034 0.266348 0.041480 0.288462 0.150087 0.288933 + 0.176592 +G001530605 0.212541 0.317603 0.000010 0.206292 0.267506 0.235968 + 0.195277 0.200087 0.000010 0.000627 0.234771 0.000010 0.000010 + 0.006330 0.000010 0.191620 0.200665 0.183185 0.228239 0.205485 + 0.235220 0.205503 0.208191 0.234787 0.322810 0.207378 0.198779 + 0.000010 0.228997 0.208167 0.181074 0.000010 0.000627 0.190815 + 0.200087 0.187384 0.204818 0.000010 0.230862 0.200087 0.225918 + 0.207378 0.172092 0.236139 0.006330 0.288034 0.000000 0.235220 + 0.183185 0.187384 0.212541 0.235220 0.000010 0.006330 0.200087 + 0.207378 0.000010 0.197786 0.321867 0.200087 0.262333 0.000627 + 0.234771 +G001533845 0.224306 0.338072 0.235220 0.229805 0.210434 0.004383 + 0.215642 0.244130 0.235220 0.236062 0.201419 0.235220 0.235220 + 0.227404 0.235220 0.203313 0.221432 0.216326 0.207152 0.220166 + 0.000010 0.219395 0.252078 0.005645 0.204843 0.251215 0.219475 + 0.235220 0.207911 0.255592 0.211061 0.235220 0.236062 0.202495 + 0.244130 0.221882 0.242738 0.235220 0.247149 0.244130 0.215429 + 0.254754 0.204358 0.005011 0.230821 0.166396 0.235220 0.000000 + 0.216326 0.221882 0.224306 0.000010 0.235220 0.227404 0.244130 + 0.251215 0.235220 0.218793 0.204023 0.244130 0.188245 0.236062 + 0.201419 +G001534185 0.193666 0.293850 0.183185 0.189087 0.261170 0.217060 + 0.164904 0.183503 0.183185 0.183973 0.227286 0.183185 0.183185 + 0.174482 0.183185 0.166638 0.184480 0.000010 0.233213 0.184720 + 0.216326 0.183979 0.190619 0.215933 0.303505 0.189826 0.182665 + 0.183185 0.233980 0.190596 0.165033 0.183185 0.183973 0.165862 + 0.183503 0.171852 0.179361 0.183185 0.210463 0.183503 0.193444 + 0.189826 0.171399 0.217844 0.174482 0.260714 0.183185 0.216326 + 0.000000 0.171852 0.193666 0.216326 0.183185 0.174482 0.183503 + 0.189826 0.183185 0.175285 0.302584 0.183503 0.256784 0.183973 + 0.227286 +G001534305 0.201679 0.285487 0.187384 0.179169 0.280685 0.222624 + 0.183522 0.208487 0.187384 0.188180 0.234245 0.187384 0.187384 + 0.178578 0.187384 0.176158 0.187358 0.171852 0.240281 0.191625 + 0.221882 0.189276 0.202398 0.221475 0.318872 0.201588 0.185523 + 0.187384 0.241058 0.201863 0.005054 0.187384 0.188180 0.175366 + 0.208487 0.000010 0.180803 0.187384 0.228023 0.208487 0.192358 + 0.201079 0.183336 0.223419 0.178136 0.274953 0.187384 0.221882 + 0.171852 0.000000 0.201679 0.221882 0.187384 0.178578 0.208487 + 0.201588 0.187384 0.188869 0.317931 0.208487 0.261506 0.188180 + 0.234245 +G001532925 0.000010 0.302561 0.212541 0.192363 0.274273 0.225050 + 0.177325 0.180513 0.212541 0.213366 0.231135 0.212541 0.212541 + 0.203320 0.212541 0.167067 0.187677 0.193666 0.238185 0.190980 + 0.224306 0.189381 0.187724 0.223894 0.274227 0.186919 0.185831 + 0.212541 0.238960 0.187701 0.194435 0.212541 0.213366 0.166283 + 0.180513 0.201679 0.203955 0.212541 0.216722 0.180513 0.207494 + 0.186919 0.184702 0.225848 0.203320 0.279053 0.212541 0.224306 + 0.193666 0.201679 0.000000 0.224306 0.212541 0.203320 0.180513 + 0.186919 0.212541 0.196984 0.273341 0.180513 0.222587 0.213366 + 0.231135 +G001533495 0.224306 0.338072 0.235220 0.229805 0.210434 0.004383 + 0.215642 0.244130 0.235220 0.236062 0.201419 0.235220 0.235220 + 0.227404 0.235220 0.203313 0.221432 0.216326 0.207152 0.220166 + 0.000010 0.219395 0.252078 0.005645 0.204843 0.251215 0.219475 + 0.235220 0.207911 0.255592 0.211061 0.235220 0.236062 0.202495 + 0.244130 0.221882 0.242738 0.235220 0.247149 0.244130 0.215429 + 0.254754 0.204358 0.005011 0.230821 0.166396 0.235220 0.000010 + 0.216326 0.221882 0.224306 0.000000 0.235220 0.227404 0.244130 + 0.251215 0.235220 0.218793 0.204023 0.244130 0.188245 0.236062 + 0.201419 +G001532905 0.212541 0.317603 0.000010 0.206292 0.267506 0.235968 + 0.195277 0.200087 0.000010 0.000627 0.234771 0.000010 0.000010 + 0.006330 0.000010 0.191620 0.200665 0.183185 0.228239 0.205485 + 0.235220 0.205503 0.208191 0.234787 0.322810 0.207378 0.198779 + 0.000010 0.228997 0.208167 0.181074 0.000010 0.000627 0.190815 + 0.200087 0.187384 0.204818 0.000010 0.230862 0.200087 0.225918 + 0.207378 0.172092 0.236139 0.006330 0.288034 0.000010 0.235220 + 0.183185 0.187384 0.212541 0.235220 0.000000 0.006330 0.200087 + 0.207378 0.000010 0.197786 0.321867 0.200087 0.262333 0.000627 + 0.234771 +G001533925 0.203320 0.306358 0.006330 0.197168 0.277840 0.228146 + 0.204407 0.209293 0.006330 0.006967 0.244446 0.006330 0.006330 + 0.000010 0.006330 0.182774 0.191648 0.174482 0.237789 0.196369 + 0.227404 0.196386 0.217557 0.226989 0.321874 0.216731 0.189801 + 0.006330 0.238557 0.217532 0.172392 0.006330 0.006967 0.181982 + 0.209293 0.178578 0.214187 0.006330 0.220957 0.209293 0.216406 + 0.216731 0.180897 0.228312 0.000010 0.279497 0.006330 0.227404 + 0.174482 0.178578 0.203320 0.227404 0.006330 0.000000 0.209293 + 0.216731 0.006330 0.206930 0.320932 0.209293 0.254169 0.006967 + 0.244446 +G001528085 0.180513 0.303603 0.200087 0.195267 0.264062 0.244884 + 0.155189 0.000010 0.200087 0.200890 0.229422 0.200087 0.200087 + 0.209293 0.200087 0.164189 0.189751 0.183503 0.236390 0.185748 + 0.244130 0.184164 0.005683 0.243621 0.324807 0.005049 0.187906 + 0.200087 0.237156 0.005682 0.201937 0.200087 0.200890 0.163411 + 0.000010 0.208487 0.162987 0.200087 0.195228 0.000010 0.192992 + 0.005049 0.161016 0.245697 0.209293 0.288462 0.200087 0.244130 + 0.183503 0.208487 0.180513 0.244130 0.200087 0.209293 0.000000 + 0.005049 0.200087 0.164537 0.323862 0.000010 0.295414 0.200890 + 0.229422 +G001530395 0.186919 0.296081 0.207378 0.189074 0.272147 0.251976 + 0.161210 0.005049 0.207378 0.208191 0.236227 0.207378 0.207378 + 0.216731 0.207378 0.171094 0.196966 0.189826 0.243300 0.179059 + 0.251215 0.177491 0.000627 0.250690 0.333826 0.000010 0.195089 + 0.207378 0.244074 0.000627 0.208522 0.207378 0.208191 0.170306 + 0.005049 0.201588 0.156519 0.207378 0.202841 0.005049 0.186171 + 0.000010 0.167882 0.252799 0.216731 0.296933 0.207378 0.251215 + 0.189826 0.201588 0.186919 0.251215 0.207378 0.216731 0.005049 + 0.000000 0.207378 0.171384 0.332869 0.005049 0.303092 0.208191 + 0.236227 +G001534205 0.212541 0.317603 0.000010 0.206292 0.267506 0.235968 + 0.195277 0.200087 0.000010 0.000627 0.234771 0.000010 0.000010 + 0.006330 0.000010 0.191620 0.200665 0.183185 0.228239 0.205485 + 0.235220 0.205503 0.208191 0.234787 0.322810 0.207378 0.198779 + 0.000010 0.228997 0.208167 0.181074 0.000010 0.000627 0.190815 + 0.200087 0.187384 0.204818 0.000010 0.230862 0.200087 0.225918 + 0.207378 0.172092 0.236139 0.006330 0.288034 0.000010 0.235220 + 0.183185 0.187384 0.212541 0.235220 0.000010 0.006330 0.200087 + 0.207378 0.000000 0.197786 0.321867 0.200087 0.262333 0.000627 + 0.234771 +G001527545 0.196984 0.288211 0.197786 0.184657 0.259196 0.219530 + 0.149883 0.164537 0.197786 0.198584 0.217314 0.197786 0.197786 + 0.206930 0.197786 0.154110 0.176033 0.175285 0.224157 0.177954 + 0.218793 0.175633 0.172159 0.218338 0.301562 0.171384 0.174240 + 0.197786 0.224917 0.175331 0.179323 0.197786 0.198584 0.153343 + 0.164537 0.188869 0.154867 0.197786 0.203444 0.164537 0.197909 + 0.174574 0.142388 0.220319 0.210266 0.266348 0.197786 0.218793 + 0.175285 0.188869 0.196984 0.218793 0.197786 0.206930 0.164537 + 0.171384 0.197786 0.000000 0.300645 0.164537 0.257489 0.198584 + 0.217314 +G001534225 0.273341 0.448814 0.321867 0.320437 0.180455 0.204762 + 0.288442 0.323862 0.321867 0.322810 0.206071 0.321867 0.321867 + 0.320932 0.321867 0.273683 0.308141 0.302584 0.213001 0.309677 + 0.204023 0.309708 0.333826 0.206500 0.000634 0.332869 0.307523 + 0.321867 0.213778 0.337704 0.306237 0.321867 0.322810 0.272776 + 0.323862 0.317931 0.321715 0.321867 0.346020 0.323862 0.306571 + 0.336774 0.293877 0.205549 0.324780 0.041480 0.321867 0.204023 + 0.302584 0.317931 0.273341 0.204023 0.321867 0.320932 0.323862 + 0.332869 0.321867 0.300645 0.000000 0.323862 0.145782 0.322810 + 0.206071 +G001533065 0.180513 0.303603 0.200087 0.195267 0.264062 0.244884 + 0.155189 0.000010 0.200087 0.200890 0.229422 0.200087 0.200087 + 0.209293 0.200087 0.164189 0.189751 0.183503 0.236390 0.185748 + 0.244130 0.184164 0.005683 0.243621 0.324807 0.005049 0.187906 + 0.200087 0.237156 0.005682 0.201937 0.200087 0.200890 0.163411 + 0.000010 0.208487 0.162987 0.200087 0.195228 0.000010 0.192992 + 0.005049 0.161016 0.245697 0.209293 0.288462 0.200087 0.244130 + 0.183503 0.208487 0.180513 0.244130 0.200087 0.209293 0.000010 + 0.005049 0.200087 0.164537 0.323862 0.000000 0.295414 0.200890 + 0.229422 +G001523845 0.222587 0.394270 0.262333 0.276118 0.154040 0.188973 + 0.261828 0.295414 0.262333 0.263202 0.173140 0.262333 0.262333 + 0.254169 0.262333 0.243504 0.266321 0.256784 0.179609 0.268849 + 0.188245 0.268874 0.304004 0.190667 0.146555 0.303092 0.265085 + 0.262333 0.180355 0.307712 0.250069 0.262333 0.263202 0.242643 + 0.295414 0.261506 0.276464 0.262333 0.303300 0.295414 0.293779 + 0.306826 0.253480 0.189743 0.257690 0.150087 0.262333 0.188245 + 0.256784 0.261506 0.222587 0.188245 0.262333 0.254169 0.295414 + 0.303092 0.262333 0.257489 0.145782 0.295414 0.000000 0.263202 + 0.173140 +G001531025 0.213366 0.318569 0.000627 0.207110 0.268380 0.236811 + 0.196076 0.200890 0.000627 0.000010 0.235602 0.000627 0.000627 + 0.006967 0.000627 0.192418 0.201476 0.183973 0.229061 0.206302 + 0.236062 0.206321 0.209005 0.235627 0.323753 0.208191 0.199586 + 0.000627 0.229820 0.208981 0.181861 0.000627 0.000010 0.191612 + 0.200890 0.188180 0.205633 0.000627 0.231741 0.200890 0.226764 + 0.208191 0.172871 0.236983 0.006967 0.288933 0.000627 0.236062 + 0.183973 0.188180 0.213366 0.236062 0.000627 0.006967 0.200890 + 0.208191 0.000627 0.198584 0.322810 0.200890 0.263202 0.000000 + 0.235602 +G001526995 0.231135 0.344542 0.234771 0.230192 0.131791 0.202149 + 0.204604 0.229422 0.234771 0.235602 0.000010 0.234771 0.234771 + 0.244446 0.234771 0.214470 0.224423 0.227286 0.004418 0.218741 + 0.201419 0.219684 0.237060 0.203865 0.206901 0.236227 0.223300 + 0.234771 0.005050 0.237034 0.226680 0.234771 0.235602 0.213646 + 0.229422 0.234245 0.220425 0.234771 0.249909 0.229422 0.244983 + 0.236227 0.203758 0.202927 0.244446 0.176592 0.234771 0.201419 + 0.227286 0.234245 0.231135 0.201419 0.234771 0.244446 0.229422 + 0.236227 0.234771 0.217314 0.206071 0.229422 0.173140 0.235602 + 0.000000 diff --git a/scripts/distance-matrix/s__Pseudomonas_fluorescens_dm.txt b/scripts/distance-matrix/s__Pseudomonas_fluorescens_dm.txt new