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<li class="chapter" data-level="" data-path="prêambulo.html"><a href="prêambulo.html"><i class="fa fa-check"></i>Prêambulo</a></li>
<li class="chapter" data-level="1" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html"><i class="fa fa-check"></i><b>1</b> Contextualizando</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="1.1" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#histórico-e-fundamentos"><i class="fa fa-check"></i><b>1.1</b> Histórico e fundamentos</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.2" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#bioinformática-filoinformática"><i class="fa fa-check"></i><b>1.2</b> Bioinformática > Filoinformática</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.3" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#passado"><i class="fa fa-check"></i><b>1.3</b> Passado</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.4" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#presente"><i class="fa fa-check"></i><b>1.4</b> Presente</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#futuro"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5</b> Futuro</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="1.5.1" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#interoperabilidade"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.1</b> Interoperabilidade</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.2" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#evolução-da-web"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.2</b> Evolução da Web</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.3" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#o-futuro-integrativo-da-sistemática"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.3</b> O futuro integrativo da Sistemática</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="1.5.3.1" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#padrão-darwincore"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.3.1</b> Padrão DarwinCore</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.4" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#w3c"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.4</b> W3C</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.5" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#web-semântica-web-3.0"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.5</b> <em>Web</em> Semântica (Web 3.0)</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.6" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#sistemas-de-organização-do-conhecimento"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.6</b> Sistemas de Organização do Conhecimento</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#ontologias"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7</b> Ontologias</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.1" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#fundamentos-epistemológicos"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.1</b> Fundamentos epistemológicos</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.2" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#web-ontology-language"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.2</b> <em>Web Ontology Language</em></a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.3" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#resource-description-framework"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.3</b> <em>Resource Description Framework</em></a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.4" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#extensible-markup-language"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.4</b> <em>Extensible Markup Language</em></a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.5" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#obo-foundry"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.5</b> OBO Foundry</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.6" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#gene-ontology"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.6</b> Gene Ontology</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.7" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#plant-ontology"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.7</b> Plant Ontology</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.8" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#planteome"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.8</b> Planteome</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="2" data-path="filoinformática.html"><a href="filoinformática.html"><i class="fa fa-check"></i><b>2</b> Filoinformática</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="2.1" data-path="filoinformática.html"><a href="filoinformática.html#conceito"><i class="fa fa-check"></i><b>2.1</b> Conceito</a></li>
<li class="chapter" data-level="2.2" data-path="filoinformática.html"><a href="filoinformática.html#fontes-de-dados"><i class="fa fa-check"></i><b>2.2</b> Fontes de dados</a></li>
<li class="chapter" data-level="2.3" data-path="filoinformática.html"><a href="filoinformática.html#perspectivas"><i class="fa fa-check"></i><b>2.3</b> Perspectivas</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="3" data-path="visão-geral-e-roteiro-do-curso.html"><a href="visão-geral-e-roteiro-do-curso.html"><i class="fa fa-check"></i><b>3</b> Visão geral e roteiro do curso</a></li>
<li class="chapter" data-level="4" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html"><i class="fa fa-check"></i><b>4</b> Técnicas moleculares</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="4.1" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html#extração-do-dna"><i class="fa fa-check"></i><b>4.1</b> Extração do DNA</a></li>
<li class="chapter" data-level="4.2" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html#amplificação"><i class="fa fa-check"></i><b>4.2</b> Amplificação</a></li>
<li class="chapter" data-level="4.3" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html#eletroforese"><i class="fa fa-check"></i><b>4.3</b> Eletroforese</a></li>
<li class="chapter" data-level="4.4" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html#sequenciamento"><i class="fa fa-check"></i><b>4.4</b> Sequenciamento</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="4.4.1" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html#história-do-sequenciamento-didesoxi-sanger"><i class="fa fa-check"></i><b>4.4.1</b> História do sequenciamento didesoxi Sanger</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="5" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html"><i class="fa fa-check"></i><b>5</b> Montagem de sequências</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="5.1" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#cromatogramas"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1</b> Cromatogramas</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="5.1.1" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#conceito-1"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.1</b> Conceito</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.2" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#finalidade"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.2</b> Finalidade</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.3" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#qualidade-do-sinal"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.3</b> Qualidade do sinal</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.4" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#arquivo-.ab1"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.4</b> Arquivo .ab1</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.5" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#software-fitchtv"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.5</b> Software FitchTV</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.6" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#manual-do-sequenciamento-sanger"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.6</b> Manual do sequenciamento Sanger</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.7" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#interpretação-do-cromatograma"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.7</b> Interpretação do cromatograma</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.8" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#prática"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.8</b> Prática</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="5.2" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#alinhamento-de-contigs"><i class="fa fa-check"></i><b>5.2</b> Alinhamento de <em>contigs</em></a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="5.2.1" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#assembly-softwares"><i class="fa fa-check"></i><b>5.2.1</b> Assembly softwares</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.2.2" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#prática-1"><i class="fa fa-check"></i><b>5.2.2</b> Prática</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="6" data-path="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html"><a href="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html"><i class="fa fa-check"></i><b>6</b> Formatos de arquivo mais comuns</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="6.1" data-path="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html"><a href="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html#phylip"><i class="fa fa-check"></i><b>6.1</b> PHYLIP</a></li>
