01_intro_rstudio.Rmd

# Introducción a R y RStudio

## R

* R: es gratis, de acceso libre, utilizado para muchos campos de trabajo, fuerte en la bioinformática a través de Bioconductor
* Instalación a través de CRAN: https://cran.r-project.org/
* Para explorar que se puede hacer con R:
  - R Weekly https://rweekly.org/
  - R Bloggers https://www.r-bloggers.com/
  - Twitter https://twitter.com/search?q=%23rstats&src=typed_query
  - Twitter en español https://twitter.com/search?q=%23rstatsES&src=typed_query
  - TidyTuesday https://twitter.com/search?q=%23TidyTuesday&src=typed_query
  - DatosDeMiercoles https://twitter.com/search?q=%23datosdemiercoles&src=typed_query
* Para pedir ayuda hay muchas opciones
  - https://lcolladotor.github.io/bioc_team_ds/how-to-ask-for-help.html
  

* Material en el que estoy involucrado:
  - https://twitter.com/lcolladotor
  - https://www.youtube.com/c/LeonardoColladoTorres/playlists
  - LIBD rstats club https://docs.google.com/spreadsheets/d/1is8dZSd0FZ9Qi1Zvq1uRhm-P1McnJRd_zxdAfCRoMfA/edit?usp=sharing
  - https://twitter.com/CDSBMexico y https://twitter.com/LIBDrstats
  - https://twitter.com/Bioconductor

<img src="icon_192.png">

## GitHub

* Permite compartir código
* Se complementa con Git que es para tener un control de versiones de tu código
  - https://github.com/ComunidadBioInfo/cdsb2020/blob/master/presentaciones_flujos-de-trabajo/Introduccion-al-flujo-de-trabajo-orientado-a-proyectos.pdf
* Puedes tener páginas web estáticas
  - https://pages.github.com/
  - https://github.com/lcolladotor/rnaseq_LCG-UNAM_2023. En especial https://github.com/lcolladotor/rnaseq_LCG-UNAM_2023/tree/gh-pages se convierte en http://lcolladotor.github.io/rnaseq_LCG-UNAM_2023/
  - Página personal: https://github.com/lcolladotor/lcolladotor.github.com se convierte en http://lcolladotor.github.io/. Está todo hecho con https://github.com/lcolladotor/lcolladotorsource
* Tip: usen el mismo nombre de usuario en GitHub, Twitter, Gmail, etc. 
  - How to be a Modern Scientist: https://lcolladotor.github.io/bioc_team_ds/how-to-be-a-modern-scientist.html
  
## RStudio

* RStudio Desktop es gratis http://www.rstudio.com/products/rstudio/download/preview/
* Nos ayuda a realizar muchas cosas con R de forma más rápida
  - Demo `rsthemes`
  
```{r install_rsthemes, eval = FALSE}
remotes::install_github(c(
    "gadenbuie/rsthemes"
))
remotes::install_cran("suncalc")
rsthemes::install_rsthemes(include_base16 = TRUE)
```

  
```{r r_profile, eval = FALSE}
usethis::edit_r_profile()

## From https://www.garrickadenbuie.com/project/rsthemes/
if (interactive() && requireNamespace("rsthemes", quietly = TRUE)) {
    # Set preferred themes if not handled elsewhere..
    rsthemes::set_theme_light("Solarized Light {rsthemes}") # light theme
    rsthemes::set_theme_dark("base16 Monokai {rsthemes}") # dark theme
    rsthemes::set_theme_favorite(c(
        "Solarized Light {rsthemes}",
        "base16 Monokai {rsthemes}",
        "One Dark {rsthemes}"
    ))

    # Whenever the R session restarts inside RStudio...
    setHook("rstudio.sessionInit", function(isNewSession) {
        # Automatically choose the correct theme based on time of day
        ## Used rsthemes::geolocate() once
        rsthemes::use_theme_auto(lat = 39.2891, lon = -76.5583)
    }, action = "append")
}

## https://blog.rstudio.com/2013/06/10/rstudio-cran-mirror/
options(repos = c(CRAN = "https://cloud.r-project.org"))
```

* Es actualizado con bastante frecuencia
* RStudio cheatsheets https://posit.co/resources/cheatsheets/
  - https://posit.co/wp-content/uploads/2022/10/rstudio-ide-1.pdf
* RStudio projects: usalos para organizar tu código
  - https://github.com/ComunidadBioInfo/cdsb2020/blob/master/presentaciones_flujos-de-trabajo/Trabajando-con-proyectos.pdf


```{r proj, eval = FALSE}
usethis::create_project("~/rnaseq_2023_notas")
```

```{r create_setup, eval = FALSE}
## Start a setup file
usethis::use_r("01-notas.R")
```