file mode 100644 index 0000000..aeb9690 --- /dev/null +++ b/scripts/distance-matrix/s__Pseudomonas_fluorescens_dm.txt @@ -0,0 +1,514 @@ + 57 +G001020865 0.000000 0.927074 1.271700 1.034642 0.988914 1.269746 + 0.735177 0.991198 0.618945 0.584032 1.027646 0.215431 0.409980 + 0.267419 0.589859 0.988098 0.486759 0.585432 0.966233 0.729275 + 0.424619 0.981882 1.266164 0.930517 0.911914 0.992789 0.954023 + 1.019118 0.739076 1.004101 0.220578 1.010604 1.262898 1.273044 + 1.267755 1.273044 0.967508 1.039783 0.216936 0.581790 0.934594 + 0.273206 0.520934 0.581462 1.024136 1.273044 0.217049 0.515835 + 1.272844 0.406685 0.539076 0.197775 0.394018 1.270169 0.938662 + 0.527476 0.913889 +G000801775 0.927074 0.000000 1.268551 0.265206 0.265721 1.269426 + 0.897822 0.273523 0.828196 0.909405 0.293213 0.933369 0.891717 + 0.886973 0.910559 0.265837 0.872217 0.906068 0.225396 0.879837 + 0.886091 0.244109 1.267790 0.246512 0.035089 0.263253 0.363128 + 0.267029 0.876148 0.267719 0.953971 0.267789 1.267826 1.268745 + 1.266933 1.268745 0.369907 0.263245 0.904246 0.913534 0.364188 + 0.883984 0.910245 0.897480 0.290733 1.268745 0.923014 0.882203 + 1.270654 0.870469 0.912948 0.976253 0.834770 1.262139 0.376729 + 0.883586 0.031534 +G001020655 1.271700 1.268551 0.000000 1.368397 1.362433 0.000010 + 1.015352 1.404655 1.005059 1.164059 1.425959 1.290364 1.166943 + 1.300405 1.144281 1.362420 1.164374 1.126524 1.380396 1.055482 + 1.188537 1.371902 0.013445 1.386169 1.279870 1.397120 1.240899 + 1.367347 1.053038 1.368613 1.348386 1.401338 0.016923 0.000010 + 0.005742 0.000010 1.286650 1.362871 1.252197 1.125378 1.270022 + 1.307511 1.158592 1.143005 1.426278 0.000010 1.276140 1.126750 + 0.000010 1.160571 1.156268 1.296176 1.165721 0.006201 1.213301 + 1.119653 1.290562 +G000968415 1.034642 0.265206 1.368397 0.000000 0.150720 1.370149 + 1.002116 0.144269 0.891326 0.984484 0.243453 1.014444 0.956532 + 0.979038 0.993410 0.150587 0.943500 0.959598 0.234036 0.995302 + 1.018648 0.230677 1.353994 0.270460 0.263440 0.151802 0.326036 + 0.098645 0.985734 0.147959 1.037942 0.142881 1.359438 1.368533 + 1.362669 1.368533 0.368723 0.014592 1.019515 0.977787 0.333072 + 0.976249 0.947754 0.971379 0.241414 1.368533 1.036029 0.925942 + 1.367820 0.954003 0.985446 1.080953 0.921404 1.362447 0.334688 + 0.956719 0.257389 +G000801795 0.988914 0.265721 1.362433 0.150720 0.000000 1.364420 + 0.998308 0.049806 0.926465 0.980336 0.262904 0.970532 0.963729 + 0.961591 0.978119 0.000010 0.932704 0.933652 0.243373 0.990545 + 1.020787 0.234603 1.353398 0.249218 0.261785 0.046292 0.333481 + 0.149807 0.986108 0.037493 0.999961 0.040368 1.345545 1.362573 + 1.359156 1.362573 0.373123 0.150567 0.974444 0.975686 0.341368 + 0.960535 0.972104 0.963095 0.260790 1.362573 0.986090 0.943320 + 1.360762 0.968323 0.991957 1.044887 0.889904 1.356228 0.356785 + 0.965224 0.257989 +G001020635 1.269746 1.269426 0.000010 1.370149 1.364420 0.000000 + 1.018926 1.408819 1.003622 1.163031 1.429329 1.286960 1.162476 + 1.297615 1.145453 1.364406 1.163078 1.126021 1.382520 1.059788 + 1.183823 1.373670 0.013523 1.387088 1.281472 1.400213 1.240361 + 1.369380 1.057314 1.370649 1.345171 1.403648 0.016788 0.000010 + 0.005776 0.000010 1.287681 1.364575 1.250165 1.125570 1.270747 + 1.304751 1.157308 1.143007 1.429647 0.000010 1.274447 1.125288 + 0.000010 1.154904 1.153860 1.294444 1.159883 0.006237 1.213780 + 1.117127 1.291591 +G001020715 0.735177 0.897822 1.015352 1.002116 0.998308 1.018926 + 0.000000 1.003675 0.594973 0.679880 0.964690 0.805243 0.729377 + 0.825963 0.674977 0.998536 0.735206 0.655865 0.928183 0.147046 + 0.697337 0.932990 1.004767 0.923826 0.883839 1.002535 0.891437 + 1.001040 0.155526 0.999886 0.814555 1.005669 1.009130 1.016497 + 1.013196 1.016497 0.913430 1.002568 0.785120 0.680011 0.892359 + 0.824427 0.757688 0.678805 0.963999 1.016497 0.787630 0.755138 + 1.016459 0.686175 0.721510 0.752164 0.704226 1.015331 0.853019 + 0.722426 0.882947 +G000803005 0.991198 0.273523 1.404655 0.144269 0.049806 1.408819 + 1.003675 0.000000 0.934729 0.987474 0.263290 0.974235 0.966657 + 0.957871 0.982073 0.049765 0.940588 0.945270 0.244208 1.000466 + 1.029179 0.244162 1.389255 0.255342 0.269715 0.036886 0.343917 + 0.147165 0.992367 0.048204 1.004081 0.043944 1.394691 1.406570 + 1.398272 1.406570 0.376603 0.149584 0.974417 0.989960 0.347503 + 0.955878 0.980557 0.970810 0.261487 1.406570 0.987196 0.956498 + 1.404690 0.978774 0.999797 1.053836 0.899145 1.398296 0.355025 + 0.971489 0.266004 +G001307155 0.618945 0.828196 1.005059 0.891326 0.926465 1.003622 + 0.594973 0.934729 0.000000 0.529056 0.885602 0.601130 0.468593 + 0.605305 0.500014 0.927511 0.412101 0.509627 0.847165 0.610814 + 0.468112 0.864160 1.007351 0.872278 0.824259 0.927957 0.778216 + 0.865658 0.623068 0.934225 0.603961 0.934107 1.000190 1.006208 + 1.003053 1.006208 0.814953 0.896443 0.623826 0.498381 0.786640 + 0.609804 0.410663 0.502547 0.885750 1.006208 0.639642 0.414023 + 1.007479 0.458116 0.383470 0.625785 0.434575 1.008033 0.701546 + 0.386813 0.823340 +G000952735 0.584032 0.909405 1.164059 0.984484 0.980336 1.163031 + 0.679880 0.987474 0.529056 0.000000 0.998890 0.626783 0.552561 + 0.648100 0.177224 0.981629 0.542395 0.181827 0.938625 0.676792 + 0.530574 0.919731 1.170963 0.922274 0.887584 0.983532 0.894151 + 0.972323 0.680436 0.984805 0.614863 0.998230 1.166842 1.165333 + 1.166308 1.165333 0.917700 0.985280 0.589442 0.192773 0.897403 + 0.653167 0.541389 0.191485 0.998531 1.165333 0.582348 0.540681 + 1.164936 0.534080 0.516929 0.572287 0.513926 1.168477 0.869875 + 0.502862 0.886948 +G000968025 1.027646 0.293213 1.425959 0.243453 0.262904 1.429329 + 0.964690 0.263290 0.885602 0.998890 0.000000 0.985931 0.959631 + 0.938251 0.964089 0.262977 0.890839 0.969050 0.189361 0.965788 + 1.003377 0.160658 1.411584 0.278045 0.286308 0.262918 0.346313 + 0.220417 0.975286 0.267126 0.997067 0.260442 1.420299 1.426058 + 1.424962 1.426058 0.384061 0.245684 1.008446 0.967537 0.347427 + 0.938551 0.896195 0.939519 0.001566 1.426058 1.034149 0.873494 + 1.425334 0.959624 0.900610 1.040974 0.895280 1.418707 0.324012 + 0.879333 0.280230 +G001648775 0.215431 0.933369 1.290364 1.014444 0.970532 1.286960 + 0.805243 0.974235 0.601130 0.626783 0.985931 0.000000 0.405498 + 0.191535 0.617832 0.971832 0.427910 0.620684 0.945567 0.780327 + 0.446725 0.965824 1.286084 0.922662 0.918479 0.978190 0.893325 + 0.974275 0.788914 0.986348 0.096380 0.990268 1.280302 1.291780 + 1.286357 1.291780 0.914173 1.014407 0.187635 0.618559 0.882965 + 0.195721 0.474815 0.602941 0.983433 1.291780 0.199095 0.467740 + 1.291587 0.411972 0.501555 0.271566 0.375362 1.291315 0.885013 + 0.490690 0.923184 +G000967965 0.409980 0.891717 1.166943 0.956532 0.963729 1.162476 + 0.729377 0.966657 0.468593 0.552561 0.959631 0.405498 0.000000 + 0.423833 0.553790 0.964891 0.302320 0.561217 0.900582 0.710412 + 0.164755 0.910147 1.174266 0.896749 0.879260 0.964783 0.865494 + 0.941623 0.719584 0.967359 0.428629 0.971415 1.160275 1.168231 + 1.158147 1.168231 0.874508 0.955218 0.423649 0.535346 0.864978 + 0.430477 0.339610 0.533892 0.959436 1.168231 0.432801 0.333150 + 1.169863 0.100519 0.383683 0.412516 0.228199 1.168439 0.806835 + 0.359133 0.880382 +G001020875 0.267419 0.886973 1.300405 0.979038 0.961591 1.297615 + 0.825963 0.957871 0.605305 0.648100 0.938251 0.191535 0.423833 + 0.000000 0.635134 0.962651 0.442802 0.633959 0.900138 0.813568 + 0.461540 0.923776 1.294394 0.916499 0.886781 0.958937 0.874510 + 0.949630 0.823913 0.977761 0.206442 0.972745 1.289981 1.301832 + 1.296737 1.301832 0.877555 0.978135 0.244541 0.631702 0.862181 + 0.017943 0.463703 0.617214 0.936207 1.301832 0.242481 0.456240 + 1.303825 0.427061 0.501731 0.323224 0.388360 1.298897 0.845229 + 0.482413 0.887581 +G001623525 0.589859 0.910559 1.144281 0.993410 0.978119 1.145453 + 0.674977 0.982073 0.500014 0.177224 0.964089 0.617832 0.553790 + 0.635134 0.000000 0.978363 0.514421 0.110841 0.949897 0.715908 + 0.527120 0.925914 1.150319 0.925162 0.898455 0.978450 0.878692 + 0.984528 0.721881 0.982703 0.605035 0.987633 1.142447 1.145557 + 1.144530 1.145557 0.882365 0.995307 0.591550 0.096165 0.873529 + 0.645916 0.520316 0.081724 0.964428 1.145557 0.582705 0.525486 + 1.145349 0.538820 0.473410 0.573610 0.514448 1.150170 0.852407 + 0.472469 0.897876 +G000801815 0.988098 0.265837 1.362420 0.150587 0.000010 1.364406 + 0.998536 0.049765 0.927511 0.981629 0.262977 0.971832 0.964891 + 0.962651 0.978363 0.000000 0.933754 0.933915 0.243459 0.990778 + 1.021987 0.234695 1.353392 0.249287 0.261903 0.046254 0.334035 + 0.149675 0.986343 0.037463 1.001285 0.040335 1.345545 1.362560 + 1.359146 1.362560 0.373684 0.150435 0.974474 0.976762 0.341924 + 0.961594 0.973173 0.964153 0.260865 1.362560 0.986111 0.944375 + 1.360750 0.969489 0.993055 1.045985 0.891022 1.356220 0.357340 + 0.966291 0.258109 +G000967945 0.486759 0.872217 1.164374 0.943500 0.932704 1.163078 + 0.735206 0.940588 0.412101 0.542395 0.890839 0.427910 0.302320 + 0.442802 0.514421 0.933754 0.000000 0.529974 0.885767 0.722972 + 0.359655 0.883299 1.169416 0.891826 0.862254 0.943714 0.820384 + 0.915015 0.731132 0.941400 0.469176 0.945127 1.162603 1.165673 + 1.161654 1.165673 0.846405 0.941919 0.474589 0.501976 0.815224 + 0.449134 0.218200 0.491569 0.889990 1.165673 0.485644 0.225134 + 1.166303 0.319740 0.284586 0.481521 0.289869 1.166403 0.751405 + 0.268975 0.863475 +G001307275 0.585432 0.906068 1.126524 0.959598 0.933652 1.126021 + 0.655865 0.945270 0.509627 0.181827 0.969050 0.620684 0.561217 + 0.633959 0.110841 0.933915 0.529974 0.000000 0.949042 0.702889 + 0.555920 0.932232 1.126659 0.922263 0.895998 0.940324 0.842071 + 0.947887 0.705022 0.942237 0.616160 0.944837 1.117503 1.127758 + 1.126785 1.127758 0.894454 0.953057 0.595445 0.125260 0.860820 + 0.640852 0.527439 0.116330 0.968726 1.127758 0.606892 0.526630 + 1.127232 0.547727 0.517903 0.589370 0.508974 1.129458 0.849749 + 0.508948 0.893964 +G000934565 0.966233 0.225396 1.380396 0.234036 0.243373 1.382520 + 0.928183 0.244208 0.847165 0.938625 0.189361 0.945567 0.900582 + 0.900138 0.949897 0.243459 0.885767 0.949042 0.000000 0.915562 + 0.922346 0.137739 1.371497 0.223904 0.222805 0.241484 0.360045 + 0.229819 0.924660 0.241599 0.971735 0.245273 1.371438 1.380525 + 1.377332 1.380525 0.361511 0.239266 0.940986 0.960820 0.356500 + 0.901467 0.911905 0.944180 0.187532 1.380525 0.966832 0.885021 + 1.379811 