<li class="chapter" data-level="6.2" data-path="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html"><a href="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html#fasta"><i class="fa fa-check"></i><b>6.2</b> FASTA</a></li>
<li class="chapter" data-level="6.3" data-path="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html"><a href="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html#nexus"><i class="fa fa-check"></i><b>6.3</b> NEXUS</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="7" data-path="genebank-blast.html"><a href="genebank-blast.html"><i class="fa fa-check"></i><b>7</b> GeneBank <em>Blast</em></a></li>
<li class="chapter" data-level="8" data-path="baixando-sequências-do-genebank.html"><a href="baixando-sequências-do-genebank.html"><i class="fa fa-check"></i><b>8</b> Baixando sequências do GeneBank</a></li>
<li class="chapter" data-level="9" data-path="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html"><a href="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html"><i class="fa fa-check"></i><b>9</b> Preparação dos arquivos das sequências</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="9.1" data-path="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html"><a href="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html#expressões-regulares"><i class="fa fa-check"></i><b>9.1</b> Expressões regulares</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="9.1.1" data-path="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html"><a href="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html#prática-2"><i class="fa fa-check"></i><b>9.1.1</b> Prática</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="10" data-path="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html"><a href="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html"><i class="fa fa-check"></i><b>10</b> Alinhamento múltiplo e manual de sequências</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="10.1" data-path="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html"><a href="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html#prática-3"><i class="fa fa-check"></i><b>10.1</b> Prática</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="10.1.1" data-path="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html"><a href="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html#alinhamento-múltiplo-automático"><i class="fa fa-check"></i><b>10.1.1</b> Alinhamento múltiplo (automático)</a></li>
<li class="chapter" data-level="10.1.2" data-path="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html"><a href="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html#alinhamento-manual"><i class="fa fa-check"></i><b>10.1.2</b> Alinhamento manual</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="11" data-path="codificando-indels.html"><a href="codificando-indels.html"><i class="fa fa-check"></i><b>11</b> Codificando indels</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="11.1" data-path="codificando-indels.html"><a href="codificando-indels.html#sic"><i class="fa fa-check"></i><b>11.1</b> SIC</a></li>
<li class="chapter" data-level="11.2" data-path="codificando-indels.html"><a href="codificando-indels.html#mcic"><i class="fa fa-check"></i><b>11.2</b> MCIC</a></li>
<li class="chapter" data-level="11.3" data-path="codificando-indels.html"><a href="codificando-indels.html#prática-4"><i class="fa fa-check"></i><b>11.3</b> Prática</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="12" data-path="concatenando-matrizes.html"><a href="concatenando-matrizes.html"><i class="fa fa-check"></i><b>12</b> Concatenando matrizes</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="12.1" data-path="concatenando-matrizes.html"><a href="concatenando-matrizes.html#prática-regex-2"><i class="fa fa-check"></i><b>12.1</b> Prática: RegEx 2</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="13" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><i class="fa fa-check"></i><b>13</b> Modelos de evolução de sequências</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="13.1" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html#as-6-substituições"><i class="fa fa-check"></i><b>13.1</b> As 6 substituições</a></li>
<li class="chapter" data-level="13.2" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html#modelo-jukescantor-jc-1969"><i class="fa fa-check"></i><b>13.2</b> Modelo Jukes/Cantor (JC) 1969</a></li>
<li class="chapter" data-level="13.3" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html#modelo-kimura-k80-1980"><i class="fa fa-check"></i><b>13.3</b> Modelo Kimura (K80) 1980</a></li>
<li class="chapter" data-level="13.4" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html#modelo-hasegawa-kishino-yano-hky-1985"><i class="fa fa-check"></i><b>13.4</b> Modelo Hasegawa-Kishino-Yano (HKY) 1985</a></li>
<li class="chapter" data-level="13.5" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html#modelo-general-time-reversible-gtr-1986"><i class="fa fa-check"></i><b>13.5</b> Modelo General Time Reversible (GTR) 1986</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="14" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><i class="fa fa-check"></i><b>14</b> Softwares para análises filogenéticas</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="14.1" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#ms-dos"><i class="fa fa-check"></i><b>14.1</b> MS-DOS</a></li>
<li class="chapter" data-level="14.2" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#iq-tree"><i class="fa fa-check"></i><b>14.2</b> IQ-TREE</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="14.2.1" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-5"><i class="fa fa-check"></i><b>14.2.1</b> Prática</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="14.3" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#splitstree6"><i class="fa fa-check"></i><b>14.3</b> SplitsTree6</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="14.3.1" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-6"><i class="fa fa-check"></i><b>14.3.1</b> Prática</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="14.4" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#mrbayes"><i class="fa fa-check"></i><b>14.4</b> MrBayes</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="14.4.1" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-1-1"><i class="fa fa-check"></i><b>14.4.1</b> Prática 1</a></li>
<li class="chapter" data-level="14.4.2" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-2-modelo-de-substituição"><i class="fa fa-check"></i><b>14.4.2</b> Prática 2: Modelo de substituição</a></li>
<li class="chapter" data-level="14.4.3" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-3-gerando-o-output"><i class="fa fa-check"></i><b>14.4.3</b> Prática 3: Gerando o output</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="14.5" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#softwares-para-seleção-de-modelos-evolutivos"><i class="fa fa-check"></i><b>14.5</b> Softwares para seleção de modelos evolutivos</a></li>
<li class="chapter" data-level="14.6" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#raxmlgui-2.0-jmodeltest-2"><i class="fa fa-check"></i><b>14.6</b> raxmlGUI 2.0 + jModelTest 2</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="14.6.1" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#partitionfinder"><i class="fa fa-check"></i><b>14.6.1</b> PartitionFinder</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="15" data-path="edição-final-de-árvore.html"><a href="edição-final-de-árvore.html"><i class="fa fa-check"></i><b>15</b> Edição final de árvore</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="15.1" data-path="edição-final-de-árvore.html"><a href="edição-final-de-árvore.html#prática-7"><i class="fa fa-check"></i><b>15.1</b> Prática</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="16" data-path="árvores-filogenéticas-das-plantas.html"><a href="árvores-filogenéticas-das-plantas.html"><i class="fa fa-check"></i><b>16</b> Árvores filogenéticas das plantas</a></li>