O por ejemplo el archivo [02-visualizar-mtcars.R](https://github.com/lcolladotor/rnaseq_2022_notas_envivo/blob/master/R/02-visualizar-mtcars.R)

```{r create_01-visualizar-mtcars, eval = FALSE}
## Creemos el archivo R/02-visualizar-mtcars.R
usethis::use_r("02-visualizar-mtcars.R")
```

con el siguiente contenido:

```{r vis_mtcars, eval = FALSE}
library("sessioninfo")
library("here")
library("ggplot2")

## Hello world
print("Soy Leo")

## Directorios
dir_plots <- here::here("figuras")
dir_rdata <- here::here("processed-data")

## Crear directorio para las figuras y archivos
dir.create(dir_plots, showWarnings = FALSE)
dir.create(dir_rdata, showWarnings = FALSE)

## Hacer una imagen de ejemplo
pdf(file.path(dir_plots, "mtcars_gear_vs_mpg.pdf"),
    useDingbats = FALSE
)
ggplot(mtcars, aes(group = gear, y = mpg)) +
    geom_boxplot()
dev.off()

## Para reproducir mi código
options(width = 120)
sessioninfo::session_info()
```

* Un video de mi club de R sobre RStudio y el uso de `here`:

<iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/XTuJ8vGnzBU" title="YouTube video player" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture" allowfullscreen></iframe>

También hay videos en el [canal de YouTube de la CDSB](https://www.youtube.com/channel/UCHCdYfAXVzJIUkMoMSGiZMw) sobre `here` como pueden ver [aquí](https://www.youtube.com/channel/UCHCdYfAXVzJIUkMoMSGiZMw/search?query=here).

* Para una guía más detallada de cómo organizar tus archivos, revisa https://lcolladotor.github.io/bioc_team_ds/organizing-your-work.html#.YflDV-rMJD8. En particular, [LieberInstitute/template_project](https://github.com/LieberInstitute/template_project).

* Acá está la guía de mi equipo de configuración de R: https://lcolladotor.github.io/bioc_team_ds/config-files.html#r-setup.

* Configura `usethis` con GitHub vía https://usethis.r-lib.org/articles/articles/git-credentials.html

```{r use_git_init, eval = FALSE}
## Para poder conectar tu compu con GitHub
usethis::create_github_token() ## Abrirá una página web, escoje un nombre único
## y luego da click en el botón verde al final. Después copia el token
## (son 40 caracteres)
```

* Para Mac o Windows:

```{r gitcreds_set, eval = FALSE}
gitcreds::gitcreds_set() ## Ojo, copia el token, no tu password de git!
## Si no, terminaras en la situación descrita en
## https://github.com/r-lib/usethis/issues/1347
```

* Para Linux:

En el servidor de [RStudio de la LCG-UNAM](http://132.248.220.108:8787/) no funciona bien `gitcreds::gitcreds_set()` (porque esa función solo corre bien en macOS o winOS) así que tenemos que editar el archivo `.Renviron` donde nuestro token no se guarda de forma privada, y por lo cual hoy en día no es lo que recomienda [Jenny Bryan](https://twitter.com/JennyBryan). Pero es lo que funciona en este caso tal como lo hablamos con el autor de [`gitcreds` vía GitHub](https://github.com/r-lib/gitcreds/issues/29). Usando el siguiente comando podemos abrir el archivo `.Renviron`.


```{r edit_r_envir, eval = FALSE}
usethis::edit_r_environ()
```

Después guarden su token de GitHub usando la siguiente sintáxis (ojo con la línea en blanco al final, las mayúsculas al inicio, y el que no hay espacios antes y después del `=`).

```
GITHUB_PAT=TU_CLAVE_DE_40_LETRAS

```

Después de guardar el `.Renviron`, vayan a `Session` hasta arriba y reinicien la sesión de R para que se cargue el `.Renviron` antes de continuar.

* Continuemos con tu configuración de GitHub


```{r use_git_cont_parte1, eval = FALSE}
## Configura tu usuario de GitHub
usethis::edit_git_config()
```

```
[user]
	name = Leonardo Collado Torres
	email = lcolladotor@gmail.com
```

```{r use_git_cont_parte2, eval = FALSE}
## Para inicializar el repositorio de Git
usethis::use_git()

## Para conectar tu repositorio local de Git con los servidores de GitHub
usethis::use_github()
```

Resultado ejemplo: https://github.com/lcolladotor/rnaseq_2021_notas. El que hice en vivo está disponible vía https://github.com/lcolladotor/rnaseq_2023_notas_en_vivo.

Una vez que termines, agrega la liga al repositorio con tus notas del curso en el [la página del curso](https://cursos.lcg.unam.mx/course/view.php?id=161#section-3).