0.880221 0.912803 1.012250 0.842074 1.373491 0.334256 + 0.894590 0.218890 +G001020815 0.729275 0.879837 1.055482 0.995302 0.990545 1.059788 + 0.147046 1.000466 0.610814 0.676792 0.965788 0.780327 0.710412 + 0.813568 0.715908 0.990778 0.722972 0.702889 0.915562 0.000000 + 0.692581 0.916233 1.054179 0.926998 0.865624 1.000575 0.917420 + 0.985905 0.016566 0.991755 0.787123 1.004093 1.050037 1.056667 + 1.053812 1.056667 0.948672 0.996003 0.769134 0.716155 0.920065 + 0.815408 0.761455 0.704965 0.964500 1.056667 0.778076 0.754466 + 1.057355 0.681509 0.731701 0.746283 0.702301 1.056211 0.849603 + 0.746088 0.870801 +G001317545 0.424619 0.886091 1.188537 1.018648 1.020787 1.183823 + 0.697337 1.029179 0.468112 0.530574 1.003377 0.446725 0.164755 + 0.461540 0.527120 1.021987 0.359655 0.555920 0.922346 0.692581 + 0.000000 0.942821 1.187869 0.929294 0.891043 1.017178 0.926238 + 1.013365 0.704492 1.023037 0.441351 1.021895 1.184976 1.189851 + 1.184004 1.189851 0.889561 1.018720 0.443951 0.528701 0.928787 + 0.466482 0.374095 0.527313 1.002874 1.189851 0.437286 0.381205 + 1.190510 0.136636 0.384140 0.405188 0.263919 1.191975 0.899547 + 0.380617 0.891351 +G000801835 0.981882 0.244109 1.371902 0.230677 0.234603 1.373670 + 0.932990 0.244162 0.864160 0.919731 0.160658 0.965824 0.910147 + 0.923776 0.925914 0.234695 0.883299 0.932232 0.137739 0.916233 + 0.942821 0.000000 1.365046 0.245697 0.236639 0.241372 0.364649 + 0.215041 0.922748 0.239826 0.975709 0.244805 1.359088 1.372036 + 1.370997 1.372036 0.378103 0.230281 0.966550 0.944938 0.360721 + 0.923694 0.913550 0.918910 0.159325 1.372036 0.989629 0.873773 + 1.371322 0.895934 0.899672 0.989915 0.853522 1.365180 0.323807 + 0.885246 0.231471 +G001020795 1.266164 1.267790 0.013445 1.353994 1.353398 0.013523 + 1.004767 1.389255 1.007351 1.170963 1.411584 1.286084 1.174266 + 1.294394 1.150319 1.353392 1.169416 1.126659 1.371497 1.054179 + 1.187869 1.365046 0.000000 1.378512 1.279451 1.390669 1.236912 + 1.357822 1.051641 1.359159 1.339987 1.388253 0.017903 0.013438 + 0.012514 0.013438 1.275681 1.358957 1.258111 1.132767 1.258277 + 1.296713 1.159486 1.143612 1.411914 0.013438 1.270123 1.127648 + 0.013447 1.156390 1.158532 1.295457 1.164913 0.013919 1.198886 + 1.123148 1.287459 +G001541845 0.930517 0.246512 1.386169 0.270460 0.249218 1.387088 + 0.923826 0.255342 0.872278 0.922274 0.278045 0.922662 0.896749 + 0.916499 0.925162 0.249287 0.891826 0.922263 0.223904 0.926998 + 0.929294 0.245697 1.378512 0.000000 0.247917 0.246216 0.365079 + 0.254745 0.933187 0.253617 0.940259 0.248539 1.369242 1.385444 + 1.383208 1.385444 0.372254 0.270283 0.918471 0.929634 0.357402 + 0.904888 0.945883 0.915109 0.276118 1.385444 0.946194 0.907823 + 1.383742 0.907474 0.927221 0.961939 0.832497 1.378488 0.367309 + 0.909923 0.243023 +G000801855 0.911914 0.035089 1.279870 0.263440 0.261785 1.281472 + 0.883839 0.269715 0.824259 0.887584 0.286308 0.918479 0.879260 + 0.886781 0.898455 0.261903 0.862254 0.895998 0.222805 0.865624 + 0.891043 0.236639 1.279451 0.247917 0.000000 0.266767 0.360409 + 0.264788 0.879258 0.266382 0.941635 0.273033 1.276466 1.280700 + 1.276313 1.280700 0.371717 0.258976 0.886671 0.904682 0.359253 + 0.882160 0.885717 0.882865 0.283862 1.280700 0.907511 0.857211 + 1.281625 0.863197 0.891656 0.950873 0.829476 1.274010 0.365283 + 0.863373 0.011483 +G000801875 0.992789 0.263253 1.397120 0.151802 0.046292 1.400213 + 1.002535 0.036886 0.927957 0.983532 0.262918 0.978190 0.964783 + 0.958937 0.978450 0.046254 0.943714 0.940324 0.241484 1.000575 + 1.017178 0.241372 1.390669 0.246216 0.266767 0.000000 0.336375 + 0.153100 0.992638 0.051394 1.006065 0.034128 1.383974 1.398039 + 1.392926 1.398039 0.363799 0.150270 0.981369 0.984682 0.335617 + 0.959232 0.970618 0.963688 0.261081 1.398039 0.994628 0.943650 + 1.396171 0.974169 0.991766 1.052609 0.898841 1.392270 0.357551 + 0.965077 0.262138 +G000708695 0.954023 0.363128 1.240899 0.326036 0.333481 1.240361 + 0.891437 0.343917 0.778216 0.894151 0.346313 0.893325 0.865494 + 0.874510 0.878692 0.334035 0.820384 0.842071 0.360045 0.917420 + 0.926238 0.364649 1.236912 0.365079 0.360409 0.336375 0.000000 + 0.310145 0.911722 0.338787 0.920034 0.335577 1.231453 1.240345 + 1.238438 1.240345 0.116478 0.328669 0.912903 0.882298 0.093686 + 0.878138 0.829443 0.869281 0.344793 1.240345 0.929158 0.801434 + 1.240049 0.866973 0.844960 0.988490 0.794909 1.235092 0.325484 + 0.808262 0.360603 +G000801895 1.019118 0.267029 1.367347 0.098645 0.149807 1.369380 + 1.001040 0.147165 0.865658 0.972323 0.220417 0.974275 0.941623 + 0.949630 0.984528 0.149675 0.915015 0.947887 0.229819 0.985905 + 1.013365 0.215041 1.357822 0.254745 0.264788 0.153100 0.310145 + 0.000000 0.977868 0.152946 1.000299 0.142768 1.358175 1.367484 + 1.359097 1.367484 0.350044 0.097651 0.998838 0.971553 0.313749 + 0.951345 0.925726 0.959284 0.218464 1.367484 1.017163 0.899775 + 1.366771 0.944558 0.953656 1.063928 0.901320 1.360030 0.309852 + 0.917922 0.259927 +G001021695 0.739076 0.876148 1.053038 0.985734 0.986108 1.057314 + 0.155526 0.992367 0.623068 0.680436 0.975286 0.788914 0.719584 + 0.823913 0.721881 0.986343 0.731132 0.705022 0.924660 0.016566 + 0.704492 0.922748 1.051641 0.933187 0.879258 0.992638 0.911722 + 0.977868 0.000000 0.982219 0.798225 1.000052 1.046902 1.054220 + 1.050520 1.054220 0.929217 0.986970 0.780492 0.722897 0.906289 + 0.824486 0.774703 0.711044 0.973976 1.054220 0.788470 0.768893 + 1.054904 0.690807 0.743997 0.753721 0.708646 1.053378 0.857253 + 0.758895 0.874748 +G001542705 1.004101 0.267719 1.368613 0.147959 0.037493 1.370649 + 0.999886 0.048204 0.934225 0.984805 0.267126 0.986348 0.967359 + 0.977761 0.982703 0.037463 0.941400 0.942237 0.241599 0.991755 + 1.023037 0.239826 1.359159 0.253617 0.266382 0.051394 0.338787 + 0.152946 0.982219 0.000000 1.013779 0.046426 1.351181 1.368749 + 1.363921 1.368749 0.377379 0.147438 0.987435 0.988472 0.344000 + 0.974974 0.976505 0.969234 0.264992 1.368749 0.994448 0.945028 + 1.366931 0.972713 1.000882 1.057681 0.895597 1.361241 0.357513 + 0.972808 0.261670 +G000802985 0.220578 0.953971 1.348386 1.037942 0.999961 1.345171 + 0.814555 1.004081 0.603961 0.614863 0.997067 0.096380 0.428629 + 0.206442 0.605035 1.001285 0.469176 0.616160 0.971735 0.787123 + 0.441351 0.975709 1.339987 0.940259 0.941635 1.006065 0.920034 + 1.000299 0.798225 1.013779 0.000000 1.019925 1.334192 1.349868 + 1.343696 1.349868 0.917449 1.037292 0.189998 0.629548 0.908548 + 0.213521 0.503184 0.609392 0.994875 1.349868 0.188067 0.498611 + 1.352007 0.428286 0.507139 0.263738 0.396658 1.346375 0.908594 + 0.491620 0.941110 +G001542725 1.010604 0.267789 1.401338 0.142881 0.040368 1.403648 + 1.005669 0.043944 0.934107 0.998230 0.260442 0.990268 0.971415 + 0.972745 0.987633 0.040335 0.945127 0.944837 0.245273 1.004093 + 1.021895 0.244805 1.388253 0.248539 0.273033 0.034128 0.335577 + 0.142768 1.000052 0.046426 1.019925 0.000000 1.386017 1.401453 + 1.398780 1.401453 0.365977 0.143168 0.998019 0.991451 0.334760 + 0.972722 0.974163 0.970564 0.258335 1.401453 1.010235 0.942611 + 1.399587 0.973566 0.994893 1.066204 0.902656 1.395722 0.350187 + 0.967210 0.264525 +G001020765 1.262898 1.267826 0.016923 1.359438 1.345545 0.016788 + 1.009130 1.394691 1.000190 1.166842 1.420299 1.280302 1.160275 + 1.289981 1.142447 1.345545 1.162603 1.117503 1.371438 1.050037 + 1.184976 1.359088 0.017903 1.369242 1.276466 1.383974 1.231453 + 1.358175 1.046902 1.351181 1.334192 1.386017 0.000000 0.016915 + 0.015759 0.016915 1.275258 1.354072 1.257347 1.126139 1.257878 + 1.297635 1.144105 1.134331 1.420622 0.016915 1.269147 1.115478 + 0.016926 1.147141 1.145252 1.291301 1.151371 0.017633 1.197369 + 1.111326 1.288680 +G001020645 1.273044 1.268745 0.000010 1.368533 1.362573 0.000010 + 1.016497 1.406570 1.006208 1.165333 1.426058 1.291780 1.168231 + 1.301832 1.145557 1.362560 1.165673 1.127758 1.380525 1.056667 + 1.189851 1.372036 0.013438 1.385444 1.280700 1.398039 1.240345 + 1.367484 1.054220 1.368749 1.349868 1.401453 0.016915 0.000000 + 0.005740 0.000010 1.287485 1.363011 1.253575 1.126632 1.269436 + 1.308942 1.159886 1.144269 1.426377 0.000010 1.277544 1.127968 + 0.000010 1.161811 1.157561 1.297595 1.166972 0.006198 1.213524 + 1.120857 1.290743 +G001020705 1.267755 1.266933 0.005742 1.362669 1.359156 0.005776 + 1.013196 1.398272 1.003053 1.166308 1.424962 1.286357 1.158147 + 1.296737 1.144530 1.359146 1.161654 1.126785 1.377332 1.053812 + 1.184004 1.370997 0.012514 1.383208 1.276313 1.392926 1.238438 + 1.359097 1.050520 1.363921 1.343696 1.398780 0.015759 0.005740 + 0.000000 0.005740 1.285482 1.360860 1.252980 1.126843 1.267450 + 1.304775 1.154215 1.143981 1.425281 0.005740 1.275941 1.122563 + 0.005743 1.152665 1.154861 1.293608 1.160208 0.005973 1.209688 + 1.120032 1.288914 +G001020625 1.273044 1.268745 0.000010 1.368533 1.362573 0.000010 + 1.016497 1.406570 1.006208 1.165333 1.426058 1.291780 1.168231 + 1.301832 1.145557 1.362560 1.165673 1.127758 1.380525 1.056667 + 1.189851 1.372036 0.013438 1.385444 1.280700 1.398039 1.240345 + 1.367484 1.054220 1.368749 1.349868 1.401453 0.016915 0.000010 + 0.005740 0.000000 1.287485 1.363011 1.253575 1.126632 1.269436 + 1.308942 1.159886 1.144269 1.426377 0.000010 1.277544 1.127968 + 0.000010 1.161811 1.157561 1.297595 1.166972 0.006198 1.213524 + 1.120857 1.290743 +G000730425 0.967508 0.369907 1.286650 0.368723 0.373123 1.287681 + 0.913430 0.376603 0.814953 0.917700 0.384061 0.914173 0.874508 + 0.877555 0.882365 0.373684 0.846405 0.894454 0.361511 0.948672 + 0.889561 0.378103 1.275681 0.372254 0.371717 0.363799 0.116478 + 0.350044 0.929217 0.377379 0.917449 0.365977 1.275258 1.287485 + 1.285482 1.287485 0.000000 0.370260 0.933723 0.917779 0.119821 + 0.880099 0.865189 0.906233 0.382029 1.287485 0.916449 0.828882 + 1.287195 0.875160 0.844367 0.977562 0.802289 1.282796 0.351406 + 0.817814 0.373255 +G001602175 1.039783 0.263245 1.362871 0.014592 0.150567 1.364575 + 1.002568 0.149584 0.896443 0.985280 0.245684 1.014407 0.955218 + 0.978135 0.995307 0.150435 0.941919 0.953057 0.239266 0.996003 + 1.018720 0.230281 1.358957 0.270283 0.258976 0.150270 0.328669 + 0.097651 0.986970 0.147438 1.037292 0.143168 1.354072 1.363011 + 1.360860 1.363011 0.370260 0.000000 1.020334 0.982246 0.335004 + 0.978904 0.936213 0.970339 0.243640 1.363011 1.037828 0.912736 + 1.362300 0.951304 0.976408 1.074772 0.919087 1.357233 0.331095 + 0.945238 