From 1bf98480923b4a9306355fbb7eabbb2b4f14a619 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: James Date: Wed, 6 Jun 2018 15:23:35 -0400 Subject: [PATCH 01/10] Changed the ReadsSparkSink behavior to be configurable in whether it automatically sorts the output or not. --- .../engine/spark/GATKSparkTool.java | 6 +++--- .../spark/datasources/ReadsSparkSink.java | 8 +++++--- .../tools/spark/pathseq/PathSeqBwaSpark.java | 2 +- .../spark/pathseq/PathSeqFilterSpark.java | 4 ++-- .../spark/pathseq/PathSeqPipelineSpark.java | 2 +- .../spark/pathseq/PathSeqScoreSpark.java | 2 +- .../BwaAndMarkDuplicatesPipelineSpark.java | 2 +- .../spark/pipelines/PrintReadsSpark.java | 2 +- .../spark/pipelines/ReadsPipelineSpark.java | 2 +- .../tools/spark/pipelines/SortSamSpark.java | 8 +------- .../markduplicates/MarkDuplicatesSpark.java | 2 +- .../datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java | 9 +++------ .../PrintReadsSparkIntegrationTest.java | 20 +++++++++++++++++++ .../tools/print_reads.mismatchedHeader.sam | 19 ++++++++++++++++++ 14 files changed, 60 insertions(+), 28 deletions(-) create mode 100644 src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/print_reads.mismatchedHeader.sam diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/GATKSparkTool.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/GATKSparkTool.java index cab7d5acc8b..136b5228af5 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/GATKSparkTool.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/GATKSparkTool.java @@ -346,7 +346,7 @@ protected JavaRDD getGatkReadJavaRDD(TraversalParameters traversalPara * @param reads reads to write. */ public void writeReads(final JavaSparkContext ctx, final String outputFile, JavaRDD reads) { - writeReads(ctx, outputFile, reads, readsHeader); + writeReads(ctx, outputFile, reads, readsHeader, true); } /** @@ -356,12 +356,12 @@ public void writeReads(final JavaSparkContext ctx, final String outputFile, Java * @param reads reads to write. * @param header the header to write. */ - public void writeReads(final JavaSparkContext ctx, final String outputFile, JavaRDD reads, SAMFileHeader header) { + public void writeReads(final JavaSparkContext ctx, final String outputFile, JavaRDD reads, SAMFileHeader header, final boolean sortReadsToHeader) { try { ReadsSparkSink.writeReads(ctx, outputFile, hasReference() ? referenceArguments.getReferencePath().toAbsolutePath().toUri().toString() : null, reads, header, shardedOutput ? ReadsWriteFormat.SHARDED : ReadsWriteFormat.SINGLE, - getRecommendedNumReducers(), shardedPartsDir, createOutputBamIndex, createOutputBamSplittingIndex); + getRecommendedNumReducers(), shardedPartsDir, createOutputBamIndex, createOutputBamSplittingIndex, sortReadsToHeader); } catch (IOException e) { throw new UserException.CouldNotCreateOutputFile(outputFile,"writing failed", e); } diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java index dabe1bd9985..1d8664edf60 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java @@ -52,7 +52,7 @@ public final class ReadsSparkSink { public static void writeReads( final JavaSparkContext ctx, final String outputFile, final String referenceFile, final JavaRDD reads, final SAMFileHeader header, ReadsWriteFormat format) throws IOException { - writeReads(ctx, outputFile, referenceFile, reads, header, format, 0, null); + writeReads(ctx, outputFile, referenceFile, reads, header, format, 0, null,format==ReadsWriteFormat.SINGLE); } /** @@ -66,10 +66,11 @@ public static void writeReads( * @param numReducers the number of reducers to use when writing a single file. A value of zero indicates that the default * should be used. * @param outputPartsDir directory for temporary files for SINGLE output format, should be null for default value of filename + .output + * @param sortReadsToHeader if true, the writer will perform a sort of reads according to the sort order of the header before writing */ public static void writeReads( final JavaSparkContext ctx, final String outputFile, final String referenceFile, final JavaRDD reads, - final SAMFileHeader header, ReadsWriteFormat format, final int numReducers, final String outputPartsDir) throws IOException { + final SAMFileHeader header, ReadsWriteFormat format, final int numReducers, final String outputPartsDir, final boolean sortReadsToHeader) throws IOException { writeReads(ctx, outputFile, referenceFile, reads, header, format, numReducers, outputPartsDir, true, true); } @@ -103,6 +104,7 @@ public static void writeReads( // SAMRecords, this will effectively be a no-op. The SAMRecords will be headerless // for efficient serialization. final JavaRDD samReads = reads.map(read -> read.convertToSAMRecord(null)); + final JavaRDD readsToUse = sortReadsToHeader ? sortSamRecordsToMatchHeader(samReads, header, numReducers) : samReads; if (format == ReadsWriteFormat.SINGLE) { FileCardinalityWriteOption fileCardinalityWriteOption = FileCardinalityWriteOption.SINGLE; @@ -133,7 +135,7 @@ public static void writeReads( if (outputPartsDir!=null) { throw new GATKException(String.format("You specified the bam output parts directory %s, but requested an ADAM output format which does not use this option",outputPartsDir)); } - writeReadsADAM(ctx, absoluteOutputFile, samReads, header); + writeReadsADAM(ctx, absoluteOutputFile, readsToUse, header); } } diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqBwaSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqBwaSpark.java index 7f6318322c6..209df9a8f5a 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqBwaSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqBwaSpark.java @@ -180,7 +180,7 @@ private void writeBam(final JavaRDD reads, final String inputBamPath, try { ReadsSparkSink.writeReads(ctx, outputPath, bwaArgs.referencePath, reads, header, shardedOutput ? ReadsWriteFormat.SHARDED : ReadsWriteFormat.SINGLE, - PSUtils.pathseqGetRecommendedNumReducers(inputBamPath, numReducers, getTargetPartitionSize()), shardedPartsDir); + PSUtils.pathseqGetRecommendedNumReducers(inputBamPath, numReducers, getTargetPartitionSize()), shardedPartsDir, true); } catch (final IOException e) { throw new UserException.CouldNotCreateOutputFile(outputPath, "Writing