<li class="chapter" data-level="17" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html"><i class="fa fa-check"></i><b>17</b> Introdução ao R</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="17.1" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#programação-orientada-a-objetos"><i class="fa fa-check"></i><b>17.1</b> Programação orientada a objetos</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.2" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#principais-estruturas-de-dados"><i class="fa fa-check"></i><b>17.2</b> Principais estruturas de dados</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.3" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#principais-tipos-de-dados"><i class="fa fa-check"></i><b>17.3</b> Principais tipos de dados</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.4" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#classe-x-propriedade-x-atributo"><i class="fa fa-check"></i><b>17.4</b> Classe x propriedade x atributo</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="17.4.1" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#sistema-de-referência"><i class="fa fa-check"></i><b>17.4.1</b> Sistema de referência</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="17.5" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#linguagem-r"><i class="fa fa-check"></i><b>17.5</b> Linguagem R</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.6" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#console"><i class="fa fa-check"></i><b>17.6</b> Console</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.7" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#criando-objetos"><i class="fa fa-check"></i><b>17.7</b> Criando objetos</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.8" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#funções"><i class="fa fa-check"></i><b>17.8</b> Funções</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="17.8.1" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#sintaxe-da-função"><i class="fa fa-check"></i><b>17.8.1</b> Sintaxe da função</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.8.2" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#funções-básicas"><i class="fa fa-check"></i><b>17.8.2</b> Funções básicas</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="17.9" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#pacotes"><i class="fa fa-check"></i><b>17.9</b> Pacotes</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.10" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#prática-8"><i class="fa fa-check"></i><b>17.10</b> Prática</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="17.10.1" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#indexação-de-objetos"><i class="fa fa-check"></i><b>17.10.1</b> Indexação de objetos</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.10.2" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#operadores-de-lógica"><i class="fa fa-check"></i><b>17.10.2</b> Operadores de lógica</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.10.3" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#inspecionando-os-atributos-um-objeto"><i class="fa fa-check"></i><b>17.10.3</b> Inspecionando os atributos um objeto</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.10.4" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#teste-e-coerção-de-objetos"><i class="fa fa-check"></i><b>17.10.4</b> Teste e Coerção de objetos</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="17.11" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#rstudio"><i class="fa fa-check"></i><b>17.11</b> RStudio</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.12" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#ambiente-de-trabalho"><i class="fa fa-check"></i><b>17.12</b> Ambiente de Trabalho</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.13" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#diretório-de-trabalho"><i class="fa fa-check"></i><b>17.13</b> Diretório de Trabalho</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html"><i class="fa fa-check"></i><b>18</b> Filogenia no R</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacotes-de-filogenia"><i class="fa fa-check"></i><b>18.1</b> Pacotes de filogenia</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#escrevendo-árvores-a-partir-de-uma-cadeia-de-texto"><i class="fa fa-check"></i><b>18.2</b> Escrevendo árvores a partir de uma cadeia de texto</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#importando-árvores-nos-formatos-s3-e-s4"><i class="fa fa-check"></i><b>18.3</b> Importando árvores nos formatos S3 e S4</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.3.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#classe-phylo-s3"><i class="fa fa-check"></i><b>18.3.1</b> Classe phylo (S3)</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.3.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#classe-phylo4-e-phylo4d-s4"><i class="fa fa-check"></i><b>18.3.2</b> Classe phylo4 e phylo4d (S4)</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.3.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#importando-do-iqtree"><i class="fa fa-check"></i><b>18.3.3</b> Importando do IQTree</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.3.4" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#importando-do-mrbayes"><i class="fa fa-check"></i><b>18.3.4</b> Importando do MrBayes</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.4" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#extraindo-clados"><i class="fa fa-check"></i><b>18.4</b> Extraindo clados</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#personalizando-o-estilo-da-árvore"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5</b> Personalizando o estilo da árvore</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.5.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-ape"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.1</b> Pacote ape</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.5.1.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#ramos"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.1.1</b> Ramos</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.1.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#terminais"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.1.2</b> Terminais</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.1.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#nós"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.1.3</b> Nós</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-phylocanvas"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.2</b> Pacote phylocanvas</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-phytools"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.3</b> Pacote phytools</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.5.3.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#ramos-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.3.1</b> Ramos</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.3.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#terminais-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.3.2</b> Terminais</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.4" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-ggtree"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.4</b> Pacote ggtree</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.5.4.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#ramos-2"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.4.1</b> Ramos</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.4.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#terminais-2"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.4.2</b> Terminais</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.4.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#nós-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.4.3</b> Nós</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.6" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#anotando-dados-na-árvore-usando-r"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6</b> Anotando dados na árvore usando R</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.6.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-ape-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.1</b> Pacote ape</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.6.1.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#ramos-3"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.1.1</b> Ramos</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.6.1.