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Programmation Bash - exercices	Patrick Fuchs Pierre Poulain	Creative Commons Attribution - Partage dans les Mêmes Conditions 4.0

Programmation Bash - exercices

Téléchargez le fichier genomes.tgz avec la commande :

wget https://raw.githubusercontent.com/patrickfuchs/cours-unix/master/files/bash/genomes.tgz

Remarque. Si la commande wget n'est pas disponible sur votre machine, essayez d'utiliser la commande curl :

curl https://raw.githubusercontent.com/patrickfuchs/cours-unix/master/files/bash/genomes.tgz -o genomes.tgz

Ce fichier contient les fichiers GenBank tronqués de quelques organismes (les dix premières lignes seulement).

Découverte du jeu de données

1. Décompressez l'archive genomes.tgz que vous avez téléchargée.

2. Combien de fichiers contient le répertoire genomes qui a été créé ? Utilisez, bien sur, une (ou plusieurs) commande(s) Unix pour répondre. 😎

3. Familiarisez-vous avec les fichiers GenBank contenu dans le répertoire genomes. Combien de lignes y-a-t-il dans chaque fichiers ?

4. Quelle ligne des fichiers GenBank permet de savoir si l'organisme concerné est un staphylocoque ? Par exemple, le fichier NC_002976_head.gbk est un fichier d'un staphylocoque alors que NC_002505_head.gbk non.

Extraction des staphylocoques

Supprimer maintenant le répertoire genomes.

Écrivez le script bash get_staphylo.sh qui s'exécute dans le même répertoire que genomes.tgz et qui :

1. décompresse l'archive genomes.tgz ;
2. crée un répertoire staphylo, au même niveau que le répertoire genomes qui contient les fichiers GenBank ;
3. affiche les noms des fichiers GenBank de staphylocoques ;
4. copie ces fichiers dans le répertoire staphylo ;
5. archive et compresse le répertoire staphylo sous le nom staphylo.tgz ;
6. supprime les répertoires genomes et staphylo.