failed", e); } diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqFilterSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqFilterSpark.java index e8604db3baa..7dc60b37b94 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqFilterSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqFilterSpark.java @@ -167,13 +167,13 @@ protected void runTool(final JavaSparkContext ctx) { if (!pairedReads.isEmpty()) { header.setSortOrder(SAMFileHeader.SortOrder.queryname); - writeReads(ctx, outputPaired, pairedReads, header); + writeReads(ctx, outputPaired, pairedReads, header, true); } else { logger.info("No paired reads to write - BAM will not be written."); } if (!unpairedReads.isEmpty()) { header.setSortOrder(SAMFileHeader.SortOrder.unsorted); - writeReads(ctx, outputUnpaired, unpairedReads, header); + writeReads(ctx, outputUnpaired, unpairedReads, header, true); } else { logger.info("No unpaired reads to write - BAM will not be written."); } diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqPipelineSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqPipelineSpark.java index a7d89111288..42bbb00a258 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqPipelineSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqPipelineSpark.java @@ -289,7 +289,7 @@ protected void runTool(final JavaSparkContext ctx) { final int numPartitions = Math.max(1, (int) (numTotalReads / readsPerPartitionOutput)); final JavaRDD readsFinalRepartitioned = readsFinal.coalesce(numPartitions, false); ReadsSparkSink.writeReads(ctx, outputPath, null, readsFinalRepartitioned, header, - shardedOutput ? ReadsWriteFormat.SHARDED : ReadsWriteFormat.SINGLE, numPartitions, shardedPartsDir); + shardedOutput ? ReadsWriteFormat.SHARDED : ReadsWriteFormat.SINGLE, numPartitions, shardedPartsDir, true); } catch (final IOException e) { throw new UserException.CouldNotCreateOutputFile(outputPath, "writing failed", e); } diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqScoreSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqScoreSpark.java index 0a87bbcad55..243eb6c5f80 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqScoreSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pathseq/PathSeqScoreSpark.java @@ -221,7 +221,7 @@ protected void runTool(final JavaSparkContext ctx) { if (outputPath != null) { try { ReadsSparkSink.writeReads(ctx, outputPath, null, readsFinal, header, - shardedOutput ? ReadsWriteFormat.SHARDED : ReadsWriteFormat.SINGLE, recommendedNumReducers, shardedPartsDir); + shardedOutput ? ReadsWriteFormat.SHARDED : ReadsWriteFormat.SINGLE, recommendedNumReducers, shardedPartsDir, true); } catch (final IOException e) { throw new UserException.CouldNotCreateOutputFile(outputPath, "writing failed", e); } diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/BwaAndMarkDuplicatesPipelineSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/BwaAndMarkDuplicatesPipelineSpark.java index 3a80995ed16..49d18deae71 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/BwaAndMarkDuplicatesPipelineSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/BwaAndMarkDuplicatesPipelineSpark.java @@ -72,7 +72,7 @@ protected void runTool(final JavaSparkContext ctx) { referenceArguments.getReferencePath().toAbsolutePath().toUri().toString(), markedReads, bwaEngine.getHeader(), shardedOutput ? ReadsWriteFormat.SHARDED : ReadsWriteFormat.SINGLE, - getRecommendedNumReducers(), shardedPartsDir); + getRecommendedNumReducers(), shardedPartsDir, true); } catch (IOException e) { throw new GATKException("unable to write bam: " + e); } diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/PrintReadsSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/PrintReadsSpark.java index 917eeecf8a9..25647723aee 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/PrintReadsSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/PrintReadsSpark.java @@ -32,6 +32,6 @@ public final class PrintReadsSpark extends GATKSparkTool { protected void runTool(final JavaSparkContext ctx) { final JavaRDD reads = getReads(); - writeReads(ctx, output, reads); + writeReads(ctx, output, reads, getHeaderForReads(), false); } } diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/ReadsPipelineSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/ReadsPipelineSpark.java index 029b1b52a16..d207dacb19f 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/ReadsPipelineSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/ReadsPipelineSpark.java @@ -208,7 +208,7 @@ protected void runTool(final JavaSparkContext ctx) { final JavaRDD finalReads = ApplyBQSRSparkFn.apply(sortedMarkedReads, reportBroadcast, getHeaderForReads(), applyBqsrArgs.toApplyBQSRArgumentCollection(bqsrArgs.PRESERVE_QSCORES_LESS_THAN)); if (outputBam != null) { // only write output of BQSR if output BAM is specified - writeReads(ctx, outputBam, finalReads, header); + writeReads(ctx, outputBam, finalReads, header, true); } // Run Haplotype Caller diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/SortSamSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/SortSamSpark.java index aa358766f4d..6109f503464 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/SortSamSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/SortSamSpark.java @@ -73,12 +73,6 @@ protected void runTool(final JavaSparkContext ctx) { final SAMFileHeader header = getHeaderForReads(); header.setSortOrder(sortOrder.getSamOrder()); - final JavaRDD readsToWrite; - if (shardedOutput) { - readsToWrite = SparkUtils.sortReadsAccordingToHeader(reads, header, numReducers); - } else { - readsToWrite = reads; - } - writeReads(ctx, outputFile, readsToWrite, header); + writeReads(ctx, outputFile, reads, header, true); } } diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/transforms/markduplicates/MarkDuplicatesSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/transforms/markduplicates/MarkDuplicatesSpark.java index f3dbb2e9943..a1b37d7e9ac 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/transforms/markduplicates/MarkDuplicatesSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/transforms/markduplicates/MarkDuplicatesSpark.java @@ -317,7 +317,7 @@ protected void runTool(final