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#terminais-3"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.1.2</b> Terminais</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.6.1.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#nós-2"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.1.3</b> Nós</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.6.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-phytools-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.2</b> Pacote phytools</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.6.2.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#nós-3"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.2.1</b> Nós</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.7" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#plotando-matrizes-data.frames-e-árvore-ao-lado-da-árvore-usando-r"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7</b> Plotando matrizes, data.frames e árvore ao lado da árvore usando R</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.7.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-ape-2"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.1</b> Pacote ape</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.7.1.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#matriz-e-data.frame"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.1.1</b> Matriz e data.frame</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.1.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#anéis-em-árvores-circulares"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.1.2</b> Anéis em árvores circulares</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.1.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#tanglegram"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.1.3</b> Tanglegram</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-phytools-2"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2</b> Pacote phytools</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#círculos"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.1</b> Círculos</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#barras"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.2</b> Barras</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#matrizes"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.3</b> Matrizes</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.4" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#boxplots"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.4</b> Boxplots</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.5" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#tanglegram-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.5</b> Tanglegram</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.6" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#phylo.to.map"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.6</b> Phylo.to.map</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.7" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#escala-estratigráfica"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.7</b> Escala estratigráfica</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="19" data-path="rmarkdown.html"><a href="rmarkdown.html"><i class="fa fa-check"></i><b>19</b> RMarkdown</a></li>
<li class="chapter" data-level="" data-path="referências.html"><a href="referências.html"><i class="fa fa-check"></i>Referências</a></li>
<li class="chapter" data-level="" data-path="turmas.html"><a href="turmas.html"><i class="fa fa-check"></i>Turmas</a></li>
</ul>
</nav>
</div>
<div class="book-body">
<div class="body-inner">
<div class="book-header" role="navigation">
<h1>
<i class="fa fa-circle-o-notch fa-spin"></i><a href="./">Introdução à Filoinformática (<em>in development</em>)</a>
</h1>
</div>
<div class="page-wrapper" tabindex="-1" role="main">
<div class="page-inner">
<section class="normal" id="section-">
<div id="introdução-ao-r" class="section level1 hasAnchor" number="17">
<h1><span class="header-section-number">17</span> Introdução ao R<a href="introdução-ao-r.html#introdução-ao-r" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h1>
<p><img src="images/ross_robert.png" /></p>
<ul>
<li><p>O <a href="https://www.r-project.org"><svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 581 512" style="height:1em;width:1.13em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:steelblue;overflow:visible;position:relative;"><path d="M581 226.6C581 119.1 450.9 32 290.5 32S0 119.1 0 226.6C0 322.4 103.3 402 239.4 418.1V480h99.1v-61.5c24.3-2.7 47.6-7.4 69.4-13.9L448 480h112l-67.4-113.7c54.5-35.4 88.4-84.9 88.4-139.7zm-466.8 14.5c0-73.5 98.9-133 220.8-133s211.9 40.7 211.9 133c0 50.1-26.5 85-70.3 106.4-2.4-1.6-4.7-2.9-6.4-3.7-10.2-5.2-27.8-10.5-27.8-10.5s86.6-6.4 86.6-92.7-90.6-87.9-90.6-87.9h-199V361c-74.1-21.5-125.2-67.1-125.2-119.9zm225.1 38.3v-55.6c57.8 0 87.8-6.8 87.8 27.3 0 36.5-38.2 28.3-87.8 28.3zm-.9 72.5H365c10.8 0 18.9 11.7 24 19.2-16.1 1.9-33 2.8-50.6 2.9v-22.1z"/></svg></a> foi criado por Ross Ihaka e Robert Gentleman no departamento de Estatística da Universidade de Auckland, Nova Zelândia, mas foi posteriormente desenvolvido por um esforço colaborativo de pessoas em vários locais do mundo.</p></li>
<li><p>É uma linguagem e um ambiente de desenvolvimento integrado para cálculos estatísticos, gráficos e análises diversas.</p></li>
<li><p>É gratuito e de livre distribuição.</p></li>
<li><p>É altamente expansível com o uso de pacotes, que são bibliotecas para funções específicas ou áreas de estudo específicas.</p></li>
<li><p>Curva de aprendizagem bastante amigável.</p></li>
<li><p>Enorme quantidade de tutoriais disponíveis.</p></li>
</ul>
<div id="programação-orientada-a-objetos" class="section level2 hasAnchor" number="17.1">
<h2><span class="header-section-number">17.1</span> Programação orientada a objetos<a href="introdução-ao-r.html#programação-orientada-a-objetos" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<ul>
<li><p>Programação orientada a objetos.</p></li>
<li><p>Tudo no <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 581 512" style="height:1em;width:1.13em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:steelblue;overflow:visible;position:relative;"><path d="M581 226.6C581 119.1 450.9 32 290.5 32S0 119.1 0 226.6C0 322.4 103.3 402 239.4 418.1V480h99.1v-61.5c24.3-2.7 47.6-7.4 69.4-13.9L448 480h112l-67.4-113.7c54.5-35.4 88.4-84.9 88.4-139.7zm-466.8 14.5c0-73.5 98.9-133 220.8-133s211.9 40.7 211.9 133c0 50.1-26.5 85-70.3 106.4-2.4-1.6-4.7-2.9-6.4-3.7-10.2-5.2-27.8-10.5-27.8-10.5s86.6-6.4 86.6-92.7-90.6-87.9-90.6-87.9h-199V361c-74.1-21.5-125.2-67.1-125.2-119.9zm225.1 38.3v-55.6c57.8 0 87.8-6.8 87.8 27.3 0 36.5-38.2 28.3-87.8 28.3zm-.9 72.5H365c10.8 0 18.9 11.7 24 19.2-16.1 1.9-33 2.8-50.6 2.9v-22.1z"/></svg> são objetos.</p></li>
<li><p>Objetos possuem uma <strong>estrutura de dados</strong> que armazenam <strong>variáveis</strong>.</p></li>
<li><p>Variáveis armazenam <strong>valores</strong> ou <strong>conjunto de valores</strong> de acordo com o <strong>tipo dos dados</strong></p></li>
<li><p>As variáveis populam estruturas de dados.</p></li>
</ul>
</div>
<div id="principais-estruturas-de-dados" class="section level2 hasAnchor" number="17.2">
<h2><span class="header-section-number">17.2</span> Principais estruturas de dados<a href="introdução-ao-r.html#principais-estruturas-de-dados" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<p>As variáveis são armazenadas em tipos de estruturas de dados:</p>
<ul>
<li>vetores</li>
<li>listas</li>
<li>matrizes</li>
<li>dataframes</li>
<li>arrays</li>
</ul>
<p><img src="images/Robjects.png" /></p>
<ul>
<li>Funções são também são objetos, mas executam um conjunto operações determinadas.</li>
</ul>
</div>
<div id="principais-tipos-de-dados" class="section level2 hasAnchor" number="17.3">
<h2><span class="header-section-number">17.3</span> Principais tipos de dados<a href="introdução-ao-r.html#principais-tipos-de-dados" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<p>As váriáveis pode ser de diferentes tipos:</p>
<ul>
<li><p>numeric</p>
<ul>
<li>integer, double</li>
</ul></li>
<li><p>character</p>
<ul>
<li>string</li>
</ul></li>
<li><p>logical</p>
<ul>
<li>TRUE, FALSE</li>
</ul></li>
<li><p>factor</p>
<ul>
<li><p>variáveis categóricas</p></li>
<li><p>nº limitado de valores</p></li>
<li><p>níveis do fator</p></li>
</ul></li>
</ul>
</div>
<div id="classe-x-propriedade-x-atributo" class="section level2 hasAnchor" number="17.4">
<h2><span class="header-section-number">17.4</span> Classe x propriedade x atributo<a href="introdução-ao-r.html#classe-x-propriedade-x-atributo" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<ul>
<li>Todo objeto tem uma <strong>classe</strong>.
<ul>
<li>Diz-se que um objeto é uma instância de uma classe.
<ul>
<li>Uma classe contém <strong>propriedades</strong>.