0.253941 +G000834545 0.216936 0.904246 1.252197 1.019515 0.974444 1.250165 + 0.785120 0.974417 0.623826 0.589442 1.008446 0.187635 0.423649 + 0.244541 0.591550 0.974474 0.474589 0.595445 0.940986 0.769134 + 0.443951 0.966550 1.258111 0.918471 0.886671 0.981369 0.912903 + 0.998838 0.780492 0.987435 0.189998 0.998019 1.257347 1.253575 + 1.252980 1.253575 0.933723 1.020334 0.000000 0.587271 0.905439 + 0.248091 0.511868 0.577645 1.007308 1.253575 0.063419 0.498716 + 1.254325 0.430617 0.523059 0.272895 0.389358 1.255583 0.931900 + 0.511855 0.890733 +G001468775 0.581790 0.913534 1.125378 0.977787 0.975686 1.125570 + 0.680011 0.989960 0.498381 0.192773 0.967537 0.618559 0.535346 + 0.631702 0.096165 0.976762 0.501976 0.125260 0.960820 0.716155 + 0.528701 0.944938 1.132767 0.929634 0.904682 0.984682 0.882298 + 0.971553 0.722897 0.988472 0.629548 0.991451 1.126139 1.126632 + 1.126843 1.126632 0.917779 0.982246 0.587271 0.000000 0.877931 + 0.635268 0.507310 0.075911 0.968074 1.126632 0.600659 0.513791 + 1.126685 0.527581 0.496246 0.581182 0.511588 1.131120 0.850717 + 0.487337 0.904107 +G001444295 0.934594 0.364188 1.270022 0.333072 0.341368 1.270747 + 0.892359 0.347503 0.786640 0.897403 0.347427 0.882965 0.864978 + 0.862181 0.873529 0.341924 0.815224 0.860820 0.356500 0.920065 + 0.928787 0.360721 1.258277 0.357402 0.359253 0.335617 0.093686 + 0.313749 0.906289 0.344000 0.908548 0.334760 1.257878 1.269436 + 1.267450 1.269436 0.119821 0.335004 0.905439 0.877931 0.000000 + 0.868263 0.824836 0.866073 0.345545 1.269436 0.918724 0.791650 + 1.269143 0.865786 0.846199 0.963766 0.786720 1.264889 0.312268 + 0.811633 0.359709 +G000827755 0.273206 0.883984 1.307511 0.976249 0.960535 1.304751 + 0.824427 0.955878 0.609804 0.653167 0.938551 0.195721 0.430477 + 0.017943 0.645916 0.961594 0.449134 0.640852 0.901467 0.815408 + 0.466482 0.923694 1.296713 0.904888 0.882160 0.959232 0.878138 + 0.951345 0.824486 0.974974 0.213521 0.972722 1.297635 1.308942 + 1.304775 1.308942 0.880099 0.978904 0.248091 0.635268 0.868263 + 0.000000 0.470371 0.622800 0.936508 1.308942 0.246056 0.461420 + 1.310951 0.434264 0.508677 0.326534 0.392727 1.304997 0.843874 + 0.487366 0.884391 +G000967955 0.520934 0.910245 1.158592 0.947754 0.972104 1.157308 + 0.757688 0.980557 0.410663 0.541389 0.896195 0.474815 0.339610 + 0.463703 0.520316 0.973173 0.218200 0.527439 0.911905 0.761455 + 0.374095 0.913550 1.159486 0.945883 0.885717 0.970618 0.829443 + 0.925726 0.774703 0.976505 0.503184 0.974163 1.144105 1.159886 + 1.154215 1.159886 0.865189 0.936213 0.511868 0.507310 0.824836 + 0.470371 0.000000 0.487683 0.895321 1.159886 0.522211 0.060286 + 1.161514 0.362605 0.230415 0.524133 0.314058 1.158313 0.729739 + 0.207573 0.889737 +G000876175 0.581462 0.897480 1.143005 0.971379 0.963095 1.143007 + 0.678805 0.970810 0.502547 0.191485 0.939519 0.602941 0.533892 + 0.617214 0.081724 0.964153 0.491569 0.116330 0.944180 0.704965 + 0.527313 0.918910 1.143612 0.915109 0.882865 0.963688 0.869281 + 0.959284 0.711044 0.969234 0.609392 0.970564 1.134331 1.144269 + 1.143981 1.144269 0.906233 0.970339 0.577645 0.075911 0.866073 + 0.622800 0.487683 0.000000 0.940056 1.144269 0.590333 0.494011 + 1.144727 0.524076 0.468453 0.571256 0.496633 1.148832 0.821202 + 0.459283 0.881832 +G000967935 1.024136 0.290733 1.426278 0.241414 0.260790 1.429647 + 0.963999 0.261487 0.885750 0.998531 0.001566 0.983433 0.959436 + 0.936207 0.964428 0.260865 0.889990 0.968726 0.187532 0.964500 + 1.002874 0.159325 1.411914 0.276118 0.283862 0.261081 0.344793 + 0.218464 0.973976 0.264992 0.994875 0.258335 1.420622 1.426377 + 1.425281 1.426377 0.382029 0.243640 1.007308 0.968074 0.345545 + 0.936508 0.895321 0.940056 0.000000 1.426377 1.031687 0.872058 + 1.425653 0.959179 0.899169 1.038616 0.895095 1.419031 0.321648 + 0.877970 0.277814 +G001020785 1.273044 1.268745 0.000010 1.368533 1.362573 0.000010 + 1.016497 1.406570 1.006208 1.165333 1.426058 1.291780 1.168231 + 1.301832 1.145557 1.362560 1.165673 1.127758 1.380525 1.056667 + 1.189851 1.372036 0.013438 1.385444 1.280700 1.398039 1.240345 + 1.367484 1.054220 1.368749 1.349868 1.401453 0.016915 0.000010 + 0.005740 0.000010 1.287485 1.363011 1.253575 1.126632 1.269436 + 1.308942 1.159886 1.144269 1.426377 0.000000 1.277544 1.127968 + 0.000010 1.161811 1.157561 1.297595 1.166972 0.006198 1.213524 + 1.120857 1.290743 +G000817895 0.217049 0.923014 1.276140 1.036029 0.986090 1.274447 + 0.787630 0.987196 0.639642 0.582348 1.034149 0.199095 0.432801 + 0.242481 0.582705 0.986111 0.485644 0.606892 0.966832 0.778076 + 0.437286 0.989629 1.270123 0.946194 0.907511 0.994628 0.929158 + 1.017163 0.788470 0.994448 0.188067 1.010235 1.269147 1.277544 + 1.275941 1.277544 0.916449 1.037828 0.063419 0.600659 0.918724 + 0.246056 0.522211 0.590333 1.031687 1.277544 0.000000 0.509692 + 1.278332 0.431785 0.525014 0.263560 0.397100 1.281038 0.953237 + 0.511216 0.909846 +G000968015 0.515835 0.882203 1.126750 0.925942 0.943320 1.125288 + 0.755138 0.956498 0.414023 0.540681 0.873494 0.467740 0.333150 + 0.456240 0.525486 0.944375 0.225134 0.526630 0.885021 0.754466 + 0.381205 0.873773 1.127648 0.907823 0.857211 0.943650 0.801434 + 0.899775 0.768893 0.945028 0.498611 0.942611 1.115478 1.127968 + 1.122563 1.127968 0.828882 0.912736 0.498716 0.513791 0.791650 + 0.461420 0.060286 0.494011 0.872058 1.127968 0.509692 0.000000 + 1.128544 0.352920 0.233704 0.508196 0.302884 1.127584 0.701010 + 0.202688 0.862350 +G001020805 1.272844 1.270654 0.000010 1.367820 1.360762 0.000010 + 1.016459 1.404690 1.007479 1.164936 1.425334 1.291587 1.169863 + 1.303825 1.145349 1.360750 1.166303 1.127232 1.379811 1.057355 + 1.190510 1.371322 0.013447 1.383742 1.281625 1.396171 1.240049 + 1.366771 1.054904 1.366931 1.352007 1.399587 0.016926 0.000010 + 0.005743 0.000010 1.287195 1.362300 1.254325 1.126685 1.269143 + 1.310951 1.161514 1.144727 1.425653 0.000010 1.278332 1.128544 + 0.000000 1.163424 1.158146 1.297405 1.167599 0.006202 1.212842 + 1.122373 1.291684 +G001440325 0.406685 0.870469 1.160571 0.954003 0.968323 1.154904 + 0.686175 0.978774 0.458116 0.534080 0.959624 0.411972 0.100519 + 0.427061 0.538820 0.969489 0.319740 0.547727 0.880221 0.681509 + 0.136636 0.895934 1.156390 0.907474 0.863197 0.974169 0.866973 + 0.944558 0.690807 0.972713 0.428286 0.973566 1.147141 1.161811 + 1.152665 1.161811 0.875160 0.951304 0.430617 0.527581 0.865786 + 0.434264 0.362605 0.524076 0.959179 1.161811 0.431785 0.352920 + 1.163424 0.000000 0.388048 0.407490 0.225238 1.162190 0.830189 + 0.368567 0.866632 +G001625455 0.539076 0.912948 1.156268 0.985446 0.991957 1.153860 + 0.721510 0.999797 0.383470 0.516929 0.900610 0.501555 0.383683 + 0.501731 0.473410 0.993055 0.284586 0.517903 0.912803 0.731701 + 0.384140 0.899672 1.158532 0.927221 0.891656 0.991766 0.844960 + 0.953656 0.743997 1.000882 0.507139 0.994893 1.145252 1.157561 + 1.154861 1.157561 0.844367 0.976408 0.523059 0.496246 0.846199 + 0.508677 0.230415 0.468453 0.899169 1.157561 0.525014 0.233704 + 1.158146 0.388048 0.000000 0.505899 0.339257 1.157696 0.748643 + 0.084254 0.892218 +G000817905 0.197775 0.976253 1.296176 1.080953 1.044887 1.294444 + 0.752164 1.053836 0.625785 0.572287 1.040974 0.271566 0.412516 + 0.323224 0.573610 1.045985 0.481521 0.589370 1.012250 0.746283 + 0.405188 0.989915 1.295457 0.961939 0.950873 1.052609 0.988490 + 1.063928 0.753721 1.057681 0.263738 1.066204 1.291301 1.297595 + 1.293608 1.297595 0.977562 1.074772 0.272895 0.581182 0.963766 + 0.326534 0.524133 0.571256 1.038616 1.297595 0.263560 0.508196 + 1.297405 0.407490 0.505899 0.000000 0.411050 1.301349 0.975180 + 0.499137 0.952996 +G000802965 0.394018 0.834770 1.165721 0.921404 0.889904 1.159883 + 0.704226 0.899145 0.434575 0.513926 0.895280 0.375362 0.228199 + 0.388360 0.514448 0.891022 0.289869 0.508974 0.842074 0.702301 + 0.263919 0.853522 1.164913 0.832497 0.829476 0.898841 0.794909 + 0.901320 0.708646 0.895597 0.396658 0.902656 1.151371 1.166972 + 1.160208 1.166972 0.802289 0.919087 0.389358 0.511588 0.786720 + 0.392727 0.314058 0.496633 0.895095 1.166972 0.397100 0.302884 + 1.167599 0.225238 0.339257 0.411050 0.000000 1.165257 0.794076 + 0.324708 0.830539 +G001020725 1.270169 1.262139 0.006201 1.362447 1.356228 0.006237 + 1.015331 1.398296 1.008033 1.168477 1.418707 1.291315 1.168439 + 1.298897 1.150170 1.356220 1.166403 1.129458 1.373491 1.056211 + 1.191975 1.365180 0.013919 1.378488 1.274010 1.392270 1.235092 + 1.360030 1.053378 1.361241 1.346375 1.395722 0.017633 0.006198 + 0.005973 0.006198 1.282796 1.357233 1.255583 1.131120 1.264889 + 1.304997 1.158313 1.148832 1.419031 0.006198 1.281038 1.127584 + 0.006202 1.162190 1.157696 1.301349 1.165257 0.000000 1.204104 + 1.121846 1.283978 +G001612705 0.938662 0.376729 1.213301 0.334688 0.356785 1.213780 + 0.853019 0.355025 0.701546 0.869875 0.324012 0.885013 0.806835 + 0.845229 0.852407 0.357340 0.751405 0.849749 0.334256 0.849603 + 0.899547 0.323807 1.198886 0.367309 0.365283 0.357551 0.325484 + 0.309852 0.857253 0.357513 0.908594 0.350187 1.197369 1.213524 + 1.209688 1.213524 0.351406 0.331095 0.931900 0.850717 0.312268 + 0.843874 0.729739 0.821202 0.321648 1.213524 0.953237 0.701010 + 1.212842 0.830189 0.748643 0.975180 0.794076 1.204104 0.000000 + 0.719760 0.363498 +G000800625 0.527476 0.883586 1.119653 0.956719 0.965224 1.117127 + 0.722426 0.971489 0.386813 0.502862 0.879333 0.490690 0.359133 + 0.482413 0.472469 0.966291 0.268975 0.508948 0.894590 0.746088 + 0.380617 0.885246 1.123148 0.909923 0.863373 0.965077 0.808262 + 0.917922 0.758895 0.972808 0.491620 0.967210 1.111326 1.120857 + 1.120032 1.120857 0.817814 0.945238 0.511855 0.487337 0.811633 + 0.487366 0.207573 0.459283 0.877970 1.120857 0.511216 0.202688 + 1.122373 0.368567 0.084254 0.499137 0.324708 1.121846 0.719760 + 0.000000 0.863589 +G000801915 0.913889 0.031534 1.290562 0.257389 0.257989 1.291591 + 0.882947 0.266004 0.823340 0.886948 0.280230 0.923184 0.880382 + 0.887581 0.897876 0.258109 0.863475 0.893964 0.218890 0.870801 + 0.891351 0.231471 1.287459 0.243023 0.011483 0.262138 0.360603 + 0.259927 0.874748 0.261670 0.941110 0.264525 1.288680 1.290743 + 1.288914 1.290743 0.373255 0.253941 0.890733 0.904107 0.359709 + 0.884391 0.889737 0.881832 0.277814 1.290743 0.909846 0.862350 + 1.291684 0.866632 0.892218 0.952996 0.830539 1.283978 0.363498 + 0.863589 0.000000 diff --git a/scripts/distance-matrix/s__Stenotrophomonas_maltophilia_dm.txt