JavaSparkContext ctx) { } header.setSortOrder(SAMFileHeader.SortOrder.coordinate); - writeReads(ctx, output, readsForWriting, header); + writeReads(ctx, output, readsForWriting, header, true); } } diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java index 4b48552866e..4bfcde47e33 100644 --- a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java +++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java @@ -47,11 +47,8 @@ private void shutdownMiniCluster() { @DataProvider(name = "loadReadsBAM") public Object[][] loadReadsBAM() { return new Object[][]{ - {testDataDir + "tools/BQSR/HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest1", null, ".bam", true, true}, - {testDataDir + "tools/BQSR/HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest1", null, ".bam", true, false}, // write BAI, don't write SBI - {testDataDir + "tools/BQSR/HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest1", null, ".bam", false, true}, // don't write BAI, write SBI - {testDataDir + "tools/BQSR/HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest1", null, ".bam", false, false}, // don't write BAI, don't write SBI - {testDataDir + "tools/BQSR/expected.HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.alternate.recalibrated.DIQ.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest2", null, ".bam", true, true}, + {testDataDir + "tools/BQSR/HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest1", null, ".bam"}, + {testDataDir + "tools/BQSR/expected.HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.alternate.recalibrated.DIQ.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest2", null, ".bam"}, // This file has unmapped reads that are set to the position of their mates -- the ordering check // in the tests below will fail if our ordering of these reads relative to the mapped reads @@ -149,7 +146,7 @@ private void assertSingleShardedWritingWorks(String inputBam, String referenceFi JavaRDD rddParallelReads = readSource.getParallelReads(inputBam, referenceFile); SAMFileHeader header = readSource.getHeader(inputBam, referenceFile); - ReadsSparkSink.writeReads(ctx, outputPath, referenceFile, rddParallelReads, header, ReadsWriteFormat.SINGLE, 0, outputPartsPath, writeBai, writeSbi); + ReadsSparkSink.writeReads(ctx, outputPath, referenceFile, rddParallelReads, header, ReadsWriteFormat.SINGLE, 0, outputPartsPath, writeBai, writeSbi, true); // check that a bai file is created if (IOUtils.isBamFileName(outputPath) && writeBai) { diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/PrintReadsSparkIntegrationTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/PrintReadsSparkIntegrationTest.java index 3754652b090..19a8de3ca4d 100644 --- a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/PrintReadsSparkIntegrationTest.java +++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/PrintReadsSparkIntegrationTest.java @@ -238,6 +238,26 @@ public void testUnSorted() throws Exception { SamAssertionUtils.assertSamsEqual(outBam, inBam); } + @Test( groups = "spark") + public void testUnSorted() throws Exception { + // This is a technically incorrectly sam with a header indicating that it is coordinate sorted when it is actually + // queryname sorted. If the ordering is the same after PrintReadsSpark then it means we aren't automatically sorting the output. + final File inBam = new File(getTestDataDir(), "print_reads.unsorted.bam"); + try (ReadsDataSource ds = new ReadsDataSource(inBam.toPath())){ + Assert.assertEquals(ds.getHeader().getSortOrder(), SAMFileHeader.SortOrder.unsorted); + } + final File outBam = GATKBaseTest.createTempFile("print_reads", ".bam"); + ArgumentsBuilder args = new ArgumentsBuilder(); + args.add("--" + StandardArgumentDefinitions.INPUT_LONG_NAME); + args.add(inBam.getCanonicalPath()); + args.add("--" + StandardArgumentDefinitions.OUTPUT_LONG_NAME); + args.add(outBam.getCanonicalPath()); + + this.runCommandLine(args.getArgsArray()); + + SamAssertionUtils.assertSamsEqual(outBam, inBam); + } + /** * Test that PrintReadsSpark is correctly applying the WellformedReadFilter */ diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/print_reads.mismatchedHeader.sam b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/print_reads.mismatchedHeader.sam new file mode 100644 index 00000000000..2c26426b9c4 --- /dev/null +++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/print_reads.mismatchedHeader.sam @@ -0,0 +1,19 @@ +@HD VN:1.5 SO:coordinate +@SQ SN:chr1 LN:101 +@SQ SN:chr2 LN:101 +@SQ SN:chr3 LN:101 +@SQ SN:chr4 LN:101 +@SQ SN:chr5 LN:101 +@SQ SN:chr6 LN:101 +@SQ SN:chr7 LN:454 +@SQ SN:chr8 LN:202 +@RG ID:0 SM:Hi,Mom! PL:ILLUMINA +@PG ID:1 VN:2.0 PN:Hey! +both_reads_align_clip_adapter 99 chr7 21 255 101M = 16 96 CAACAGAAGCNGGNATCTGTGTTTGTGTTTCGGATTTCCTGCTGAANNGNTTNTCGNNTCNNNNNNNNATCCCGATTTCNTTCCGCAGCTNACCTCCCAAN )'.*.+2,))&&'&*/)-&*-)&.-)&)&),/-&&..)./.,.).*&&,&.&&-)&&&0*&&&&&&&&/32/,01460&&/6/*0*/2/283//36868/& RG:Z:0 +both_reads_align_clip_adapter 147 chr7 16 255 101M = 21 -96 CAACAGAAGCNGGNATCTGTGTTTGTGTTTCGGATTTCCTGCTGAANNGNTTNTCGNNTCNNNNNNNNATCCCGATTTCNTTCCGCAGCTNACCTCCCAAN )'.*.+2,))&&'&*/)-&*-)&.-)&)&),/-&&..)./.,.).*&&,&.&&-)&&&0*&&&&&&&&/32/,01460&&/6/*0*/2/283//36868/& RG:Z:0 +both_reads_align_clip_marked 83 chr7 1 255 101M = 302 201 CAACAGAAGCNGGNATCTGTGTTTGTGTTTCGGATTTCCTGCTGAANNGNTTNTCGNNTCNNNNNNNNATCCCGATTTCNTTCCGCAGCTNACCTCCCAAN )'.*.+2,))&&'&*/)-&*-)&.-)&)&),/-&&..)./.,.).*&&,&.&&-)&&&0*&&&&&&&&/32/,01460&&/6/*0*/2/283//36868/& RG:Z:0 +both_reads_align_clip_marked 163 chr7 302 255 101M = 1 -201 NCGCGGCATCNCGATTTCTTTCCGCAGCTAACCTCCCGACAGATCGGCAGCGCGTCGTGTAGGTTATTATGGTACATCTTGTCGTGCGGCNAGAGCATACA &/15445666651/566666553+2/14/&/555512+3/)-'/-&-'*+))*''13+3)'//++''/'))/3+&*5++)&'2+&+/*&-&&*)&-./1'1 RG:Z:0 +both_reads_present_only_first_aligns 89 chr7 1 255 101M * 0 0 CAACAGAAGCNGGNATCTGTGTTTGTGTTTCGGATTTCCTGCTGAANNGNTTNTCGNNTCNNNNNNNNATCCCGATTTCNTTCCGCAGCTNACCTCCCAAN )'.*.+2,))&&'&*/)-&*-)&.-)&)&),/-&&..)./.,.).*&&,&.