mangled header

[tzvi909]

Great tool however, header is mangled. for example: main hg38 contigs (chr1-chrY) get chopped off in the output and only HLA contigs -> ALT contigs appended to the VCF header. please fix.

for example:

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##contig=<ID=HLA-DQB1*05:01:01:01,length=7090>
etc.

[tzvi909]

contig info is correct in both my input vcfs btw