b/scripts/distance-matrix/s__Stenotrophomonas_maltophilia_dm.txt new file mode 100644 index 0000000..3b5c3ff --- /dev/null +++ b/scripts/distance-matrix/s__Stenotrophomonas_maltophilia_dm.txt @@ -0,0 +1,541 @@ + 60 +G001071045 0.000000 0.099008 0.252854 0.152809 0.380526 0.349331 + 0.138144 0.152166 0.178686 0.226013 0.156922 0.219959 0.221895 + 0.238829 0.244417 0.276105 0.219449 0.156184 0.098203 0.231082 + 0.000010 0.001039 0.216607 0.156553 0.233920 0.161465 0.227030 + 0.248474 0.221435 0.195118 0.236727 0.240832 0.153794 0.243978 + 0.232967 0.251124 0.226338 1.034208 0.236916 0.227109 0.260044 + 0.040547 0.228934 0.098203 0.095179 0.104899 0.099005 0.153143 + 0.224314 0.270898 0.691901 0.247946 0.155926 0.207891 0.244831 + 0.212606 0.251731 0.805839 0.244899 0.106062 +G000788095 0.099008 0.000000 0.244120 0.166263 0.376252 0.345644 + 0.154093 0.165884 0.184068 0.212417 0.170599 0.217883 0.222700 + 0.235579 0.238064 0.266141 0.215109 0.161937 0.050444 0.214464 + 0.099008 0.100118 0.211555 0.170379 0.229480 0.174708 0.222863 + 0.240319 0.214408 0.201876 0.233209 0.236029 0.167629 0.232653 + 0.230311 0.236094 0.226586 1.038661 0.231908 0.222650 0.244422 + 0.090902 0.227769 0.050444 0.053410 0.057463 0.049898 0.169430 + 0.222157 0.264619 0.688801 0.239490 0.172897 0.211192 0.238500 + 0.228606 0.235880 0.806520 0.238077 0.047018 +G001275075 0.252854 0.244120 0.000000 0.250615 0.395807 0.319774 + 0.240108 0.252486 0.220857 0.191832 0.247138 0.225386 0.224870 + 0.235251 0.160448 0.139790 0.222424 0.242134 0.227486 0.235231 + 0.252854 0.253074 0.222722 0.254671 0.229740 0.260806 0.229909 + 0.003995 0.234449 0.243876 0.236041 0.161011 0.251501 0.023331 + 0.229908 0.031531 0.225401 1.030573 0.234704 0.229784 0.217635 + 0.258151 0.231982 0.227486 0.246712 0.232452 0.238707 0.250688 + 0.224296 0.127101 0.694247 0.002728 0.253668 0.227271 0.161895 + 0.170505 0.030631 0.801749 0.025250 0.246296 +G001072915 0.152809 0.166263 0.250615 0.000000 0.371397 0.342921 + 0.052452 0.000424 0.187491 0.244816 0.003774 0.226626 0.218443 + 0.239156 0.245750 0.263868 0.221785 0.058791 0.165965 0.226737 + 0.152809 0.153320 0.216544 0.003562 0.235992 0.006365 0.230898 + 0.247362 0.221798 0.221565 0.238047 0.244806 0.000210 0.241619 + 0.233754 0.244395 0.221157 1.036010 0.237575 0.229520 0.241263 + 0.166478 0.230747 0.165965 0.165977 0.167008 0.162311 0.000835 + 0.229226 0.263564 0.689510 0.246623 0.002543 0.199629 0.247354 + 0.198615 0.244198 0.797338 0.244645 0.169074 +G001499755 0.380526 0.376252 0.395807 0.371397 0.000000 0.371062 + 0.359742 0.369941 0.367095 0.408678 0.377397 0.399509 0.399036 + 0.410534 0.389111 0.403092 0.392243 0.370774 0.389939 0.395553 + 0.380526 0.380609 0.405386 0.372629 0.400842 0.380357 0.409422 + 0.389354 0.394292 0.390139 0.406567 0.386708 0.373169 0.391737 + 0.403256 0.398582 0.399330 0.980066 0.404276 0.408044 0.366353 + 0.387202 0.395698 0.389939 0.384598 0.389090 0.386499 0.372409 + 0.411563 0.409474 0.586511 0.389573 0.374130 0.365953 0.390307 + 0.372420 0.396389 0.696510 0.395823 0.391390 +G001276355 0.349331 0.345644 0.319774 0.342921 0.371062 0.000000 + 0.330645 0.345146 0.344192 0.311453 0.347969 0.336269 0.338312 + 0.352022 0.301537 0.304650 0.329760 0.337188 0.343776 0.339256 + 0.349331 0.349820 0.334355 0.344400 0.343719 0.352776 0.334592 + 0.315115 0.333689 0.331761 0.346826 0.298668 0.344110 0.307462 + 0.343777 0.311787 0.339976 0.978089 0.345302 0.333571 0.288245 + 0.357106 0.333326 0.343776 0.333298 0.345466 0.335321 0.348372 + 0.343494 0.302518 0.665315 0.315538 0.351221 0.308116 0.302653 + 0.348545 0.312019 0.766860 0.315628 0.343691 +G000758465 0.138144 0.154093 0.240108 0.052452 0.359742 0.330645 + 0.000000 0.052795 0.178910 0.244986 0.056143 0.217464 0.213421 + 0.228400 0.240960 0.265676 0.211506 0.062846 0.156151 0.220315 + 0.138144 0.139045 0.206623 0.056110 0.223079 0.058781 0.224880 + 0.236332 0.216232 0.214928 0.226621 0.241552 0.052626 0.231811 + 0.223114 0.236053 0.221253 1.027745 0.224721 0.223820 0.245435 + 0.152034 0.219321 0.156151 0.151778 0.153952 0.152704 0.053519 + 0.224084 0.260737 0.674903 0.235364 0.054493 0.187050 0.242212 + 0.187111 0.236711 0.777401 0.234372 0.156570 +G001072155 0.152166 0.165884 0.252486 0.000424 0.369941 0.345146 + 0.052795 0.000000 0.187621 0.245523 0.004275 0.226329 0.218681 + 0.239575 0.246829 0.264859 0.222029 0.058768 0.165596 0.226661 + 0.152166 0.152685 0.216518 0.004055 0.236348 0.006916 0.230425 + 0.249158 0.221874 0.224115 0.238441 0.245878 0.000640 0.242753 + 0.234064 0.245585 0.221003 1.036110 0.238826 0.229896 0.243573 + 0.166370 0.229752 0.165596 0.165844 0.167437 0.162390 0.001276 + 0.229237 0.265124 0.692369 0.248403 0.003025 0.201104 0.248462 + 0.198878 0.245374 0.797263 0.245711 0.168590 +G001431675 0.178686 0.184068 0.220857 0.187491 0.367095 0.344192 + 0.178910 0.187621 0.000000 0.235094 0.183841 0.216187 0.196418 + 0.210311 0.242253 0.254702 0.198990 0.188957 0.177905 0.210245 + 0.178686 0.179065 0.200530 0.191462 0.206027 0.197404 0.214658 + 0.225098 0.196584 0.223097 0.207664 0.242999 0.188276 0.211721 + 0.204438 0.220248 0.195877 1.032702 0.208182 0.214940 0.246146 + 0.188994 0.206353 0.177905 0.182160 0.167430 0.174672 0.191851 + 0.211992 0.241474 0.654163 0.224991 0.197235 0.219709 0.242987 + 0.218479 0.220757 0.784062 0.223973 0.185410 +G001499715 0.226013 0.212417 0.191832 0.244816 0.408678 0.311453 + 0.244986 0.245523 0.235094 0.000000 0.249932 0.199953 0.202554 + 0.206942 0.160602 0.179122 0.200248 0.228795 0.211138 0.201848 + 0.226013 0.227422 0.200874 0.249055 0.202613 0.252751 0.203025 + 0.188580 0.203608 0.229717 0.205098 0.160250 0.245661 0.182553 + 0.201596 0.190752 0.199106 1.016090 0.205940 0.203262 0.221084 + 0.235721 0.194624 0.211138 0.212258 0.207116 0.209713 0.244914 + 0.206412 0.177538 0.689939 0.187573 0.247651 0.253363 0.161832 + 0.249730 0.192876 0.808420 0.191966 0.209702 +G001070865 0.156922 0.170599 0.247138 0.003774 0.377397 0.347969 + 0.056143 0.004275 0.183841 0.249932 0.000000 0.231006 0.218938 + 0.235073 0.251190 0.269227 0.222053 0.062295 0.162821 0.231297 + 0.156922 0.157444 0.220538 0.007391 0.231932 0.010263 0.235656 + 0.252475 0.225996 0.226097 0.233988 0.250299 0.003587 0.242822 + 0.229720 0.249491 0.217192 1.046439 0.233492 0.234291 0.246103 + 0.171062 0.235031 0.162821 0.170531 0.163622 0.166320 0.002937 + 0.225744 0.260066 0.696632 0.251911 0.006407 0.203292 0.252792 + 0.199794 0.249252 0.788315 0.245833 0.172905 +G001069295 0.219959 0.217883 0.225386 0.226626 0.399509 0.336269 + 0.217464 0.226329 0.216187 0.199953 0.231006 0.000000 0.054271 + 0.071414 0.212782 0.228495 0.051143 0.215486 0.214213 0.064162 + 0.219959 0.219237 0.054328 0.230105 0.062725 0.235144 0.023360 + 0.221512 0.058078 0.171058 0.068141 0.208932 0.227022 0.215503 + 0.065239 0.222008 0.059618 1.033377 0.067706 0.022840 0.238956 + 0.233238 0.068425 0.214213 0.214973 0.206658 0.205042 0.226314 + 0.027364 0.229013 0.670087 0.222267 0.231205 0.236148 0.213955 + 0.243939 0.222363 0.794381 0.220492 0.209265 +G001542395 0.221895 0.222700 0.224870 0.218443 0.399036 0.338312 + 0.213421 0.218681 0.196418 0.202554 0.218938 0.054271 0.000000 + 0.051908 0.217761 0.233626 0.034035 0.215394 0.215859 0.036863 + 0.221895 0.221178 0.040962 0.221854 0.047061 0.226754 0.056701 + 0.223001 0.033265 0.166310 0.047411 0.218887 0.218238 0.219124 + 0.045306 0.227061 0.035640 1.028400 0.046186 0.056128 0.234164 + 0.233121 0.048929 0.215859 0.216993 0.204393 0.208028 0.218143 + 0.057559 0.228287 0.671037 0.223923 0.221829 0.234744 0.219390 + 0.244256 0.227437 0.780989 0.226716 0.211022 +G001069715 0.238829 0.235579 0.235251 0.239156 0.410534 0.352022 + 0.228400 0.239575 0.210311 0.206942 0.235073 0.071414 0.051908 + 0.000000 0.234595 0.254629 0.053896 0.229591 0.224103 0.064946 + 0.238829 0.238180 0.059148 0.242405 0.009314 0.242736 0.070863 + 0.239441 0.054159 0.185396 0.005679 0.234906 0.239096 0.226914 + 0.006951 0.239437 0.058967 1.038859 0.005726 0.070364 0.245374 + 0.249585 0.032704 0.224103 0.225040 0.217322 0.214124 0.243363 + 0.067623 0.245755 0.690106 0.240532 0.239604 0.248984 0.236201 + 0.259831 0.239444 0.794447 0.238766 0.222633 +G001070185 0.244417 0.238064 0.160448 0.245750 0.389111 0.301537 + 0.240960 0.246829 0.242253 0.160602 0.251190 0.212782 0.217761 + 0.234595 0.000000 0.154234 0.215844 0.234968 0.229513 0.220423 + 0.244417 0.245355 0.216237 0.249929 0.228232 0.254727 0.213331 + 0.159020 0.219656 0.225489 0.230301 0.002127 0.246596 0.153109 + 0.227803 0.159790 0.218200 1.000758 0.229865 0.214896 0.210629 + 0.253142 0.221801 0.229513 0.235203 0.232498 0.230363 0.246135 + 0.218735 0.150937 0.666735 0.156823 0.248402 0.230004 0.000010 + 0.204589 0.159021 0.781199 0.156982 0.235610 +G001275095 0.276105 0.266141 0.139790 0.263868 0.403092 0.304650 + 0.265676 0.264859 0.254702 0.179122 0.269227 0.228495 0.233626 + 0.254629 0.154234 0.000000 0.239244 0.256458 0.256539 0.238139 + 0.276105 0.275795 0.232352 0.260226 0.249332 0.273810 0.236812 + 0.136741 0.243884 0.254673 0.251994 0.154577 0.264870 0.133423 + 0.247696 0.136167 0.238769 1.032199 0.251850 0.236538 0.213845 + 0.285796 0.243011 0.256539 0.261766 0.256061 0.254135 0.263941 + 0.237551 0.029073 0.678921 0.136441 0.264742 0.247597 0.155781 + 0.218259 0.136521 0.789303 0.138064 0.261967 +G001071195 0.219449 0.215109 0.222424 0.221785 0.392243 0.329760 + 0.211506 0.222029 0.198990 0.200248 0.222053 0.051143 0.034035 + 0.053896 0.215844 0.239244 0.000000 0.211150 0.214661 0.047180 + 0.219449 0.218727 0.039932 0.225227 0.044336 0.229678 0.058088 + 0.222812 0.040169 0.165083 0.049590 0.212872 0.221603 0.219051 + 0.047469 0.225067 0.040172 1.016240 0.048987 0.057512 0.228871 + 0.228151 0.051317 0.214661 0.211558 0.201551 0.201365 0.221480 + 0.058018 0.231508 0.678595 0.222590 0.224857 0.228757 0.217474 + 0.237440 0.225456 0.779193 0.222892 0.204011 +G001069645 0.156184 0.161937 0.242134 0.058791 0.370774 0.337188 + 0.062846 0.058768 0.188957 0.228795 0.062295 0.215486 0.215394 + 0.229591 0.234968 0.256458 0.211150 0.000000 0.166862 0.217483 + 0.156184 0.157463 0.206273 0.062700 0.222969 0.064346 0.222918 + 0.239502 0.215632 0.214949 0.226485 0.234852 0.059012 0.230737 + 0.222155 0.237276 0.216334 1.029051 0.224060 0.221575 0.239321 + 0.162945 0.221108 0.166862 0.162728 0.162210 0.161227 0.059648 + 