&&-)&&&0*&&&&&&&&/32/,01460&&/6/*0*/2/283//36868/& RG:Z:0 +both_reads_present_only_first_aligns 165 * 0 0 * chr7 1 0 NCGCGGCATCNCGATTTCTTTCCGCAGCTAACCTCCCGACAGATCGGCAGCGCGTCGTGTAGGTTATTATGGTACATCTTGTCGTGCGGCNAGAGCATACA &/15445666651/566666553+2/14/&/555512+3/)-'/-&-'*+))*''13+3)'//++''/'))/3+&*5++)&'2+&+/*&-&&*)&-./1'1 RG:Z:0 +read_2_too_many_gaps 83 chr7 1 255 101M = 302 201 CAACAGAAGCNGGNATCTGTGTTTGTGTTTCGGATTTCCTGCTGAANNGNTTNTCGNNTCNNNNNNNNATCCCGATTTCNTTCCGCAGCTNACCTCCCAAN )'.*.+2,))&&'&*/)-&*-)&.-)&)&),/-&&..)./.,.).*&&,&.&&-)&&&0*&&&&&&&&/32/,01460&&/6/*0*/2/283//36868/& RG:Z:0 +read_2_too_many_gaps 163 chr7 302 255 10M1D10M5I76M = 1 -201 NCGCGGCATCNCGATTTCTTTCCGCAGCTAACCTCCCGACAGATCGGCAGCGCGTCGTGTAGGTTATTATGGTACATCTTGTCGTGCGGCNAGAGCATACA &/15445666651/566666553+2/14/&/555512+3/)-'/-&-'*+))*''13+3)'//++''/'))/3+&*5++)&'2+&+/*&-&&*)&-./1'1 RG:Z:0 From 31d9e042fecc2e32b2bab83394fdbea07b7a77c7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: James Date: Thu, 20 Sep 2018 10:53:25 -0400 Subject: [PATCH 02/10] Responded to comments --- .../engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java | 8 +++++--- .../spark/pipelines/PrintReadsSparkIntegrationTest.java | 6 +++--- 2 files changed, 8 insertions(+), 6 deletions(-) diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java index 1d8664edf60..362a3c5d547 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java @@ -52,7 +52,9 @@ public final class ReadsSparkSink { public static void writeReads( final JavaSparkContext ctx, final String outputFile, final String referenceFile, final JavaRDD reads, final SAMFileHeader header, ReadsWriteFormat format) throws IOException { - writeReads(ctx, outputFile, referenceFile, reads, header, format, 0, null,format==ReadsWriteFormat.SINGLE); + // NOTE, we must include 'format==ReadsWriteFormat.SINGLE' to preserve the old default behavior for writing spark output + // which would not sort the bam if outputting to ReadsWriteFormat.SINGLE. Please use the overload for different sroting behavior. + writeReads(ctx, outputFile, referenceFile, reads, header, format, 0, null, format==ReadsWriteFormat.SINGLE); } /** @@ -104,7 +106,7 @@ public static void writeReads( // SAMRecords, this will effectively be a no-op. The SAMRecords will be headerless // for efficient serialization. final JavaRDD samReads = reads.map(read -> read.convertToSAMRecord(null)); - final JavaRDD readsToUse = sortReadsToHeader ? sortSamRecordsToMatchHeader(samReads, header, numReducers) : samReads; + final JavaRDD readsToOutput = sortReadsToHeader ? sortSamRecordsToMatchHeader(samReads, header, numReducers) : samReads; if (format == ReadsWriteFormat.SINGLE) { FileCardinalityWriteOption fileCardinalityWriteOption = FileCardinalityWriteOption.SINGLE; @@ -135,7 +137,7 @@ public static void writeReads( if (outputPartsDir!=null) { throw new GATKException(String.format("You specified the bam output parts directory %s, but requested an ADAM output format which does not use this option",outputPartsDir)); } - writeReadsADAM(ctx, absoluteOutputFile, readsToUse, header); + writeReadsADAM(ctx, absoluteOutputFile, readsToOutput, header); } } diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/PrintReadsSparkIntegrationTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/PrintReadsSparkIntegrationTest.java index 19a8de3ca4d..fe4978dda44 100644 --- a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/PrintReadsSparkIntegrationTest.java +++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/pipelines/PrintReadsSparkIntegrationTest.java @@ -239,12 +239,12 @@ public void testUnSorted() throws Exception { } @Test( groups = "spark") - public void testUnSorted() throws Exception { + public void testUnSortedRoundTrip() throws Exception { // This is a technically incorrectly sam with a header indicating that it is coordinate sorted when it is actually // queryname sorted. If the ordering is the same after PrintReadsSpark then it means we aren't automatically sorting the output. - final File inBam = new File(getTestDataDir(), "print_reads.unsorted.bam"); + final File inBam = new File(getTestDataDir(), "print_reads.mismatchedHeader.sam"); try (ReadsDataSource ds = new ReadsDataSource(inBam.toPath())){ - Assert.assertEquals(ds.getHeader().getSortOrder(), SAMFileHeader.SortOrder.unsorted); + Assert.assertEquals(ds.getHeader().getSortOrder(), SAMFileHeader.SortOrder.coordinate); } final File outBam = GATKBaseTest.createTempFile("print_reads", ".bam"); ArgumentsBuilder args = new ArgumentsBuilder(); From f398faebe72e0073ccd189ee8a570594b6f727b0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: James Date: Thu, 20 Sep 2018 11:57:04 -0400 Subject: [PATCH 03/10] resolving conflicts --- .../sv/utils/ExtractOriginalAlignmentRecordsByNameSpark.java | 2 +- .../tools/spark/validation/CompareDuplicatesSpark.java | 4 ++-- 2 files changed, 3 insertions(+), 3 deletions(-) diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/utils/ExtractOriginalAlignmentRecordsByNameSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/utils/ExtractOriginalAlignmentRecordsByNameSpark.java index 2702509331f..a1739579f04 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/utils/ExtractOriginalAlignmentRecordsByNameSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/sv/utils/ExtractOriginalAlignmentRecordsByNameSpark.java @@ -90,7 +90,7 @@ protected void runTool( final JavaSparkContext ctx ) { final Function predicate = getGatkReadBooleanFunction(namesToLookForBroadcast, invertFilter); final JavaRDD reads = getUnfilteredReads().filter(predicate).cache(); - writeReads(ctx, outputSAM, reads, getHeaderForReads()); + writeReads(ctx, outputSAM, reads, getHeaderForReads(), false); logger.info("Found " + reads.count() + " alignment records for " + namesToLookForBroadcast.getValue().size() + " unique read names."); diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/validation/CompareDuplicatesSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/validation/CompareDuplicatesSpark.java index 1442cd687fc..1607786aefa 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/validation/CompareDuplicatesSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/validation/CompareDuplicatesSpark.java @@ -216,8 +216,8 @@ protected void runTool(final JavaSparkContext ctx) { SAMFileHeader headerForwrite = bHeader.getValue(); headerForwrite.setAttribute("in","original read file