<ul>
<li>O valor que cada propriedade assume em um objeto é chamado de <strong>atributo</strong>.</li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul>
<p><img src="images/class.png" /></p>
<p><a href="images/class_mode_typeof.png"></a></p>
<ul>
<li>Outras classes podem ser definidas.</li>
</ul>
<div id="sistema-de-referência" class="section level3 hasAnchor" number="17.4.1">
<h3><span class="header-section-number">17.4.1</span> Sistema de referência<a href="introdução-ao-r.html#sistema-de-referência" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<ul>
<li>No R, há um sistema de referência de classes.</li>
</ul>
<table>
<colgroup>
<col width="50%" />
<col width="50%" />
</colgroup>
<thead>
<tr class="header">
<th>Classe S3</th>
<th>Classe S4</th>
</tr>
</thead>
<tbody>
<tr class="odd">
<td>Atributos são acessados usando <code>$</code></td>
<td>Atributos são acessados usando <code>@</code></td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
</div>
<div id="linguagem-r" class="section level2 hasAnchor" number="17.5">
<h2><span class="header-section-number">17.5</span> Linguagem R<a href="introdução-ao-r.html#linguagem-r" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<ul>
<li><p>Tudo após <code>#</code> não é lido pelo R. Este é um caractere de comentário.</p></li>
<li><p>O <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 581 512" style="height:1em;width:1.13em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:steelblue;overflow:visible;position:relative;"><path d="M581 226.6C581 119.1 450.9 32 290.5 32S0 119.1 0 226.6C0 322.4 103.3 402 239.4 418.1V480h99.1v-61.5c24.3-2.7 47.6-7.4 69.4-13.9L448 480h112l-67.4-113.7c54.5-35.4 88.4-84.9 88.4-139.7zm-466.8 14.5c0-73.5 98.9-133 220.8-133s211.9 40.7 211.9 133c0 50.1-26.5 85-70.3 106.4-2.4-1.6-4.7-2.9-6.4-3.7-10.2-5.2-27.8-10.5-27.8-10.5s86.6-6.4 86.6-92.7-90.6-87.9-90.6-87.9h-199V361c-74.1-21.5-125.2-67.1-125.2-119.9zm225.1 38.3v-55.6c57.8 0 87.8-6.8 87.8 27.3 0 36.5-38.2 28.3-87.8 28.3zm-.9 72.5H365c10.8 0 18.9 11.7 24 19.2-16.1 1.9-33 2.8-50.6 2.9v-22.1z"/></svg> diferencia maiúsculas de minúsculas.</p></li>
<li><p>Há uma série de operadores pré-programados.</p></li>
</ul>
</div>
<div id="console" class="section level2 hasAnchor" number="17.6">
<h2><span class="header-section-number">17.6</span> Console<a href="introdução-ao-r.html#console" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<ul>
<li><p>O console do <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 581 512" style="height:1em;width:1.13em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:steelblue;overflow:visible;position:relative;"><path d="M581 226.6C581 119.1 450.9 32 290.5 32S0 119.1 0 226.6C0 322.4 103.3 402 239.4 418.1V480h99.1v-61.5c24.3-2.7 47.6-7.4 69.4-13.9L448 480h112l-67.4-113.7c54.5-35.4 88.4-84.9 88.4-139.7zm-466.8 14.5c0-73.5 98.9-133 220.8-133s211.9 40.7 211.9 133c0 50.1-26.5 85-70.3 106.4-2.4-1.6-4.7-2.9-6.4-3.7-10.2-5.2-27.8-10.5-27.8-10.5s86.6-6.4 86.6-92.7-90.6-87.9-90.6-87.9h-199V361c-74.1-21.5-125.2-67.1-125.2-119.9zm225.1 38.3v-55.6c57.8 0 87.8-6.8 87.8 27.3 0 36.5-38.2 28.3-87.8 28.3zm-.9 72.5H365c10.8 0 18.9 11.7 24 19.2-16.1 1.9-33 2.8-50.6 2.9v-22.1z"/></svg> refere-se ao ambiente de desenvolvimento e o <em>prompt</em> de comando (<em>command prompt) </em>é a linha de inserção de comando. O símbolo no <em>prompt</em> de comando é o “<code>></code>”, porém ele também muda para “<code>+</code>” quando há a entrada de um comando incompleto. Com o sinal de +, o console indica que aguarda a completude do comando inserido.</p></li>
<li><p>Tudo após o símbolo “#” não é lido pelo R. Esse é o caráter para introdução de notas e comentários.</p></li>
<li><p>O <a href="https://www.r-project.org"><svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 581 512" style="height:1em;width:1.13em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:steelblue;overflow:visible;position:relative;"><path d="M581 226.6C581 119.1 450.9 32 290.5 32S0 119.1 0 226.6C0 322.4 103.3 402 239.4 418.1V480h99.1v-61.5c24.3-2.7 47.6-7.4 69.4-13.9L448 480h112l-67.4-113.7c54.5-35.4 88.4-84.9 88.4-139.7zm-466.8 14.5c0-73.5 98.9-133 220.8-133s211.9 40.7 211.9 133c0 50.1-26.5 85-70.3 106.4-2.4-1.6-4.7-2.9-6.4-3.7-10.2-5.2-27.8-10.5-27.8-10.5s86.6-6.4 86.6-92.7-90.6-87.9-90.6-87.9h-199V361c-74.1-21.5-125.2-67.1-125.2-119.9zm225.1 38.3v-55.6c57.8 0 87.8-6.8 87.8 27.3 0 36.5-38.2 28.3-87.8 28.3zm-.9 72.5H365c10.8 0 18.9 11.7 24 19.2-16.1 1.9-33 2.8-50.6 2.9v-22.1z"/></svg></a> diferencia maiúsculas de minúsculas.</p></li>
</ul>
</div>
<div id="criando-objetos" class="section level2 hasAnchor" number="17.7">
<h2><span class="header-section-number">17.7</span> Criando objetos<a href="introdução-ao-r.html#criando-objetos" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<p>Para atribuir um valor a um objeto, utilize o operador <code><-</code> (ou <code>=</code>):</p>
<div class="sourceCode" id="cb5"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb5-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb5-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x <span class="ot"><-</span> <span class="dv">4</span></span>
<span id="cb5-2"><a href="introdução-ao-r.html#cb5-2" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] 4</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb7"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb7-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb7-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>y <span class="ot">=</span> <span class="dv">5</span></span>
<span id="cb7-2"><a href="introdução-ao-r.html#cb7-2" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x <span class="sc">+</span> y</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] 9</code></pre>
</div>
<div id="funções" class="section level2 hasAnchor" number="17.8">
<h2><span class="header-section-number">17.8</span> Funções<a href="introdução-ao-r.html#funções" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<div id="sintaxe-da-função" class="section level3 hasAnchor" number="17.8.1">
<h3><span class="header-section-number">17.8.1</span> Sintaxe da função<a href="introdução-ao-r.html#sintaxe-da-função" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<div style="color: black; background: lightblue; text-align: justify; border: 5px outset lightgray; padding: 10px;">
<p><code>função()</code></p>
<p><code>função(argumento1 = valor, argumento2 = valor, ...)</code></p>
</div>
<p>Vamos criar uma função como exemplo:</p>
<div class="sourceCode" id="cb9"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb9-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb9-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>função <span class="ot"><-</span> <span class="cf">function</span>(<span class="at">arg1 =</span> <span class="st">""</span>, <span class="at">arg2 =</span> <span class="st">""</span>){</span>
<span id="cb9-2"><a href="introdução-ao-r.html#cb9-2" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a> </span>
<span id="cb9-3"><a href="introdução-ao-r.html#cb9-3" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a> Código_da_função</span>
<span id="cb9-4"><a href="introdução-ao-r.html#cb9-4" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a> </span>
<span id="cb9-5"><a href="introdução-ao-r.html#cb9-5" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>}</span></code></pre></div>
<p>Vamos observar os argumentos da função com a função <code>args()</code></p>
<div class="sourceCode" id="cb10"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb10-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb10-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">args</span>(função) <span class="co"># Mostra os argumentos da função `função`</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## function (arg1 = "", arg2 = "")
## NULL</code></pre>
</div>
<div id="funções-básicas" class="section level3 hasAnchor" number="17.8.2">
<h3><span class="header-section-number">17.8.2</span> Funções básicas<a href="introdução-ao-r.html#funções-básicas" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<p>Versão, licença e citação:</p>
<div class="sourceCode" id="cb12"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb12-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb12-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">R.Version</span>() <span class="co"># mostra a versão</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## $platform
## [1] "x86_64-w64-mingw32"
##
## $arch
## [1] "x86_64"
##
## $os
## [1] "mingw32"
##
## $crt
## [1] "ucrt"
##
## $system
## [1] "x86_64, mingw32"
##
## $status
## [1] ""
##
## $major
## [1] "4"
##
## $minor
## [1] "2.2"
##
## $year
## [1] "2022"
##
## $month
## [1] "10"
##
## $day
## [1] "31"
##
## $`svn rev`
## [1] "83211"
##
## $language
## [1] "R"
##
## $version.string
## [1] "R version 4.2.2 (2022-10-31 ucrt)"
##
## $nickname
## [1] "Innocent and Trusting"</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb14"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb14-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb14-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">license</span>() <span class="co"># informações sobre a licença</span></span></code></pre></div>
