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胃癌切片分割

问题描述

使用机器学习的方法构建一个识别,检测,分隔癌细胞切片的模型。

数据集

demo

预处理

填充ROI

使用FloodFill对标签图片的四角进行填充,然后进行颜色翻转,在没有环以及癌变区域边界封闭的情况下可以实现对ROI的填充。若标签不理想会出现一定的误差。

划分训练集和测试集

由于数据集过小,取出有癌细胞的样例80个和无癌细胞的样例20个组成测试集,其余划分为训练集。

训练集1300张,测试集100张。

数据增强

对图像进行旋转、镜像翻转,使数据集扩增到八倍。

图像裁剪

切片图像裁剪为512x512,标签裁剪为128x128。

储存数据集

将数据集储存为TF Record格式,方便使用。

构建网络及训练

FCN

model

训练

使用Adam Optimizer迭代100个Epoch,mini batch大小为13。

train

成果展示

对于癌变切片有较好表现,能基本正确识别癌变的区域,但是对于没有癌变的切片,也会错误地识别一些区域。

2

5

23

25

总结

该程序只能用作癌细胞的预检测,还需要人工进行修正。