source"); - writeReads(ctx, output, firstReads.filter(read -> nameSet.value().contains(read.getName())), headerForwrite); - writeReads(ctx, output2, secondReads.filter(read -> nameSet.value().contains(read.getName())), headerForwrite); + writeReads(ctx, output, firstReads.filter(read -> nameSet.value().contains(read.getName())), headerForwrite, false); + writeReads(ctx, output2, secondReads.filter(read -> nameSet.value().contains(read.getName())), headerForwrite, false); } // Produces an RDD of MatchTypes, e.g., EQUAL, DIFFERENT_REPRESENTATIVE_READ, etc. per MarkDuplicates key, From ea087ac499b8d0105ed8db0fb8356de3e8156159 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: James Date: Thu, 20 Sep 2018 15:27:50 -0400 Subject: [PATCH 04/10] better to avoid actually fixing the test --- .../tools/spark/validation/CompareDuplicatesSpark.java | 4 ++-- 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/validation/CompareDuplicatesSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/validation/CompareDuplicatesSpark.java index 1607786aefa..3198fc223b5 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/validation/CompareDuplicatesSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/validation/CompareDuplicatesSpark.java @@ -216,8 +216,8 @@ protected void runTool(final JavaSparkContext ctx) { SAMFileHeader headerForwrite = bHeader.getValue(); headerForwrite.setAttribute("in","original read file source"); - writeReads(ctx, output, firstReads.filter(read -> nameSet.value().contains(read.getName())), headerForwrite, false); - writeReads(ctx, output2, secondReads.filter(read -> nameSet.value().contains(read.getName())), headerForwrite, false); + writeReads(ctx, output, firstReads.filter(read -> nameSet.value().contains(read.getName())), headerForwrite, true); + writeReads(ctx, output2, secondReads.filter(read -> nameSet.value().contains(read.getName())), headerForwrite, true); } // Produces an RDD of MatchTypes, e.g., EQUAL, DIFFERENT_REPRESENTATIVE_READ, etc. per MarkDuplicates key, From e85d47eb3fbe77bbb147d8812757733b1624d1b4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: James Date: Fri, 8 Feb 2019 15:29:03 -0500 Subject: [PATCH 05/10] Resolved conflicts between this and master --- .../engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java | 14 +++++++------- .../hellbender/tools/spark/RevertSamSpark.java | 2 +- .../spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java | 4 ++-- 3 files changed, 10 insertions(+), 10 deletions(-) diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java index 362a3c5d547..83f0945108e 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java @@ -73,7 +73,7 @@ public static void writeReads( public static void writeReads( final JavaSparkContext ctx, final String outputFile, final String referenceFile, final JavaRDD reads, final SAMFileHeader header, ReadsWriteFormat format, final int numReducers, final String outputPartsDir, final boolean sortReadsToHeader) throws IOException { - writeReads(ctx, outputFile, referenceFile, reads, header, format, numReducers, outputPartsDir, true, true); + writeReads(ctx, outputFile, referenceFile, reads, header, format, numReducers, outputPartsDir, true, true, true); } /** @@ -89,11 +89,12 @@ public static void writeReads( * @param outputPartsDir directory for temporary files for SINGLE output format, should be null for default value of filename + .output * @param writeBai whether to write a BAI file (when writing BAM format) * @param writeSbi whether to write an SBI file (when writing BAM format) + * @param sortReadsToHeader whether to sort the reads in the underlying RDD to match the header sort order option before writing */ public static void writeReads( final JavaSparkContext ctx, final String outputFile, final String referenceFile, final JavaRDD reads, final SAMFileHeader header, ReadsWriteFormat format, final int numReducers, final String outputPartsDir, - final boolean writeBai, final boolean writeSbi) throws IOException { + final boolean writeBai, final boolean writeSbi, final boolean sortReadsToHeader) throws IOException { String absoluteOutputFile = BucketUtils.makeFilePathAbsolute(outputFile); String absoluteReferenceFile = referenceFile != null ? @@ -118,12 +119,12 @@ public static void writeReads( absoluteOutputFile.endsWith(CramIO.CRAM_FILE_EXTENSION) || absoluteOutputFile.endsWith(IOUtil.SAM_FILE_EXTENSION)) { // don't specify a write option for format since it is inferred from the extension in the path - writeReads(ctx, absoluteOutputFile, absoluteReferenceFile, samReads, header, numReducers, + writeReads(ctx, absoluteOutputFile, absoluteReferenceFile, readsToOutput, header, numReducers, fileCardinalityWriteOption, tempPartsDirectoryWriteOption, baiWriteOption, sbiWriteOption); } else { // default to BAM ReadsFormatWriteOption formatWriteOption = ReadsFormatWriteOption.BAM; - writeReads(ctx, absoluteOutputFile, absoluteReferenceFile, samReads, header, numReducers, formatWriteOption, + writeReads(ctx, absoluteOutputFile, absoluteReferenceFile, readsToOutput, header, numReducers, formatWriteOption, fileCardinalityWriteOption, tempPartsDirectoryWriteOption, baiWriteOption, sbiWriteOption); } } else if (format == ReadsWriteFormat.SHARDED) { @@ -132,7 +133,7 @@ public static void writeReads( } ReadsFormatWriteOption formatWriteOption = ReadsFormatWriteOption.BAM; // use BAM if output file is a directory FileCardinalityWriteOption fileCardinalityWriteOption = FileCardinalityWriteOption.MULTIPLE; - writeReads(ctx, absoluteOutputFile, absoluteReferenceFile, samReads, header, numReducers, formatWriteOption, fileCardinalityWriteOption); + writeReads(ctx, absoluteOutputFile, absoluteReferenceFile, readsToOutput, header, numReducers, formatWriteOption, fileCardinalityWriteOption); } else if (format == ReadsWriteFormat.ADAM) { if (outputPartsDir!