<pre><code>##
## This software is distributed under the terms of the GNU General
## Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
## The terms of version 2 of the license are in a file called COPYING
## which you should have received with
## this software and which can be displayed by RShowDoc("COPYING").
## Version 3 of the license can be displayed by RShowDoc("GPL-3").
##
## Copies of both versions 2 and 3 of the license can be found
## at https://www.R-project.org/Licenses/.
##
## A small number of files (the API header files listed in
## R_DOC_DIR/COPYRIGHTS) are distributed under the
## LESSER GNU GENERAL PUBLIC LICENSE, version 2.1 or later.
## This can be displayed by RShowDoc("LGPL-2.1"),
## or obtained at the URI given.
## Version 3 of the license can be displayed by RShowDoc("LGPL-3").
##
## 'Share and Enjoy.'</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb16"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb16-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb16-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">citation</span>() <span class="co"># como citar</span></span></code></pre></div>
<pre><code>##
## To cite R in publications use:
##
## R Core Team (2022). R: A language and environment for statistical
## computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria.
## URL https://www.R-project.org/.
##
## A BibTeX entry for LaTeX users is
##
## @Manual{,
## title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing},
## author = {{R Core Team}},
## organization = {R Foundation for Statistical Computing},
## address = {Vienna, Austria},
## year = {2022},
## url = {https://www.R-project.org/},
## }
##
## We have invested a lot of time and effort in creating R, please cite it
## when using it for data analysis. See also 'citation("pkgname")' for
## citing R packages.</code></pre>
<p>Funções de ajuda:</p>
<div class="sourceCode" id="cb18"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb18-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb18-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">help</span>() <span class="co"># função ajuda</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## starting httpd help server ... done</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb20"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb20-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb20-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">help.start</span>() <span class="co"># Manuais e outros materiais</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## If nothing happens, you should open
## 'http://127.0.0.1:30974/doc/html/index.html' yourself</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb22"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb22-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb22-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">help</span>(base) <span class="co"># Manual do pacote "base"</span></span></code></pre></div>
<p>Funções de data e hora:</p>
<div class="sourceCode" id="cb23"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb23-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb23-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">Sys.time</span>() <span class="co"># Obtém data e horário exatos do sistema</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] "2023-05-20 09:05:45 -03"</code></pre>
</div>
</div>
<div id="pacotes" class="section level2 hasAnchor" number="17.9">
<h2><span class="header-section-number">17.9</span> Pacotes<a href="introdução-ao-r.html#pacotes" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<p>Pacotes mais baixados:</p>
<div class="shareagain" style="min-width:300px;margin:1em auto;" data-exeternal="1">
<iframe src="https://www.r-pkg.org/" width="400" height="200" style="border:2px solid currentColor;" loading="lazy" allowfullscreen></iframe>
<script>fitvids('.shareagain', {players: 'iframe'});</script>
</div>
<p>Pacotes mais baixados em tempo real:</p>
<div class="shareagain" style="min-width:300px;margin:1em auto;" data-exeternal="1">
<iframe src="https://gallery.shinyapps.io/087-crandash/" width="400" height="200" style="border:2px solid currentColor;" loading="lazy" allowfullscreen></iframe>
<script>fitvids('.shareagain', {players: 'iframe'});</script>
</div>
</div>
<div id="prática-8" class="section level2 hasAnchor" number="17.10">
<h2><span class="header-section-number">17.10</span> Prática<a href="introdução-ao-r.html#prática-8" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<div id="indexação-de-objetos" class="section level3 hasAnchor" number="17.10.1">
<h3><span class="header-section-number">17.10.1</span> Indexação de objetos<a href="introdução-ao-r.html#indexação-de-objetos" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<div class="sourceCode" id="cb25"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb25-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb25-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x <span class="ot"><-</span> <span class="dv">4</span> <span class="co"># cria o objeto "x" atribuindo o valor "4"</span></span>
<span id="cb25-2"><a href="introdução-ao-r.html#cb25-2" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x <span class="co"># Observe o objeto criado</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] 4</code></pre>
<p>Para concatenar vários valores utilize a função <code>c</code>:</p>
<p>Concatenar vários valores e atribuí-los a um objeto:</p>
<div class="sourceCode" id="cb27"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb27-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb27-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x <span class="ot"><-</span> <span class="fu">c</span>(<span class="dv">4</span>, <span class="dv">5</span>, <span class="dv">6</span>, <span class="dv">7</span>, <span class="dv">8</span>)</span>
<span id="cb27-2"><a href="introdução-ao-r.html#cb27-2" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x <span class="co"># Observe o objeto criado</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] 4 5 6 7 8</code></pre>
<p>Extrair um ou vários valores de um objeto a partir da indexação:</p>
<div class="sourceCode" id="cb29"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb29-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb29-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x[<span class="dv">3</span>]</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] 6</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb31"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb31-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb31-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x[<span class="fu">c</span>(<span class="dv">1</span>, <span class="dv">4</span>)]</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] 4 7</code></pre>
<p>Substitua valores de um objeto a partir da indexação:</p>
<div class="sourceCode" id="cb33"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb33-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb33-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>y <span class="ot"><-</span> <span class="fu">c</span>(<span class="dv">24</span>, <span class="dv">10</span>, <span class="dv">45</span>, <span class="dv">56</span>, <span class="dv">20</span>, <span class="dv">29</span>, <span class="dv">50</span>, <span class="dv">67</span>, <span class="dv">80</span>, <span class="dv">23</span>, <span class="dv">20</span>, <span class="dv">15</span>, <span class="dv">65</span>, <span class="dv">57</span>, <span class="dv">34</span>, <span class="dv">63</span>, <span class="dv">20</span>)</span>
<span id="cb33-2"><a href="introdução-ao-r.html#cb33-2" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>y[y<span class="sc">==</span><span class="dv">20</span>] <span class="ot"><-</span> <span class="dv">10</span> <span class="co"># Se algum valor de y é igual a 20, substituir por 10</span></span>
<span id="cb33-3"><a href="introdução-ao-r.html#cb33-3" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>y</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] 24 10 45 56 10 29 50 67 80 23 10 15 65 57 34 63 10</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb35"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb35-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb35-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>y[y<span class="sc">==</span><span class="dv">10</span>] <span class="ot"><-</span> <span class="st">"NA"</span> <span class="co"># Apaga todos os valores iguais a 10, substituindo por "NA"</span></span>
