開発者向けのアプリケーションを開発しているなら、ソース管理機能を統合することで利益が得られる可能性は高いでしょう。 また、非開発者向けのアプリケーション(例えばドキュメントエディタなど)であっても、バージョン管理機能から利益を享受できる可能性があります。Gitのモデルは、様々なシナリオに上手く適合します。
Gitをアプリケーションに統合する場合、やり方は大きく分けて3種類あります。1つ目はシェルのプロセスを生成してGitのコマンドラインツールを使う方法、2つ目はLibgit2を使う方法、3つ目はJGitを使う方法です。