0.219909 0.252288 0.689460 0.237819 0.061384 0.200923 0.236645 + 0.200251 0.237202 0.793995 0.233374 0.165152 +G001274675 0.098203 0.050444 0.227486 0.165965 0.389939 0.343776 + 0.156151 0.165596 0.177905 0.211138 0.162821 0.214213 0.215859 + 0.224103 0.229513 0.256539 0.214661 0.166862 0.000000 0.225754 + 0.098203 0.099661 0.210659 0.170021 0.218681 0.174967 0.218046 + 0.232929 0.215552 0.209711 0.221847 0.228718 0.166442 0.221664 + 0.219051 0.231882 0.217122 1.059429 0.221100 0.218073 0.248794 + 0.098761 0.223569 0.000010 0.055838 0.052028 0.047473 0.169111 + 0.209775 0.246701 0.691711 0.231410 0.172590 0.216113 0.230232 + 0.227287 0.232099 0.797793 0.230717 0.054014 +G001499695 0.231082 0.214464 0.235231 0.226737 0.395553 0.339256 + 0.220315 0.226661 0.210245 0.201848 0.231297 0.064162 0.036863 + 0.064946 0.220423 0.238139 0.047180 0.217483 0.225754 0.000000 + 0.231082 0.230378 0.049966 0.230224 0.059956 0.235291 0.065794 + 0.230545 0.042871 0.173105 0.060984 0.222494 0.226867 0.225828 + 0.058109 0.232647 0.044235 1.037226 0.060739 0.064998 0.231063 + 0.228157 0.055762 0.225754 0.220697 0.218910 0.214817 0.227125 + 0.067795 0.237276 0.688147 0.231291 0.231742 0.239065 0.221773 + 0.250842 0.233789 0.798346 0.229544 0.220620 +G001073045 0.000010 0.099008 0.252854 0.152809 0.380526 0.349331 + 0.138144 0.152166 0.178686 0.226013 0.156922 0.219959 0.221895 + 0.238829 0.244417 0.276105 0.219449 0.156184 0.098203 0.231082 + 0.000000 0.001039 0.216607 0.156553 0.233920 0.161465 0.227030 + 0.248474 0.221435 0.195118 0.236727 0.240832 0.153794 0.243978 + 0.232967 0.251124 0.226338 1.034208 0.236916 0.227109 0.260044 + 0.040547 0.228934 0.098203 0.095179 0.104899 0.099005 0.153143 + 0.224314 0.270898 0.691901 0.247946 0.155926 0.207891 0.244831 + 0.212606 0.251731 0.805839 0.244899 0.106062 +G001071065 0.001039 0.100118 0.253074 0.153320 0.380609 0.349820 + 0.139045 0.152685 0.179065 0.227422 0.157444 0.219237 0.221178 + 0.238180 0.245355 0.275795 0.218727 0.157463 0.099661 0.230378 + 0.001039 0.000000 0.215881 0.157074 0.233267 0.162003 0.226322 + 0.248681 0.220721 0.194838 0.236078 0.241770 0.154310 0.244175 + 0.232316 0.251341 0.225631 1.033709 0.236263 0.226398 0.259497 + 0.041501 0.228232 0.099661 0.096119 0.105636 0.099521 0.153654 + 0.223599 0.270499 0.693569 0.248151 0.156449 0.207855 0.245767 + 0.213379 0.251948 0.806420 0.245145 0.106502 +G001068915 0.216607 0.211555 0.222722 0.216544 0.405386 0.334355 + 0.206623 0.216518 0.200530 0.200874 0.220538 0.054328 0.040962 + 0.059148 0.216237 0.232352 0.039932 0.206273 0.210659 0.049966 + 0.216607 0.215881 0.000000 0.219923 0.054244 0.225341 0.055276 + 0.218652 0.045798 0.168326 0.055268 0.217339 0.216327 0.215441 + 0.052447 0.222003 0.050720 1.023803 0.055265 0.054918 0.226549 + 0.226858 0.048241 0.210659 0.208545 0.205302 0.202708 0.216898 + 0.056189 0.228828 0.677073 0.218665 0.220561 0.223982 0.217675 + 0.243303 0.222770 0.801036 0.221195 0.205328 +G001071335 0.156553 0.170379 0.254671 0.003562 0.372629 0.344400 + 0.056110 0.004055 0.191462 0.249055 0.007391 0.230105 0.221854 + 0.242405 0.249929 0.260226 0.225227 0.062700 0.170021 0.230224 + 0.156553 0.157074 0.219923 0.000000 0.239212 0.010033 0.234391 + 0.251384 0.225212 0.225374 0.241272 0.249026 0.003796 0.245614 + 0.236944 0.247526 0.224300 1.040119 0.240818 0.233021 0.243973 + 0.170339 0.233903 0.170021 0.169751 0.171072 0.165826 0.004412 + 0.232724 0.267005 0.686031 0.250638 0.006189 0.204592 0.251532 + 0.203078 0.248173 0.796073 0.248660 0.172489 +G001069605 0.233920 0.229480 0.229740 0.235992 0.400842 0.343719 + 0.223079 0.236348 0.206027 0.202613 0.231932 0.062725 0.047061 + 0.009314 0.228232 0.249332 0.044336 0.222969 0.218681 0.059956 + 0.233920 0.233267 0.054244 0.239212 0.000000 0.243918 0.067756 + 0.233889 0.049315 0.180262 0.005256 0.224449 0.235910 0.221443 + 0.002304 0.233855 0.054079 1.034677 0.005081 0.067241 0.236939 + 0.244462 0.027599 0.218681 0.219578 0.211948 0.208744 0.240172 + 0.064080 0.240636 0.677877 0.234978 0.243299 0.242072 0.229845 + 0.250664 0.233891 0.788083 0.233199 0.222503 +G001072845 0.161465 0.174708 0.260806 0.006365 0.380357 0.352776 + 0.058781 0.006916 0.197404 0.252751 0.010263 0.235144 0.226754 + 0.242736 0.254727 0.273810 0.229678 0.064346 0.174967 0.235291 + 0.161465 0.162003 0.225341 0.010033 0.243918 0.000000 0.239168 + 0.257814 0.230132 0.226538 0.241591 0.253866 0.006620 0.252057 + 0.241595 0.254508 0.229492 1.041804 0.241135 0.237803 0.249988 + 0.173515 0.238487 0.174967 0.172473 0.174049 0.170616 0.007232 + 0.237044 0.271440 0.697438 0.256685 0.004514 0.209191 0.256340 + 0.210082 0.253950 0.805694 0.254775 0.170219 +G001072195 0.227030 0.222863 0.229909 0.230898 0.409422 0.334592 + 0.224880 0.230425 0.214658 0.203025 0.235656 0.023360 0.056701 + 0.070863 0.213331 0.236812 0.058088 0.222918 0.218046 0.065794 + 0.227030 0.226322 0.055276 0.234391 0.067756 0.239168 0.000000 + 0.226535 0.057024 0.179123 0.068767 0.214568 0.231324 0.219244 + 0.065879 0.227848 0.060844 1.034045 0.068799 0.000629 0.236874 + 0.234097 0.061455 0.218046 0.218116 0.214827 0.212270 0.231295 + 0.033715 0.234690 0.687037 0.226491 0.235799 0.235109 0.214686 + 0.253152 0.229046 0.802132 0.227771 0.217252 +G001069565 0.248474 0.240319 0.003995 0.247362 0.389354 0.315115 + 0.236332 0.249158 0.225098 0.188580 0.252475 0.221512 0.223001 + 0.239441 0.159020 0.136741 0.222812 0.239502 0.232929 0.230545 + 0.248474 0.248681 0.218652 0.251384 0.233889 0.257814 0.226535 + 0.000000 0.229803 0.235882 0.236876 0.159563 0.248219 0.022720 + 0.234040 0.029392 0.230889 1.021453 0.235376 0.226391 0.215093 + 0.254197 0.227685 0.232929 0.242621 0.237025 0.235218 0.247436 + 0.229833 0.132329 0.684124 0.000626 0.250357 0.226913 0.160467 + 0.170999 0.027906 0.806981 0.025333 0.242781 +G001595975 0.221435 0.214408 0.234449 0.221798 0.394292 0.333689 + 0.216232 0.221874 0.196584 0.203608 0.225996 0.058078 0.033265 + 0.054159 0.219656 0.243884 0.040169 0.215632 0.215552 0.042871 + 0.221435 0.220721 0.045798 0.225212 0.049315 0.230132 0.057024 + 0.229803 0.000000 0.167281 0.050338 0.221082 0.221618 0.221365 + 0.047554 0.226436 0.040153 1.027538 0.050025 0.056235 0.230372 + 0.230734 0.049804 0.215552 0.206411 0.206226 0.199993 0.225854 + 0.059647 0.241500 0.669196 0.230556 0.230220 0.233780 0.221271 + 0.247974 0.227637 0.795279 0.231040 0.209534 +G001070785 0.195118 0.201876 0.243876 0.221565 0.390139 0.331761 + 0.214928 0.224115 0.223097 0.229717 0.226097 0.171058 0.166310 + 0.185396 0.225489 0.254673 0.165083 0.214949 0.209711 0.173105 + 0.195118 0.194838 0.168326 0.225374 0.180262 0.226538 0.179123 + 0.235882 0.167281 0.000000 0.187358 0.223704 0.222459 0.235469 + 0.180468 0.235693 0.171278 1.015728 0.185764 0.180787 0.224382 + 0.208979 0.175741 0.209711 0.198052 0.202433 0.198907 0.221004 + 0.183387 0.254639 0.692012 0.236485 0.225935 0.202360 0.226381 + 0.226895 0.236274 0.805657 0.239845 0.198173 +G001072635 0.236727 0.233209 0.236041 0.238047 0.406567 0.346826 + 0.226621 0.238441 0.207664 0.205098 0.233988 0.068141 0.047411 + 0.005679 0.230301 0.251994 0.049590 0.226485 0.221847 0.060984 + 0.236727 0.236078 0.055268 0.241272 0.005256 0.241591 0.068767 + 0.236876 0.050338 0.187358 0.000000 0.230896 0.237979 0.227473 + 0.002929 0.236858 0.057567 1.031611 0.001260 0.068259 0.240644 + 0.250601 0.029279 0.221847 0.222764 0.214197 0.211918 0.242227 + 0.067161 0.245885 0.685813 0.237962 0.240977 0.248052 0.231908 + 0.259033 0.237514 0.793122 0.239546 0.220379 +G001069405 0.240832 0.236029 0.161011 0.244806 0.386708 0.298668 + 0.241552 0.245878 0.242999 0.160250 0.250299 0.208932 0.218887 + 0.234906 0.002127 0.154577 0.212872 0.234852 0.228718 0.222494 + 0.240832 0.241770 0.217339 0.249026 0.224449 0.253866 0.214568 + 0.159563 0.221082 0.223704 0.230896 0.000000 0.245654 0.153325 + 0.228368 0.160216 0.219015 0.996569 0.231324 0.216161 0.209078 + 0.250021 0.222373 0.228718 0.234706 0.231733 0.230311 0.245195 + 0.219879 0.151758 0.665501 0.157339 0.248345 0.230524 0.002121 + 0.199577 0.159574 0.782025 0.158876 0.235168 +G001070945 0.153794 0.167629 0.251501 0.000210 0.373169 0.344110 + 0.052626 0.000640 0.188276 0.245661 0.003587 0.227022 0.218238 + 0.239096 0.246596 0.264870 0.221603 0.059012 0.166442 0.226867 + 0.153794 0.154310 0.216327 0.003796 0.235910 0.006620 0.231324 + 0.248219 0.221618 0.222459 0.237979 0.245654 0.000000 0.242434 + 0.233657 0.245230 0.220972 1.044193 0.237504 0.229937 0.241605 + 0.167839 0.230629 0.166442 0.167331 0.167492 0.162761 0.001050 + 0.229642 0.264557 0.689262 0.247474 0.002775 0.200496 0.248210 + 0.200687 0.245025 0.794095 0.245484 0.170036 +G001071115 0.243978 0.232653 0.023331 0.241619 0.391737 0.307462 + 0.231811 0.242753 0.211721 0.182553 0.242822 0.215503 0.219124 + 0.226914 0.153109 0.133423 0.219051 0.230737 0.221664 0.225828 + 0.243978 0.244175 0.215441 0.245614 0.221443 0.252057 0.219244 + 0.022720 0.221365 0.235469 0.227473 0.153325 0.242434 0.000000 + 0.221647 0.017631 0.223363 1.028834 0.226482 0.219283 0.207518 + 0.250293 0.219828 0.221664 0.233430 0.231686 0.231683 0.242177 + 0.220214 0.126206 0.690143 0.022311 0.245814 0.222674 0.154575 + 0.162799 0.016410 0.791988 0.024020 0.238942 +G001069615 0.232967 0.230311 0.229908 0.233754 0.403256 0.343777 + 0.223114 0.234064 0.204438 0.201596 0.229720 0.065239 0.045306 + 0.006951 0.227803 0.247696 0.047469 0.222155 0.219051 0.058109 + 0.232967 0.232316 0.052447 0.236944 0.002304 0.241595 0.065879 + 0.234040 0.047554 0.180468 0.002929 0.228368 0.233657 0.221647 + 0.000000 0.234007 0.052288 1.033026 0.002953 0.065357 0.237379 + 0.244319 0.026180 0.219051 0.219947 0.212343 0.209153 0.237903 + 0.061564 0.239768 0.678418 0.235124 0.240980 0.241741 0.229411 + 0.254991 0.234042 0.789730 0.232495 0.222597 +G001069685 0.251124 0.236094 0.031531 0.244395 0.398582 0.311787 + 0.236053 0.245585 0.220248 0.190752 0.249491 0.222008 0.227061 + 0.239437 0.159790 0.136167 0.225067 0.237276 0.231882 0.232647 + 0.251124 0.251341 0.222003 0.247526 0.233855 0.254508 0.227848 + 0.029392 0.226436 0.235693 0.236858 0.160216 0.245230 0.017631 + 0.234007 0.000000 0.231070 1.039723 0.235718 0.227966 0.216146 + 0.256852 0.226455 0.231882 0.237974 0.237848 0.234830 0.244961 + 0.230395 0.133889 0.681982 0.028941 0.247910 0.228563 0.161249 + 0.168032 0.002748 0.805474 0.024245 0.241940 +G000742995 