## Material del curso

* Pueden descargar la versión estática con `usethis::use_course('lcolladotor/rnaseq_LCG-UNAM_2023')`
* Pueden verlo en línea a través de  [**lcolladotor.github.io/rnaseq_LCG-UNAM_2023**](http://lcolladotor.github.io/rnaseq_LCG-UNAM_2023)
* Pueden **clonarlo** desde GitHub de tal forma que podrán actualizarlo fácilmente usando *git pull*

```{bash clone_course, eval = FALSE}
git clone https://github.com/lcolladotor/rnaseq_LCG-UNAM_2023.git

## Si tienen su SSH key configurarda pueden usar
## Info sobre SSH keys de GitHub: 
## https://docs.github.com/en/github/authenticating-to-github/generating-a-new-ssh-key-and-adding-it-to-the-ssh-agent
git clone git@github.com:lcolladotor/rnaseq_LCG-UNAM_2023.git
```

O desde R con:

```{r clone_repo, eval = FALSE}
## Opción más nueva:
library("gert")
repo <- git_clone(
    "https://github.com/lcolladotor/rnaseq_LCG-UNAM_2023",
    "~/rnaseq_LCG-UNAM_2023"
)
setwd(repo)

## Otra opción:
git2r::clone(
    "https://github.com/lcolladotor/rnaseq_LCG-UNAM_2023",
    "~/rnaseq_LCG-UNAM_2023"
)
```

## Actividad postcards (opcional)

<iframe class="speakerdeck-iframe" frameborder="0" src="https://speakerdeck.com/player/b7d3bbee06d14a548a664e76ea9110d8" title="Updating spatialLIBD: from SingleCellExperiment to VisiumExperiment classes" allowfullscreen="true" mozallowfullscreen="true" webkitallowfullscreen="true" style="border: 0px; background: padding-box padding-box rgba(0, 0, 0, 0.1); margin: 0px; padding: 0px; border-radius: 6px; box-shadow: rgba(0, 0, 0, 0.2) 0px 5px 40px; width: 560px; height: 420px;" data-ratio="1.3333333333333333"></iframe>

<iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/Q6eRD8Nyxfk" title="YouTube video player" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture" allowfullscreen></iframe>

<iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/0S_tRne5UNk" title="YouTube video player" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture" allowfullscreen></iframe>


* Similar a https://pages.github.com/
* `postcards` tiene 4 templados de páginas web https://github.com/seankross/postcards
* Tu página web debe describir decir algo sobre ti, tus intereses, y tus proyectos además de cómo contactarte
  - Ejemplo https://amy-peterson.github.io/ vía https://github.com/amy-peterson/amy-peterson.github.com
  - http://jtleek.com/ vía https://github.com/jtleek/jtleek.github.io
  - http://aejaffe.com/ vía https://github.com/andrewejaffe/andrewejaffe.github.io
  - https://hadley.nz/ vía https://github.com/hadley/hadley.github.com
  - https://emarquezz.github.io/ vía https://github.com/emarquezz/emarquezz.github.io
  - https://bpardo99.github.io/ vía https://github.com/bpardo99/bpardo99.github.io
  - https://daianna21.github.io/ vía https://github.com/daianna21/daianna21.github.io.


```{r postcards_proj, eval = FALSE}
## Creen el RStudio project
usethis::create_project("Su_Usuario.github.io")

## Configura Git y GitHub
usethis::use_git()
usethis::use_github()
```

Creen su templado usando `postcards`. Va a crear un archivo `index.Rmd`

```{r postcards_create, eval = FALSE}
## Solo uno de estos, de acurdo al templado que más les gustó
postcards::create_postcard(template = "jolla")
postcards::create_postcard(template = "jolla-blue")
postcards::create_postcard(template = "trestles")
postcards::create_postcard(template = "onofre")
```

* Llenen su información usando el formato `Markdown`. Por ejemplo https://github.com/andrewejaffe/andrewejaffe.github.io/blob/master/index.Rmd#L17-L31.
* Agreguen sus perfiles estilo https://github.com/andrewejaffe/andrewejaffe.github.io/blob/master/index.Rmd#L7-L12
* Den click en el botón azul de `knit` en RStudio. Es equivalente a `rmarkdown::render("index.Rmd")`. Esto creará el archivo `index.html`.
* Hagan un `commit` para guardar los archivos nuevos incluyendo `index.html` y luego un `push` para subir los archivos a GitHub.
* Comparte tu repositorio vía el Slack de la CDSB en el canal [`intro_rnaseq_lcg_2023`](https://comunidadbioinfo.slack.com/archives/C04LYBTLC22).
* (opcional) Anuncien su nueva página web en Twitter usando el hashtag `#rstats` y/o etiquen al autor de `postcards` https://twitter.com/seankross. Pueden después incluir su página web en su introducción en el canal `#bienvenida` del Slack de la CDSB ^^ al cual pueden unirse a través de  [esta liga](https://join.slack.com/t/comunidadbioinfo/shared_invite/zt-8lsvpm84-Fne1W0hadk6cpjgJS17Tnw).