=null) { throw new GATKException(String.format("You specified the bam output parts directory %s, but requested an ADAM output format which does not use this option",outputPartsDir)); @@ -145,9 +146,8 @@ private static void writeReads( final JavaSparkContext ctx, final String outputFile, final String referenceFile, final JavaRDD reads, final SAMFileHeader header, final int numReducers, final WriteOption... writeOptions) throws IOException { - final JavaRDD sortedReads = sortSamRecordsToMatchHeader(reads, header, numReducers); Broadcast headerBroadcast = ctx.broadcast(header); - final JavaRDD sortedReadsWithHeader = sortedReads.map(read -> { + final JavaRDD sortedReadsWithHeader = reads.map(read -> { read.setHeaderStrict(headerBroadcast.getValue()); return read; }); diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/RevertSamSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/RevertSamSpark.java index 376e689d93c..dac7ed8fcb8 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/RevertSamSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/RevertSamSpark.java @@ -299,7 +299,7 @@ protected void runTool(JavaSparkContext ctx) { final String key = rmap.getKey(); JavaRDD filteredreads = rmap.getKey()==null? readsReverted : readsReverted.filter(r -> r.getReadGroup().equals(key)); - writeReads(ctx, rmap.getValue().toString(), filteredreads, headerMap.get(rmap.getKey())); //TODO proper header map + writeReads(ctx, rmap.getValue().toString(), filteredreads, headerMap.get(rmap.getKey()), false); //TODO proper header map } } diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java index 4bfcde47e33..ed1bb7c28fa 100644 --- a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java +++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java @@ -47,8 +47,8 @@ private void shutdownMiniCluster() { @DataProvider(name = "loadReadsBAM") public Object[][] loadReadsBAM() { return new Object[][]{ - {testDataDir + "tools/BQSR/HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest1", null, ".bam"}, - {testDataDir + "tools/BQSR/expected.HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.alternate.recalibrated.DIQ.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest2", null, ".bam"}, + {testDataDir + "tools/BQSR/HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest1", null, ".bam", true, true}, + {testDataDir + "tools/BQSR/expected.HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.alternate.recalibrated.DIQ.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest2", null, ".bam", true, true}, // This file has unmapped reads that are set to the position of their mates -- the ordering check // in the tests below will fail if our ordering of these reads relative to the mapped reads From 34c8e34efda150f0ddb81898f678a1093adf2d44 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: James Date: Mon, 11 Feb 2019 11:56:49 -0500 Subject: [PATCH 06/10] responded to comments agian --- .../spark/datasources/ReadsSparkSink.java | 6 +- .../hellbender/tools/spark/bwa/BwaSpark.java | 2 +- .../datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java | 31 +- ...00020.with.unmapped.queryname.samtools.sam | 405 ++++++++++++++++++ 4 files changed, 438 insertions(+), 6 deletions(-) create mode 100644 src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/engine/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.10000000-10000020.with.unmapped.queryname.samtools.sam diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java index 83f0945108e..47745c33108 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java @@ -53,8 +53,8 @@ public static void writeReads( final JavaSparkContext ctx, final String outputFile, final String referenceFile, final JavaRDD reads, final SAMFileHeader header, ReadsWriteFormat format) throws IOException { // NOTE, we must include 'format==ReadsWriteFormat.SINGLE' to preserve the old default behavior for writing spark output - // which would not sort the bam if outputting to ReadsWriteFormat.SINGLE. Please use the overload for different sroting behavior. - writeReads(ctx, outputFile, referenceFile, reads, header, format, 0, null, format==ReadsWriteFormat.SINGLE); + // which would not sort the bam if outputting to ReadsWriteFormat.SINGLE. Please use the overload for different sorting behavior. + writeReads(ctx, outputFile, referenceFile, reads, header, format, 0, null, true); } /** @@ -73,7 +73,7 @@ public static void writeReads( public static void writeReads( final JavaSparkContext ctx, final String outputFile, final String referenceFile, final JavaRDD reads, final SAMFileHeader header, ReadsWriteFormat format, final int numReducers, final String outputPartsDir, final boolean sortReadsToHeader) throws IOException { - writeReads(ctx, outputFile, referenceFile, reads, header, format, numReducers, outputPartsDir, true, true, true); + writeReads(ctx, outputFile, referenceFile, reads, header, format, numReducers, outputPartsDir, true, true, sortReadsToHeader); } /** diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/bwa/BwaSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/bwa/BwaSpark.java index 70df3334b23..3471000fba5 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/bwa/BwaSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/bwa/BwaSpark.java @@ -74,7 +74,7 @@ protected void runTool(final JavaSparkContext ctx) { } try { ReadsSparkSink.writeReads(ctx, output, null, reads, bwaEngine.getHeader(), - shardedOutput ? ReadsWriteFormat.SHARDED : ReadsWriteFormat.SINGLE); + shardedOutput ? ReadsWriteFormat.SHARDED : ReadsWriteFormat.SINGLE, getRecommendedNumReducers(), shardedPartsDir, shardedOutput); } catch (final IOException e) { throw new GATKException("Unable to write aligned reads", e); } diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java index ed1bb7c28fa..f95b967f618 100644 --- a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java +++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java @@ -48,6 +48,9 @@ private void shutdownMiniCluster() { public Object[][] loadReadsBAM() { return new Object[][]{ {testDataDir + "tools/BQSR/HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest1", null, ".bam", true, true}, + {testDataDir + "tools/BQSR/HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest1", null, ".bam", true, false}, // write BAI, don't write SBI + {testDataDir + "tools/BQSR/HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest1", null, ".bam", false, true}, // don't write BAI, write SBI + {testDataDir + "tools/BQSR/HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest1", null, ".bam", false, false}, // don't write BAI, don't write SBI {testDataDir + "tools/BQSR/expected.HiSeq.1mb.1RG.2k_lines.alternate.recalibrated.DIQ.bam", "ReadsSparkSinkUnitTest2", null, ".bam", true, true}, // This file has unmapped reads that are set to the position of their mates -- the ordering check @@ -83,6 +86,30 @@ public Object[][] loadReadsADAM() { }; } + // This bam was samtools sorted queryname bam, we expect if this were sorted to match the header that this would no longer match read-for-read due to differences in queryname-sort definitions compared to htsjdk + public void testReadsSparkSinkNotSortingReadsToHeader() throws IOException { + final String inputBam = testDataDir + "engine/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.10000000-10000020.with.unmapped.queryname.samtools.sam"; + final File outputFile = createTempFile("ReadsSparkSinkNotSorting", ".bam"); + JavaSparkContext ctx = SparkContextFactory.getTestSparkContext(); + + ReadsSparkSource readSource = new ReadsSparkSource(ctx); + JavaRDD rddParallelReads = readSource.getParallelReads(inputBam, null); + SAMFileHeader header = readSource.getHeader(inputBam, null); + + ReadsSparkSink.writeReads(ctx, outputFile.getPath(), null, rddParallelReads, header, ReadsWriteFormat.SINGLE, 0, null, true, true, false); + + JavaRDD rddParallelReads2 = readSource.getParallelReads(outputFile.getPath(), null); + final List writtenReads = rddParallelReads2.collect(); + + JavaRDD rddParallelReads3 = readSource.getParallelReads(inputBam, null); + final List inputReads = rddParallelReads3.collect(); + + Assert.assertEquals(writtenReads.size(), inputReads.size()); + for (int i = 0; i < writtenReads.size(); i++) { + Assert.assertEquals(writtenReads.get(i), inputReads.get(i), "These bams were likely out of order to eachother, which may have been caused by automatic sorting of the output bam"); + } + } + @Test(dataProvider = "loadReadsBAM", groups = "spark") public void readsSinkTest(String inputBam, String outputFileName, String referenceFile, String outputFileExtension, boolean writeBai, boolean writeSbi) throws IOException { final File outputFile = createTempFile(outputFileName, outputFileExtension); @@ -186,7 +213,7 @@ public void readsSinkShardedTest(String inputBam, String outputFileName, String rddParallelReads = rddParallelReads.repartition(2); // ensure that the output is in two shards SAMFileHeader header = readSource.getHeader(inputBam, referenceFile); - ReadsSparkSink.writeReads(ctx, outputFile.getAbsolutePath(), referenceFile, rddParallelReads, header, ReadsWriteFormat.SHARDED); + ReadsSparkSink.writeReads(ctx, outputFile.getAbsolutePath(), referenceFile, rddParallelReads, header, ReadsWriteFormat.SHARDED, 0, null, false); int shards = outputFile.listFiles((dir, name) -> !name.startsWith(".") && !name.startsWith("_")).length; Assert.assertEquals(shards, 2); // check that no local .crc files are created @@ -213,7 +240,7 @@ public void readsSinkADAMTest(String inputBam, String outputDirectoryName) throw .filter(r -> !r.isUnmapped()); // filter out unmapped reads (see comment below) SAMFileHeader header = readSource.getHeader(inputBam, null); - ReadsSparkSink.writeReads(ctx, outputDirectory.getAbsolutePath(), null, rddParallelReads, header, ReadsWriteFormat.ADAM); + ReadsSparkSink.writeReads(ctx, outputDirectory.getAbsolutePath(), null, rddParallelReads, header, ReadsWriteFormat.ADAM, 0, null, true); JavaRDD rddParallelReads2 = readSource.getADAMReads(outputDirectory.getAbsolutePath(), null, header); Assert.assertEquals(rddParallelReads.count(), rddParallelReads2.count()); diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/engine/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.10000000-10000020.with.unmapped.queryname.samtools.sam b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/engine/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.10000000-10000020.with.unmapped.queryname.samtools.sam new file mode 100644 index 00000000000..055a41f4f29 --- /dev/null +++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/engine/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.10000000-10000020.with.unmapped.queryname.samtools.sam @@ -0,0 +1,405 @@ +@HD VN:1.5 GO:none SO:queryname +@SQ SN:20 LN:63025520 +@SQ SN:21 LN:48129895 +@RG ID:20FUK.1 PL:illumina PU:20FUKAAXX100202.1 LB:Solexa-18483 SM:NA12878 CN:BI +@RG ID:20FUK.2 PL:illumina PU:20FUKAAXX100202.2 LB:Solexa-18484 SM:NA12878 CN:BI +@RG ID:20FUK.3 PL:illumina PU:20FUKAAXX100202.3 LB:Solexa-18483 SM:NA12878 CN:BI +@RG ID:20FUK.4 PL:illumina PU:20FUKAAXX100202.4 LB:Solexa-18484 SM:NA12878 CN:BI +@RG ID:20FUK.5 PL:illumina PU:20FUKAAXX100202.5 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OQ:Z:BCCBCCCCBBCCBCBCC@CABCCCCBCBBCCBBBBABBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBABBABABBBBBABBBBBBBBAAAB@BA@ABABBA@AA@?=@@B8 XT:A:U +20GAVAAXX100126:8:63:9732:195979 1107 20 9999907 60 90M2I9M = 9999615 -390 AAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTTTGTTT >G@HEGG:GHF:6;:8B?EA:>?D>@FF?GHEEFAFFFFFGAAAHG@FFD X0:i:1 X1:i:0 MD:Z:99 RG:Z:20GAV.8 XG:i:2 AM:i:37 NM:i:2 SM:i:37 XM:i:0 XO:i:1 MQ:i:60 OQ:Z:>HCHFHHCHHH55445=DHGHHHHHFECHHHHHHHHHHHEHGGGEEGFEHHGGEGEHHHGHHHHHHEEEGEBEEFDEGHEHHHGHFHHHHHHCEEHHHHHH XT:A:U +20GAVAAXX100126:8:63:21125:63539 83 21 9999949 0 101M = 9999619 -430 CCACTGCTCACCAAGAGGCCTTTGTTTTTTCCTCTTCTTAACCATGGGAAAGGAATGTAGGAGGGTAGGGAGTGGATATTTTCTAACCTGGAAAAAACTCA =AEGDFGEGFGCDE?C+@G@FDEEHHHHHHGGFGDFGEEHFGGGGFDCGGHD>GFHEGHFFHFFEGHFFFHEHFFFGFHHHGGFGFGFGFFGGGGGEBEDD X0:i:5 X1:i:4 MD:Z:101 RG:Z:20GAV.8 XG:i:0 AM:i:0 NM:i:0 SM:i:0 XM:i:0 XO:i:0 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#####@G:)?57:6<6.=<:32;73876);@>>35FFBDC58CDCCD?FC:7GD>87<;;>E[bUDZPRUQWQIXWUNMVRNSRQDV[YYNPaa]_^PS^_^^_Za^URb_YSRWVVY`WJSRPVX_XWbX]WO^b\WaUOOTSONUVUa_\\Z_UX\ MQ:i:0 OQ:Z:#####?@5(<439495,=7842737635'7@;:.:AB@A?67@??=>A@@;3B?