0.226338 0.226586 0.225401 0.221157 0.399330 0.339976 + 0.221253 0.221003 0.195877 0.199106 0.217192 0.059618 0.035640 + 0.058967 0.218200 0.238769 0.040172 0.216334 0.217122 0.044235 + 0.226338 0.225631 0.050720 0.224300 0.054079 0.229492 0.060844 + 0.230889 0.040153 0.171278 0.057567 0.219015 0.220972 0.223363 + 0.052288 0.231070 0.000000 1.029369 0.057300 0.059830 0.237104 + 0.234972 0.057947 0.217122 0.225931 0.206466 0.213802 0.220855 + 0.057787 0.227338 0.687450 0.230844 0.225168 0.239547 0.219924 + 0.242203 0.232254 0.785908 0.227173 0.217958 +G001431585 1.034208 1.038661 1.030573 1.036010 0.980066 0.978089 + 1.027745 1.036110 1.032702 1.016090 1.046439 1.033377 1.028400 + 1.038859 1.000758 1.032199 1.016240 1.029051 1.059429 1.037226 + 1.034208 1.033709 1.023803 1.040119 1.034677 1.041804 1.034045 + 1.021453 1.027538 1.015728 1.031611 0.996569 1.044193 1.028834 + 1.033026 1.039723 1.029369 0.000000 1.031244 1.037695 1.015286 + 1.044615 1.022330 1.059429 1.050958 1.045562 1.047924 1.038406 + 1.045239 1.021716 0.981112 1.021263 1.028690 1.003000 1.002985 + 1.073543 1.041897 0.905355 1.032691 1.047646 +G001072655 0.236916 0.231908 0.234704 0.237575 0.404276 0.345302 + 0.224721 0.238826 0.208182 0.205940 0.233492 0.067706 0.046186 + 0.005726 0.229865 0.251850 0.048987 0.224060 0.221100 0.060739 + 0.236916 0.236263 0.055265 0.240818 0.005081 0.241135 0.068799 + 0.235376 0.050025 0.185764 0.001260 0.231324 0.237504 0.226482 + 0.002953 0.235718 0.057300 1.031244 0.000000 0.068339 0.238615 + 0.250860 0.029303 0.221100 0.221233 0.214361 0.211106 0.241779 + 0.067188 0.245190 0.684500 0.236471 0.240517 0.246837 0.231484 + 0.259721 0.236315 0.791784 0.238355 0.219080 +G001072535 0.227109 0.222650 0.229784 0.229520 0.408044 0.333571 + 0.223820 0.229896 0.214940 0.203262 0.234291 0.022840 0.056128 + 0.070364 0.214896 0.236538 0.057512 0.221575 0.218073 0.064998 + 0.227109 0.226398 0.054918 0.233021 0.067241 0.237803 0.000629 + 0.226391 0.056235 0.180787 0.068259 0.216161 0.229937 0.219283 + 0.065357 0.227966 0.059830 1.037695 0.068339 0.000000 0.237345 + 0.233949 0.061131 0.218073 0.218144 0.215115 0.211974 0.229914 + 0.033023 0.234119 0.685692 0.226346 0.234418 0.235285 0.216257 + 0.253450 0.229171 0.800557 0.227888 0.217275 +G001431665 0.260044 0.244422 0.217635 0.241263 0.366353 0.288245 + 0.245435 0.243573 0.246146 0.221084 0.246103 0.238956 0.234164 + 0.245374 0.210629 0.213845 0.228871 0.239321 0.248794 0.231063 + 0.260044 0.259497 0.226549 0.243973 0.236939 0.249988 0.236874 + 0.215093 0.230372 0.224382 0.240644 0.209078 0.241605 0.207518 + 0.237379 0.216146 0.237104 1.015286 0.238615 0.237345 0.000000 + 0.262975 0.231310 0.248794 0.244957 0.249456 0.245691 0.245643 + 0.240088 0.212574 0.663300 0.214074 0.248135 0.231158 0.211345 + 0.236864 0.214916 0.784306 0.216514 0.249044 +G001297005 0.040547 0.090902 0.258151 0.166478 0.387202 0.357106 + 0.152034 0.166370 0.188994 0.235721 0.171062 0.233238 0.233121 + 0.249585 0.253142 0.285796 0.228151 0.162945 0.098761 0.228157 + 0.040547 0.041501 0.226858 0.170339 0.244462 0.173515 0.234097 + 0.254197 0.230734 0.208979 0.250601 0.250021 0.167839 0.250293 + 0.244319 0.256852 0.234972 1.044615 0.250860 0.233949 0.262975 + 0.000000 0.234823 0.098761 0.096942 0.105802 0.102572 0.166753 + 0.237293 0.277140 0.710194 0.253682 0.169473 0.214098 0.254177 + 0.223409 0.257126 0.816469 0.251521 0.106489 +G001071285 0.228934 0.227769 0.231982 0.230747 0.395698 0.333326 + 0.219321 0.229752 0.206353 0.194624 0.235031 0.068425 0.048929 + 0.032704 0.221801 0.243011 0.051317 0.221108 0.223569 0.055762 + 0.228934 0.228232 0.048241 0.233903 0.027599 0.238487 0.061455 + 0.227685 0.049804 0.175741 0.029279 0.222373 0.230629 0.219828 + 0.026180 0.226455 0.057947 1.022330 0.029303 0.061131 0.231310 + 0.234823 0.000000 0.223569 0.217822 0.217038 0.206826 0.234863 + 0.070285 0.241398 0.682709 0.228437 0.237853 0.232860 0.223416 + 0.251726 0.227604 0.797001 0.232914 0.220701 +G001274655 0.098203 0.050444 0.227486 0.165965 0.389939 0.343776 + 0.156151 0.165596 0.177905 0.211138 0.162821 0.214213 0.215859 + 0.224103 0.229513 0.256539 0.214661 0.166862 0.000010 0.225754 + 0.098203 0.099661 0.210659 0.170021 0.218681 0.174967 0.218046 + 0.232929 0.215552 0.209711 0.221847 0.228718 0.166442 0.221664 + 0.219051 0.231882 0.217122 1.059429 0.221100 0.218073 0.248794 + 0.098761 0.223569 0.000000 0.055838 0.052028 0.047473 0.169111 + 0.209775 0.246701 0.691711 0.231410 0.172590 0.216113 0.230232 + 0.227287 0.232099 0.797793 0.230717 0.054014 +G001071815 0.095179 0.053410 0.246712 0.165977 0.384598 0.333298 + 0.151778 0.165844 0.182160 0.212258 0.170531 0.214973 0.216993 + 0.225040 0.235203 0.261766 0.211558 0.162728 0.055838 0.220697 + 0.095179 0.096119 0.208545 0.169751 0.219578 0.172473 0.218116 + 0.242621 0.206411 0.198052 0.222764 0.234706 0.167331 0.233430 + 0.219947 0.237974 0.225931 1.050958 0.221233 0.218144 0.244957 + 0.096942 0.217822 0.055838 0.000000 0.051962 0.046026 0.169771 + 0.216612 0.260659 0.692472 0.242092 0.172134 0.215053 0.236177 + 0.226090 0.237891 0.803757 0.241141 0.045057 +G001073225 0.104899 0.057463 0.232452 0.167008 0.389090 0.345466 + 0.153952 0.167437 0.167430 0.207116 0.163622 0.206658 0.204393 + 0.217322 0.232498 0.256061 0.201551 0.162210 0.052028 0.218910 + 0.104899 0.105636 0.205302 0.171072 0.211948 0.174049 0.214827 + 0.237025 0.206226 0.202433 0.214197 0.231733 0.167492 0.231686 + 0.212343 0.237848 0.206466 1.045562 0.214361 0.215115 0.249456 + 0.105802 0.217038 0.052028 0.051962 0.000000 0.042125 0.166908 + 0.204929 0.243422 0.682476 0.236417 0.169743 0.219133 0.233210 + 0.218741 0.238027 0.792293 0.236023 0.043536 +G001431625 0.099005 0.049898 0.238707 0.162311 0.386499 0.335321 + 0.152704 0.162390 0.174672 0.209713 0.166320 0.205042 0.208028 + 0.214124 0.230363 0.254135 0.201365 0.161227 0.047473 0.214817 + 0.099005 0.099521 0.202708 0.165826 0.208744 0.170616 0.212270 + 0.235218 0.199993 0.198907 0.211918 0.230311 0.162761 0.231683 + 0.209153 0.234830 0.213802 1.047924 0.211106 0.211974 0.245691 + 0.102572 0.206826 0.047473 0.046026 0.042125 0.000000 0.162629 + 0.210249 0.254665 0.675269 0.234050 0.165719 0.214797 0.231090 + 0.224993 0.234584 0.788160 0.232737 0.038539 +G001071345 0.153143 0.169430 0.250688 0.000835 0.372409 0.348372 + 0.053519 0.001276 0.191851 0.244914 0.002937 0.226314 0.218143 + 0.243363 0.246135 0.263941 0.221480 0.059648 0.169111 0.227125 + 0.153143 0.153654 0.216898 0.004412 0.240172 0.007232 0.231295 + 0.247436 0.225854 0.221004 0.242227 0.245195 0.001050 0.242177 + 0.237903 0.244961 0.220855 1.038406 0.241779 0.229914 0.245643 + 0.166753 0.234863 0.169111 0.169771 0.166908 0.162629 0.000000 + 0.229620 0.263636 0.689684 0.246698 0.003390 0.200571 0.247737 + 0.198726 0.244759 0.795549 0.244430 0.168813 +G001275085 0.224314 0.222157 0.224296 0.229226 0.411563 0.343494 + 0.224084 0.229237 0.211992 0.206412 0.225744 0.027364 0.057559 + 0.067623 0.218735 0.237551 0.058018 0.219909 0.209775 0.067795 + 0.224314 0.223599 0.056189 0.232724 0.064080 0.237044 0.033715 + 0.229833 0.059647 0.183387 0.067161 0.219879 0.229642 0.220214 + 0.061564 0.230395 0.057787 1.045239 0.067188 0.033023 0.240088 + 0.237293 0.070285 0.209775 0.216612 0.204929 0.210249 0.229620 + 0.000000 0.228332 0.694737 0.229788 0.234562 0.242453 0.220468 + 0.253611 0.230752 0.780638 0.226439 0.216263 +G001651505 0.270898 0.264619 0.127101 0.263564 0.409474 0.302518 + 0.260737 0.265124 0.241474 0.177538 0.260066 0.229013 0.228287 + 0.245755 0.150937 0.029073 0.231508 0.252288 0.246701 0.237276 + 0.270898 0.270499 0.228828 0.267005 0.240636 0.271440 0.234690 + 0.132329 0.241500 0.254639 0.245885 0.151758 0.264557 0.126206 + 0.239768 0.133889 0.227338 1.021716 0.245190 0.234119 0.212574 + 0.277140 0.241398 0.246701 0.260659 0.243422 0.254665 0.263636 + 0.228332 0.000000 0.691859 0.131544 0.265263 0.243280 0.152478 + 0.209042 0.133809 0.776099 0.132646 0.258260 +G000834105 0.691901 0.688801 0.694247 0.689510 0.586511 0.665315 + 0.674903 0.692369 0.654163 0.689939 0.696632 0.670087 0.671037 + 0.690106 0.666735 0.678921 0.678595 0.689460 0.691711 0.688147 + 0.691901 0.693569 0.677073 0.686031 0.677877 0.697438 0.687037 + 0.684124 0.669196 0.692012 0.685813 0.665501 0.689262 0.690143 + 0.678418 0.681982 0.687450 0.981112 0.684500 0.685692 0.663300 + 0.710194 0.682709 0.691711 0.692472 0.682476 0.675269 0.689684 + 0.694737 0.691859 0.000000 0.683457 0.688926 0.663854 0.668764 + 0.697049 0.684587 0.676077 0.689366 0.685719 +G001075985 0.247946 0.239490 0.002728 0.246623 0.389573 0.315538 + 0.235364 0.248403 0.224991 0.187573 0.251911 0.222267 0.223923 + 0.240532 0.156823 0.136441 0.222590 0.237819 0.231410 0.231291 + 0.247946 0.248151 0.218665 0.250638 0.234978 0.256685 0.226491 + 0.000626 0.230556 0.236485 0.237962 0.157339 0.247474 0.022311 + 0.235124 0.028941 0.230844 1.021263 0.236471 0.226346 0.214074 + 0.253682 0.228437 0.231410 0.242092 0.236417 0.234050 0.246698 + 0.229788 0.131544 0.683457 0.000000 0.249606 0.225416 0.158273 + 0.170829 0.028132 0.809353 0.024670 0.241693 +G001072215 0.155926 0.172897 0.253668 0.002543 0.374130 0.351221 + 0.054493 0.003025 0.197235 0.247651 0.006407 0.231205 0.221829 + 0.239604 0.248402 0.264742 0.224857 0.061384 0.172590 0.231742 + 0.155926 0.156449 0.220561 0.006189 0.243299 0.004514 0.235799 + 0.250357 0.230220 0.225935 0.240977 0.248345 0.002775 0.245814 + 0.240980 0.247910 0.225168 1.028690 0.240517 0.234418 0.248135 + 0.169473 0.237853 0.172590 0.172134 0.169743 0.165719 0.003390 + 0.234562 0.265263 0.688926 0.249606 0.000000 0.204024 0.250020 + 0.202331 0.247681 0.798452 0.248087 0.166976 +G001274595 0.207891 0.211192 0.227271 0.199629 0.365953 0.308116 + 0.187050 0.201104 0.219709 0.253363 0.203292 0.236148 0.234744 + 0.248984 0.230004 0.247597 0.228757 0.200923 0.216113 0.239065 + 0.207891 0.207855 0.223982 0.204592 0.242072 0.209191 0.235109 + 0.226913 0.233780 0.202360 0.248052 0.230524 0.200496 0.222674 + 0.241741 0.228563 0.239547 1.003000 0.246837 0.235285 0.231158 + 0.214098 0.232860 0.216113 0.215053 0.219133 0.214797 0.200571 + 0.242453 0.243280 0.663854 0.225416 0.204024 0.000000 0.231480 + 0.192611 0.227739 0.761204 0.225486 0.221771 +G001068765 0.244831 0.238500 0.161895 0.247354 0.390307 0.302653 + 0.242212 0.248462 0.242987 0.161832 0.252792 0.213955 0.219390 + 