<span id="cb35-2"><a href="introdução-ao-r.html#cb35-2" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>y</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] "24" "NA" "45" "56" "NA" "29" "50" "67" "80" "23" "NA" "15" "65" "57" "34"
## [16] "63" "NA"</code></pre>
<p>Deleta o objeto:</p>
<div class="sourceCode" id="cb37"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb37-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb37-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">rm</span>(x)</span></code></pre></div>
<p>Pode-se criar objetos com valores numéricos (<code>numeric</code>), conforme mostrado até aqui, mas também objetos com valores de caracteres (<code>character</code>), lógicos (<code>logical</code>) ou fatores (<code>factor</code>).</p>
<p>Objetos do tipo <code>character</code> podem ser criados utilizando aspas (” “) entre os valores incluídos. Um objeto do tipo <code>factor</code> cria categorias para cada valor encontrado no objeto. Geralmente são usados em diversos pacotes para análises filogenéticas:</p>
<div class="sourceCode" id="cb38"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb38-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb38-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>character <span class="ot"><-</span><span class="fu">c</span>(<span class="st">"apical"</span>, <span class="st">"apical"</span>, <span class="st">"basal"</span>, <span class="st">"apical"</span>, <span class="st">"apical"</span>, <span class="st">"basal"</span>, <span class="st">"median"</span>)</span>
<span id="cb38-2"><a href="introdução-ao-r.html#cb38-2" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>character</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] "apical" "apical" "basal" "apical" "apical" "basal" "median"</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb40"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb40-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb40-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>charact_fact <span class="ot"><-</span> <span class="fu">factor</span>(character)</span>
<span id="cb40-2"><a href="introdução-ao-r.html#cb40-2" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>charact_fact</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] apical apical basal apical apical basal median
## Levels: apical basal median</code></pre>
</div>
<div id="operadores-de-lógica" class="section level3 hasAnchor" number="17.10.2">
<h3><span class="header-section-number">17.10.2</span> Operadores de lógica<a href="introdução-ao-r.html#operadores-de-lógica" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<div style="color: black; background: lightblue; text-align: justify; border: 5px outset lightgray; padding: 10px;">
<table>
<thead>
<tr class="header">
<th align="right">< |</th>
<th align="right">less than |</th>
</tr>
</thead>
<tbody>
<tr class="odd">
<td align="right"><=</td>
<td align="right">| less than or equal to |</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<table>
<thead>
<tr class="header">
<th align="right">> |</th>
<th align="right">greater than |</th>
</tr>
</thead>
<tbody>
<tr class="odd">
<td align="right">>=</td>
<td align="right">| greater than or equal to |</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<table>
<thead>
<tr class="header">
<th align="right">== |</th>
<th align="right">exactly equal to |</th>
</tr>
</thead>
<tbody>
<tr class="odd">
<td align="right">!= |</td>
<td align="right">not equal to |</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<table>
<thead>
<tr class="header">
<th align="right">!x |</th>
<th align="right">not x |</th>
</tr>
</thead>
<tbody>
<tr class="odd">
<td align="right">x |</td>
<td align="right">y | x OR y |</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<div class="line-block">x & y | x AND y | ——– ———</div>
</div>
<p>Vamos testar:</p>
<div class="sourceCode" id="cb42"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb42-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb42-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x <span class="ot"><-</span> <span class="fu">c</span>(<span class="dv">1</span><span class="sc">:</span><span class="dv">10</span>)</span>
<span id="cb42-2"><a href="introdução-ao-r.html#cb42-2" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb44"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb44-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb44-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x[(x<span class="sc">></span><span class="dv">8</span>) <span class="sc">|</span> (x<span class="sc"><</span><span class="dv">5</span>)]</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] 1 2 3 4 9 10</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb46"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb46-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb46-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="co"># Qual a lógica?</span></span>
<span id="cb46-2"><a href="introdução-ao-r.html#cb46-2" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x <span class="sc">></span> <span class="dv">8</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb48"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb48-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb48-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x <span class="sc"><</span> <span class="dv">5</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb50"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb50-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb50-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x <span class="sc">></span> <span class="dv">8</span> <span class="sc">|</span> x <span class="sc"><</span> <span class="dv">5</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb52"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb52-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb52-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x[<span class="fu">c</span>(T, T, T, T, F, F, F, F, T, T)]</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] 1 2 3 4 9 10</code></pre>
<p>Experimente a utilização dos operadores matemáticos simples entre diferentes objetos:</p>
<div class="sourceCode" id="cb54"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb54-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb54-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>x</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb56"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb56-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb56-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>y</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] "24" "NA" "45" "56" "NA" "29" "50" "67" "80" "23" "NA" "15" "65" "57" "34"
## [16] "63" "NA"</code></pre>
</div>
<div id="inspecionando-os-atributos-um-objeto" class="section level3 hasAnchor" number="17.10.3">
<h3><span class="header-section-number">17.10.3</span> Inspecionando os atributos um objeto<a href="introdução-ao-r.html#inspecionando-os-atributos-um-objeto" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<div class="sourceCode" id="cb58"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb58-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb58-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">object.size</span>(x) <span class="co"># Tamanho do objeto</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## 96 bytes</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb60"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb60-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb60-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">str</span>(x) <span class="co"># Estrutura do objeto</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## int [1:10] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb62"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb62-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb62-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">length</span>(x) <span class="co"># Comprimento</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] 10</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb64"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb64-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb64-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">attributes</span>(x) <span class="co"># Nomes, classes, etc</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## NULL</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb66"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb66-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb66-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">class</span>(x) <span class="co"># Tipo do objeto</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] "integer"</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb68"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb68-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb68-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">mode</span>(x) <span class="co"># Modo usado pelo R para armazenar objeto na memória</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] "numeric"</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb70"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb70-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb70-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">typeof</span>(x) <span class="co"># Tipo usado pelo R para armazenar objeto na memória</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] "integer"</code></pre>