<999<<@B@1<<6;;?;B=;B5335555898BB;B;B98B XT:A:R +20GAVAAXX100126:8:67:5038:44159 99 20 9999957 60 40M2I59M = 10000300 443 TTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTTTGTTTACTACAGCTTTGTAGTAAATTTTGAACTCTAAAGTGTTAGTTCTCTAACT DEDBGFGFGEFGFFFFFHFHGFFFHGGFGFFHGFGEFHEHEHGFGGGGFDEEEHGEHGGHGHGFGGFGHHGGGGGGHEHFHGHHGFGFGGGFGFGFHFHEG X0:i:1 X1:i:0 MD:Z:99 RG:Z:20GAV.8 XG:i:2 AM:i:37 NM:i:2 SM:i:37 XM:i:0 XO:i:1 BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@A@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ MQ:i:60 OQ:Z:HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHIHHHHHH XT:A:U +20GAVAAXX100126:8:67:6825:84706 147 20 10000016 60 101M = 9999722 -394 TGTAGTAAATTTTGAACTCTAAAGTGTTAGTTCTCTAACTTTGTTTGTTTTTCAAGAGTGTTTTGACTCTTCTTACTGCATCCCTTGCATTTCCATATGGA EDAGC@GCDCCG?CFFDCGACCHACBEBHFCEGEAFFBEGEDEIHHFCIGDGFGIEDFFDFEA@>?AGGHGGHGDHHGGGFHHGIGGBFGHDEDCBACEDA X0:i:1 X1:i:0 MD:Z:101 RG:Z:20GAV.8 XG:i:0 AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 XM:i:0 XO:i:0 BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ MQ:i:60 OQ:Z:BB@ABB@AB?AABBB?B@BBBBBBBBABBBBBBBBBB@BBBCBBBBBBBBBBBBCCBBBBBBCCC@CBCBBCBCBCCCCBBCCCCCCCBBCCCCCBCCCCB XT:A:U From 098088afd1e5177b3879a43fa4a5305392ce7466 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: James Date: Mon, 11 Feb 2019 12:17:55 -0500 Subject: [PATCH 07/10] removing an out-of-date comment --- .../hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java | 2 -- 1 file changed, 2 deletions(-) diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java index 47745c33108..4b05858d52e 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSink.java @@ -52,8 +52,6 @@ public final class ReadsSparkSink { public static void writeReads( final JavaSparkContext ctx, final String outputFile, final String referenceFile, final JavaRDD reads, final SAMFileHeader header, ReadsWriteFormat format) throws IOException { - // NOTE, we must include 'format==ReadsWriteFormat.SINGLE' to preserve the old default behavior for writing spark output - // which would not sort the bam if outputting to ReadsWriteFormat.SINGLE. Please use the overload for different sorting behavior. writeReads(ctx, outputFile, referenceFile, reads, header, format, 0, null, true); } From bdb6913da40940394ef1a1f26c6b867a08de176b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: James Date: Mon, 11 Feb 2019 13:08:14 -0500 Subject: [PATCH 08/10] responding to last comments --- .../org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/bwa/BwaSpark.java | 2 ++ 1 file changed, 2 insertions(+) diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/bwa/BwaSpark.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/bwa/BwaSpark.java index 3471000fba5..7ba281b3724 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/bwa/BwaSpark.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/spark/bwa/BwaSpark.java @@ -73,6 +73,8 @@ protected void runTool(final JavaSparkContext ctx) { reads = bwaEngine.alignPaired(getUnfilteredReads()).filter(filter::test); } try { + // NOTE, we must include 'shardedOutput' as the input to `sortReadsToMatchHeader` to preserve the old default behavior for writing BwaSpark output + // where we would not sort the bam if outputting to a sharded output. ReadsSparkSink.writeReads(ctx, output, null, reads, bwaEngine.getHeader(), shardedOutput ? ReadsWriteFormat.SHARDED : ReadsWriteFormat.SINGLE, getRecommendedNumReducers(), shardedPartsDir, shardedOutput); } catch (final IOException e) { From c10c6bebe7d65daf4cadb6cfc8a9b9637612721c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: James Date: Mon, 11 Feb 2019 13:17:09 -0500 Subject: [PATCH 09/10] forgot to flag a test --- .../engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java | 1 + 1 file changed, 1 insertion(+) diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java index f95b967f618..4dd8958a300 100644 --- a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java +++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/datasources/ReadsSparkSinkUnitTest.java @@ -87,6 +87,7 @@ public Object[][] loadReadsADAM() { } // This bam was samtools sorted queryname bam, we expect if this were sorted to match the header that this would no longer match read-for-read due to differences in queryname-sort definitions compared to htsjdk + @Test public void testReadsSparkSinkNotSortingReadsToHeader() throws IOException { final String inputBam = testDataDir + "engine/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.10000000-10000020.with.unmapped.queryname.samtools.sam"; final File outputFile = createTempFile("ReadsSparkSinkNotSorting", ".bam"); From 0f73f5ffb2cea68b288f668a87af697e6dd8c094 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: James Date: Mon, 11 Feb 2019 15:47:12 -0500 Subject: [PATCH 10/10] fixing a broken test --- .../hellbender/engine/spark/DataprocIntegrationTest.java | 4 +--- 1 file changed, 1 insertion(+), 3 deletions(-) diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/DataprocIntegrationTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/DataprocIntegrationTest.java index de4310120de..58e02c1afed 100644 --- a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/DataprocIntegrationTest.java +++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/engine/spark/DataprocIntegrationTest.java @@ -58,8 +58,7 @@ public void printReadSparkOnDataproc(final String input) throws IOException { DataprocTestUtils.launchGatkTool(PrintReadsSpark.class.getSimpleName(), argBuilder.getArgsList(), clusterName); final File expected = copyLocally(gcsInputPath, "expected"); final File actual = copyLocally(outputPath, "actual"); - IntegrationTestSpec.assertMatchingFiles(Collections.singletonList(actual), Collections.singletonList(expected.toString()), true, ValidationStringency.LENIENT); - assertReadsAreInCoordinatishOrder(actual); + IntegrationTestSpec.assertMatchingFiles(Collections.singletonList(actual), Collections.singletonList(expected.toString()), false, ValidationStringency.LENIENT); } private static void assertReadsAreInCoordinatishOrder(final File bam) { @@ -117,7 +116,6 @@ public void markDuplicatesSparkOnDataproc() throws IOException { final File actual = copyLocally(bamOut, "actual"); //assert that the output has the right number of reads and they're ordered correctly - assertReadsAreInCoordinatishOrder(actual); try( ReadsDataSource reader = new ReadsDataSource(actual.toPath())){ Assert.assertEquals(Iterators.size(reader.iterator()), 1838); }