0.236201 0.000010 0.155781 0.217474 0.236645 0.230232 0.221773 + 0.244831 0.245767 0.217675 0.251532 0.229845 0.256340 0.214686 + 0.160467 0.221271 0.226381 0.231908 0.002121 0.248210 0.154575 + 0.229411 0.161249 0.219924 1.002985 0.231484 0.216257 0.211345 + 0.254177 0.223416 0.230232 0.236177 0.233210 0.231090 0.247737 + 0.220468 0.152478 0.668764 0.158273 0.250020 0.231480 0.000000 + 0.205847 0.160472 0.784025 0.158471 0.236317 +G001051925 0.212606 0.228606 0.170505 0.198615 0.372420 0.348545 + 0.187111 0.198878 0.218479 0.249730 0.199794 0.243939 0.244256 + 0.259831 0.204589 0.218259 0.237440 0.200251 0.227287 0.250842 + 0.212606 0.213379 0.243303 0.203078 0.250664 0.210082 0.253152 + 0.170999 0.247974 0.226895 0.259033 0.199577 0.200687 0.162799 + 0.254991 0.168032 0.242203 1.073543 0.259721 0.253450 0.236864 + 0.223409 0.251726 0.227287 0.226090 0.218741 0.224993 0.198726 + 0.253611 0.209042 0.697049 0.170829 0.202331 0.192611 0.205847 + 0.000000 0.166140 0.794521 0.167091 0.230755 +G000978875 0.251731 0.235880 0.030631 0.244198 0.396389 0.312019 + 0.236711 0.245374 0.220757 0.192876 0.249252 0.222363 0.227437 + 0.239444 0.159021 0.136521 0.225456 0.237202 0.232099 0.233789 + 0.251731 0.251948 0.222770 0.248173 0.233891 0.253950 0.229046 + 0.027906 0.227637 0.236274 0.237514 0.159574 0.245025 0.016410 + 0.234042 0.002748 0.232254 1.041897 0.236315 0.229171 0.214916 + 0.257126 0.227604 0.232099 0.237891 0.238027 0.234584 0.244759 + 0.230752 0.133809 0.684587 0.028132 0.247681 0.227739 0.160472 + 0.166140 0.000000 0.805051 0.023406 0.241694 +G000972335 0.805839 0.806520 0.801749 0.797338 0.696510 0.766860 + 0.777401 0.797263 0.784062 0.808420 0.788315 0.794381 0.780989 + 0.794447 0.781199 0.789303 0.779193 0.793995 0.797793 0.798346 + 0.805839 0.806420 0.801036 0.796073 0.788083 0.805694 0.802132 + 0.806981 0.795279 0.805657 0.793122 0.782025 0.794095 0.791988 + 0.789730 0.805474 0.785908 0.905355 0.791784 0.800557 0.784306 + 0.816469 0.797001 0.797793 0.803757 0.792293 0.788160 0.795549 + 0.780638 0.776099 0.676077 0.809353 0.798452 0.761204 0.784025 + 0.794521 0.805051 0.000000 0.802831 0.805578 +G001619675 0.244899 0.238077 0.025250 0.244645 0.395823 0.315628 + 0.234372 0.245711 0.223973 0.191966 0.245833 0.220492 0.226716 + 0.238766 0.156982 0.138064 0.222892 0.233374 0.230717 0.229544 + 0.244899 0.245145 0.221195 0.248660 0.233199 0.254775 0.227771 + 0.025333 0.231040 0.239845 0.239546 0.158876 0.245484 0.024020 + 0.232495 0.024245 0.227173 1.032691 0.238355 0.227888 0.216514 + 0.251521 0.232914 0.230717 0.241141 0.236023 0.232737 0.244430 + 0.226439 0.132646 0.689366 0.024670 0.248087 0.225486 0.158471 + 0.167091 0.023406 0.802831 0.000000 0.240140 +G001071655 0.106062 0.047018 0.246296 0.169074 0.391390 0.343691 + 0.156570 0.168590 0.185410 0.209702 0.172905 0.209265 0.211022 + 0.222633 0.235610 0.261967 0.204011 0.165152 0.054014 0.220620 + 0.106062 0.106502 0.205328 0.172489 0.222503 0.170219 0.217252 + 0.242781 0.209534 0.198173 0.220379 0.235168 0.170036 0.238942 + 0.222597 0.241940 0.217958 1.047646 0.219080 0.217275 0.249044 + 0.106489 0.220701 0.054014 0.045057 0.043536 0.038539 0.168813 + 0.216263 0.258260 0.685719 0.241693 0.166976 0.221771 0.236317 + 0.230755 0.241694 0.805578 0.240140 0.000000 diff --git a/scripts/fasta2phylip.py b/scripts/fasta2phylip.py new file mode 100644 index 0000000..379c0dc --- /dev/null +++ b/scripts/fasta2phylip.py @@ -0,0 +1,37 @@ +#!/usr/bin/env python + +#----------------------------------------------------------------------------- +# Copyright (c) 2016--, Evguenia Kopylova. +# +# Distributed under the terms of the Modified BSD License. +# +# The full license is in the file COPYING.txt, distributed with this software. +#----------------------------------------------------------------------------- + +# FASTA to Phylip converter + +import click + +from skbio import TabularMSA, Protein + + +@click.command() +@click.option('--input-fasta-fp', required=True, + type=click.Path(resolve_path=True, readable=True, exists=True, + file_okay=True), + help="Input FASTA alignment file") +@click.option('--output-phylip-fp', required=True, + type=click.Path(resolve_path=True, readable=True, exists=False, + file_okay=True), + help="Output Phylip alignment file") +def main(input_fasta_fp, + output_phylip_fp): + """Convert FASTA to Phylip alignment + """ + msa = TabularMSA.read(input_fasta_fp, constructor=Protein) + msa.reassign_index(minter='id') + msa.write(output_phylip_fp, format='phylip') + + +if __name__ == "__main__": + main() \ No newline at end of file diff --git a/scripts/subtrees_compute.py b/scripts/subtrees_compute.py new file mode 100644 index 0000000..9f8c69f --- /dev/null +++ b/scripts/subtrees_compute.py @@ -0,0 +1,162 @@ +#!/usr/bin/env python + +#----------------------------------------------------------------------------- +# Copyright (c) 2016--, Evguenia Kopylova. +# +# Distributed under the terms of the Modified BSD License. +# +# The full license is in the file COPYING.txt, distributed with this software. +#----------------------------------------------------------------------------- + +# Bin genomes by taxonomies + +import sys +from os.path import exists, join, basename +from os import makedirs +import click +from collections import OrderedDict +import bz2 + + +def get_genome_paths(scores_average_fp, scores_repophlan_fp): + """Return taxonomy strings and their counts. + + Parameters + ---------- + scores_average_fp: string + Filepath to average quality scores computed for all quality scores + reported by (Land M.L. et al., 2014) (output of + https://github.com/tanaes/script_bin/blob/master/filter_repophlan.py) + scores_repophlan_fp: string + Filepath to quality scored genomes, algorithm described in + (Land M.L. et al., 2014) and implementation in + https://bitbucket.org/nsegata/repophlan/src/7ebcbea05bc8baacaa988e\ + 7ab5e14c8206250f60/screen.py?at=default&fileviewer=file-view-default) + + Notes + ----- + The file scores_average_fp must contain only genomes that passed the + quality filter. + """ + genomes_paths = {} + # Get genome IDs (passing quality filter) + with open(scores_average_fp) as scores_average_f: + next(scores_average_f) + for line in scores_average_f: + line = line.strip().split('\t') + genome_id = line[0] + faa_lname = line[1] + if genome_id not in genomes_paths: + genomes_paths[genome_id] = faa_lname + else: + raise ValueError("Duplicate genome IDs %s" % genome_id) + # Get taxonomies based on used genome IDs + taxonomies = {} + genomes_without_taxonomy = [] + with open(scores_repophlan_fp) as scores_repophlan_f: + # header + line = scores_repophlan_f.readline() + line = line.strip().split('\t') + tax_idx = line.index('taxonomy') + for line in scores_repophlan_f: + line = line.strip().split('\t') + genome_id = line[0] + # only want tax_ids for genomes passing quality filter + if genome_id in genomes_paths: + taxonomy = line[tax_idx] + if (('k__Bacteria' not in taxonomy) and + ('k__Archaea' not in taxonomy) and + ('k__Viruses' not in taxonomy) and + ('k__Viroids' not in taxonomy)): + genomes_without_taxonomy.append(genome_id) + if taxonomy not in taxonomies: + taxonomies[taxonomy] = [genome_id] + else: + taxonomies[taxonomy].append(genome_id) + return taxonomies, genomes_paths, genomes_without_taxonomy + + +def copy_files(taxonomy, + genome_ids, + genome_paths, + max_genomes, + working_dp): + """Copy all genomes in a single taxonomy into a new directory. + + Parameters + ---------- + taxonomy: string + Taxonomy string under which all genomes fall + genome_ids: set + All genome ids with same taxonomy + genome_paths: dictionary + All genome ids (keys) and their paths (values) passing 32,000 + quality genomes filter + max_genomes: integer + Maximum number of genomes per species to include in tree + working_dp: string + Working directory + + """ + species = taxonomy.split('|')[-1] + if 's__' not in species: + raise ValueError("Missing species level: %s" % taxonomy) + for i, genome_id in enumerate(genome_ids): + # a path exists for genome in bin + if genome_id in genome_paths: + genome_fp = genome_paths[genome_id] + zipfile = bz2.BZ2File(genome_fp) + data = zipfile.read() + genome_fp_no_bz2 = join(working_dp, basename(genome_fp[:-4])) + print("[subtrees_compute] %s. writing %s " % (i, genome_fp_no_bz2)) + with open(genome_fp_no_bz2, 'wb') as genome_fp_no_bz2_f: + genome_fp_no_bz2_f.write(data) + else: + print("[subtrees_compute] %s. skipping %s " % (i, genome_id)) + + +@click.command() +@click.option('--repophlan-scores-fp', required=True, + type=click.Path(resolve_path=True, readable=True, exists=True, + file_okay=True), + help="Output of RepoPhlAn's repophlan_get_microbes.py") +@click.option('--repophlan-scores-average-fp', required=True, + type=click.Path(resolve_path=True, readable=True, exists=True, + file_okay=True), + help="Filepath to average quality scores computed for " + "all quality scores reported by (Land M.L. et al., 2014)") +@click.option('--working-dp', required=False, + type=click.Path(resolve_path=True, readable=True, exists=False), + help="Working directory path") +@click.option('--max-genomes', required=True, type=int, + help="Maximum number of genomes per species") +def main(repophlan_scores_fp, + repophlan_scores_average_fp, + working_dp, + max_genomes): + """Compute distant matrix for a subset of genomes from same species. + """ + if not exists(working_dp): + makedirs(working_dp) + + # 1) Bin genomes by taxonomies + taxonomies, genomes_paths, genomes_without_taxonomy = get_genome_paths( + repophlan_scores_average_fp, repophlan_scores_fp) + if len(genomes_without_taxonomy) != 0: + print("Genomes without taxonomy: %s" % len(genomes_without_taxonomy)) + + # 2) Run MSA (MAFFT) on all bins having >max_genomes genomes + # sort taxonomies by ascending number of genomes + taxonomies = OrderedDict(sorted(taxonomies.items(), key=lambda x: len(x[1]))) + for key, genome_ids in taxonomies.items(): + if len(genome_ids) > max_genomes: + print("[subtrees_compute] %s has %s genomes" % (key, len(genome_ids))) + # Create directory with all genomes under same taxonomy + output_dp = join(working_dp, key.replace('|','.')) + if not exists(output_dp): + makedirs(output_dp) + copy_files(key, genome_ids, genomes_paths, max_genomes, output_dp) + + +if __name__ == "__main__": + main()