Skip to content

Home

Jump to bottom
WAD-QC edited this page Sep 21, 2018 · 16 revisions

WAD/Analysemodules Matlab Documentatie

Dit archief is bedoeld voor analyse modules geschreven in Matlab die gebruikt kunnen worden als onderdeel van de WAD software.

Algemeen

Voor de WAD software is een executable file nodig van de analyse modules die in Matlab geschreven zijn. Om Matlab broncode (m-files) te 'compileren' is een Matlab installatie met de Compiler licensie benodigd. Voor eindgebruikers van de WAD software die gebruik maken van de gecompileerde Matlab programma's is echter geen Matlab licensie benodigd. Wel noodzakelijk is de installatie van een Matlab runtime omgeving, de zogenaamde Matlab Compiler Runtime (MCR). De MCR is zonder beperking te downloaden of distribueren. Wel is het nodig dat de versie van de MCR combineert met de versie van Matlab waarmee de broncode gecompileerd is.

De MCR versie R2018a (9.4) kan hier gedownload worden. Als de WAD software op een Linux server geinstalleerd is, dan moet de analyse module geinformeerd zijn over de lokatie van de MCR installatie. De lokatie staat momenteel "hard coded" in een opstartscript. MCR daarom installeren in $HOME/MATLAB_Runtime (bijv. /home/wad/MATLAB_Runtime), installeren als WAD user. De standaard locatie /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime wordt ook ondersteund door het opstartscript.

Installatie vanaf commandline met:

mkdir MCR_install
cd MCR_install
wget http://ssd.mathworks.com/supportfiles/downloads/R2018a/deployment_files/R2018a/installers/glnxa64/MCR_R2018a_glnxa64_installer.zip
unzip MCR_R2018a_glnxa64_installer.zip
# for scripted installation
./install -mode silent -agreeToLicense yes -destinationFolder $HOME/MATLAB_Runtime
# or for interactive installation simply use
# ./install

On CentOS 7 / RedHat 7 you need to install libXt sudo yum install libXt

Voor gebruikers

  1. WAD_MG: Mammografie
  2. WAD_MR: MRI

Voor ontwikkelaars van analyse modules

Benodigde Matlab licensies

  1. Image Processing Toolbox
  2. Curve Fitting Toolbox (alleen voor fMRI_Weisskoff test)

Compiler opties: voeg de map waar de actie functies in staan (met naam overeenkomstig de actie naam in de configuratie file) toe bij 'shared resources and helper files', dit komt overeen met de -a optie op de command line. Verder moeten de mappen WAD en xml_io_tools in het Matlab path staan.

Informatie over de Matlab-WAD interface: zie WAD_demo map voor een voorbeeld implementatie.

Clone this wiki locally