<p>Inspecione os objetos criados. Exemplos:</p>
<div class="sourceCode" id="cb72"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb72-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb72-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">class</span>(x)</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] "integer"</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb74"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb74-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb74-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">class</span>(y)</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] "character"</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb76"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb76-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb76-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">class</span>(character)</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] "character"</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb78"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb78-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb78-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">class</span>(charact_fact)</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] "factor"</code></pre>
</div>
<div id="teste-e-coerção-de-objetos" class="section level3 hasAnchor" number="17.10.4">
<h3><span class="header-section-number">17.10.4</span> Teste e Coerção de objetos<a href="introdução-ao-r.html#teste-e-coerção-de-objetos" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<p>Com os métodos da função <code>is</code> é possível testar se um objeto corresponde a uma determinada <code>classe</code>. E com os métodos da função <code>as</code> é possível coagir um objeto de uma classe a transformar-se em outra.</p>
<p>Veja os métodos das funções <code>is</code> e <code>as</code>: (Retire o operador # da frente do comando para rodá-lo)</p>
<div class="sourceCode" id="cb80"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb80-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb80-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">methods</span>(is)</span></code></pre></div>
<pre><code>## Warning in .S3methods(generic.function, class, envir): function 'is' appears
## not to be S3 generic; found functions that look like S3 methods</code></pre>
<pre><code>## [1] is.array is.atomic is.BibEntry
## [4] is.call is.character is.complex
## [7] is.data.frame is.double is.element
## [10] is.empty.model is.environment is.expression
## [13] is.factor is.finite is.function
## [16] is.grouped_df is.hashtab is.infinite
## [19] is.integer is.language is.leaf
## [22] is.list is.loaded is.logical
## [25] is.matrix is.mts is.na
## [28] is.na.data.frame is.na.numeric_version is.na.POSIXlt
## [31] is.na<- is.na<-.default is.na<-.factor
## [34] is.na<-.numeric_version is.name is.nan
## [37] is.null is.numeric is.numeric.Date
## [40] is.numeric.difftime is.numeric.POSIXt is.numeric_version
## [43] is.object is.ordered is.package_version
## [46] is.pairlist is.primitive is.qr
## [49] is.R is.raster is.raw
## [52] is.recursive is.relistable is.single
## [55] is.src is.stepfun is.symbol
## [58] is.table is.tbl is.ts
## [61] is.tskernel is.unsorted is.vector
## see '?methods' for accessing help and source code</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb83"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb83-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb83-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="co"># methods(as)</span></span></code></pre></div>
<p>Teste com os objetos já criados:</p>
</div>
</div>
<div id="rstudio" class="section level2 hasAnchor" number="17.11">
<h2><span class="header-section-number">17.11</span> RStudio<a href="introdução-ao-r.html#rstudio" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<p>O <a href="https://rstudio.com">RStudio</a> é um Ambiente Interativo de Desenvolvimento (IDE) que traz o console R, um editor de <em>script</em>, a exibição dos objetos e funções do ambiente de trabalho, área de plotagem, entre outras funcionalidades e automatizações, dentre as quais:</p>
<ul>
<li><p>Identação automática</p></li>
<li><p>Complementação de parênteses</p></li>
<li><p>Editor com destaque de sintaxe</p></li>
<li><p>Auto-completar comandos</p></li>
</ul>
<p><img src="images/rstudio1.png" /></p>
</div>
<div id="ambiente-de-trabalho" class="section level2 hasAnchor" number="17.12">
<h2><span class="header-section-number">17.12</span> Ambiente de Trabalho<a href="introdução-ao-r.html#ambiente-de-trabalho" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<ul>
<li><p>O ambiente de trabalho (<em>workspace</em>) é o espaço virtual onde os objetos definidos pelo usuário (vetores, matrizes, <em>dataframes</em>, listas, funções) são alocados.</p></li>
<li><p>No RStudio, podemos observar o ambiente de trabalho e seus objetos na aba <code>Ènvironment</code>.</p></li>
</ul>
</div>
<div id="diretório-de-trabalho" class="section level2 hasAnchor" number="17.13">
<h2><span class="header-section-number">17.13</span> Diretório de Trabalho<a href="introdução-ao-r.html#diretório-de-trabalho" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<ul>
<li><p>O diretório de trabalho (<em>working directory</em>) define o <em>diretório-raiz</em> do caminho de diretórios para fins de entrada e saída de arquivos. Ele define o <em>caminho relativo</em> para um caminho de diretórios.</p></li>
<li><p>O <strong>caminho absoluto</strong> tem início na pasta raiz do seu disco local do computador. O caminho absoluto do ambiente de trabalho (<em>workspace</em>) pode ser obtido com a função <code>getwd()</code>. Abaixo vemos o diretório-raiz do presente <em>bookdown</em> no computador local:</p></li>
</ul>
<div class="sourceCode" id="cb84"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb84-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb84-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">getwd</span>()</span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] "D:/git repositories/Introducao_a_Filoinformatica"</code></pre>
<p><img src="images/rstudio2.png" /></p>
<div class="sourceCode" id="cb86"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb86-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb86-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">ls</span>() <span class="co"># lista todos os objetos/funções do Ambiente de Trabalho</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## [1] "charact_fact" "character" "edges" "edges.is_a"
## [5] "função" "graph" "graph2" "graph3"
## [9] "group" "group.length" "group.n" "i"
## [13] "nodes" "nodes.id" "nodes.label" "nodes.label.this"
## [17] "nodes.title" "nodes.title.this" "PO" "referencias"
## [21] "x" "y"</code></pre>
<div class="sourceCode" id="cb88"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb88-1"><a href="introdução-ao-r.html#cb88-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">rm</span>(<span class="at">list =</span> <span class="fu">ls</span>()) <span class="co"># limpa todo Ambiente de Trabalho</span></span>
<span id="cb88-2"><a href="introdução-ao-r.html#cb88-2" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a></span>
<span id="cb88-3"><a href="introdução-ao-r.html#cb88-3" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">ls</span>() <span class="co"># lista todos os objetos/funções do Ambiente de Trabalho</span></span></code></pre></div>
<pre><code>## character(0)</code></pre>
</div>
</div>
</section>
</div>
</div>
</div>
<a href="árvores-filogenéticas-das-plantas.html" class="navigation navigation-prev " aria-label="Previous page"><i class="fa fa-angle-left"></i></a>
<a href="filogenia-no-r.html" class="navigation navigation-next " aria-label="Next page"><i class="fa fa-angle-right"></i></a>
</div>
</div>
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