Merge pull request #203 from ansforge/feature/parser/nomenclature-man…

…agement

Feature/Mise à jour de la gestion des nomenclatures

csv_parser/csv_parser.py

@@ -48,9 +48,9 @@ class Color:
     HEADER_LINE = 7  # ligne avec les en-têtes (ID Excel - 1)
 
     class FormatFlags(StrEnum):
-        NOMENCLATURE = 'NOMENCLATURE: '
-        ENUM = 'ENUM: '
-        REGEX = 'REGEX: '
+        NOMENCLATURE = 'NOMENCLATURE'
+        ENUM = 'ENUM'
+        REGEX = 'REGEX'
 
 
     def get_params_from_sheet(sheet):
@@ -84,7 +84,7 @@ def get_params_from_sheet(sheet):
 
     def get_nomenclature(elem):
         # filename to target (.csv format)
-        nomenclature_name = elem['Détails de format'][len(FormatFlags.NOMENCLATURE):]
+        nomenclature_name = elem['Détails de format'][elem['Détails de format'].index(':')+1:].strip()
         path_file = ''
         nomenclature_files = os.listdir(os.path.join("..", "nomenclature_parser", "out", "latest", "csv"))
         for filename in nomenclature_files:
@@ -498,7 +498,7 @@ def type_matching(child):
             return 'string', r'^tel:([#\+\*]|37000|00+)?[0-9]{2,15}$', None
         else:
             if has_format_details(child, FormatFlags.REGEX):
-                return typeName, child['Détails de format'][len(FormatFlags.REGEX):], None
+                return typeName, child['Détails de format'][child['Détails de format'].index(':')+1:].strip(), None
             else:
                 return typeName, None, None
 
@@ -532,7 +532,7 @@ def add_field_child_property(parent, child, definitions):
         if format is not None:
             childDetails['format'] = format
         if has_format_details(child, FormatFlags.ENUM):
-            childDetails['enum'] = child['Détails de format'][len(FormatFlags.ENUM):].split(', ')
+            childDetails['enum'] = child['Détails de format'][child['Détails de format'].index(':')+1:].strip().split(', ')
         # key word nomenclature trigger search over nomenclature folder for matching file
         if has_format_details(child, FormatFlags.NOMENCLATURE):
             childDetails['enum'] = get_nomenclature(child)

csv_parser/out/RS-BPV/RS-BPV.example.json

@@ -28,7 +28,9 @@
             "O20"
         ],
         "mainDiagnosis": "MD30.Z",
-        "associatedDiagnosis": "8B22.1",
+        "associatedDiagnosis": [
+            "8B22.1"
+        ],
         "parameter": [
             {
                 "type": "Fréquence cardiaque, Pression artérielle, Saturation en oxygène, Fréquence respiratoire, Température, Hemoglucotest, Glasgow",

csv_parser/out/RS-BPV/RS-BPV.input.csv

@@ -1,13 +1,13 @@
 Donnée (Niveau 1),Donnée (Niveau 2),Donnée (Niveau 3),Donnée (Niveau 4),Donnée (Niveau 5),Donnée (Niveau 6),Description,Exemples,Balise,Cardinalité,Objet,Format (ou type),Détails de format
-Identifiant partagé du dossier de régulation médicale (DRM),,,,,,"Identifiant partagé du dossier, généré une seule fois par le système du partenaire qui recoit la primo-demande de secours (créateur du dossier). 
+Identifiant partagé du dossier ,,,,,,"Identifiant partagé du dossier, généré une seule fois par le système du partenaire qui recoit la primo-demande de secours (créateur du dossier). 
 Il est valorisé comme suit lors de sa création : 
 {pays}.{domaine}.{organisation}.{senderCaseId}
 
 Il doit pouvoir être généré de façon décentralisée et ne présenter aucune ambiguïté.
  Il doit être unique dans l'ensemble des systèmes : le numéro de dossier fourni par celui qui génère l'identifiant partagé doit donc être un numéro unique dans son système.",fr.health.samu440.DRFR15DDXAAJJJ00000,caseId,1..1,,string,"REGEX: ^fr(\.[\w-]+){3,4}$"
 Identifiant du bilan,,,,,,Identifiant du bilan du logiciel SMUR,38978624DM,reportId,1..1,,string,
 Professionnel de santé qui réalise le bilan,,,,,,Objet qui permet de décrire le professionnel de santé qui rédige le bilan. ,,redactor,1..1,X,redactor,
-,Label,,,,,A valoriser avec le prénom et le nom du rédacteur ou un numéro RPPS. ,Julien Montclar,label,0..1,,string,
+,Label,,,,,"A valoriser avec le prénom et le nom du rédacteur, un numéro RPPS, un matricule, etc. ",Julien Montclar,label,0..1,,string,
 ,Rôle,,,,,"A valoriser avec le rôle du rédacteur du bilan (ex. médecin, infirmier, ambulancier). ",MEDECIN,role,1..1,,string,NOMENCLATURE: ENUM-ROLE
 Date et heure de l'envoi du bilan,,,,,,s'exprime au format ISO 8601 YYY-MM-DDThh:mm:ss,2022-09-27T08:23:34+02:00,creation,1..1,,datetime,
 Patient,,,,,,,,patient,1..1,X,patient,
@@ -25,15 +25,15 @@ A valoriser par {ID du SAMU qui engage le SMUR}.{ID du DRM}.P{numéro d’ordre
 ,Taille,,,,,A valoriser avec le poids en kilogrammes,31,height,0..1,,integer,
 ,Poids,,,,,A valoriser avec la taille en centimètres du patient,109,weight,0..1,,integer,
 Evaluation / Diagnostic médical,,,,,,,,evaluation,0..1,X,evaluation,
-,Actes réalisés par le SMUR,,,,,"Précise aussi bien les actes réalisés par le SMUR sur le lieu de l'intervention à son arrivée que ceux réalisés avant son intervention. 
+,Actes réalisés par la ressource,,,,,"Précise aussi bien les actes réalisés par le SMUR sur le lieu de l'intervention à son arrivée que ceux réalisés avant son intervention. 
 A valoriser avec un code de la nomenclature ACTES_SMUR.",O20,procedure,0..n,,string,
 ,Diagnostic principal SMUR,,,,,"Thésaurus SFMU-FEDORU.
 A valoriser par un code de la nomenclature Diagnostic SMUR.",MD30.Z,mainDiagnosis,0..1,,string,
 ,Diagnostic associé  SMUR,,,,,"Thésaurus SFMU-FEDORU.
-A valoriser par un code de la nomenclature Diagnostic SMUR.",8B22.1,associatedDiagnosis,0..1,,string,
+A valoriser par un code de la nomenclature Diagnostic SMUR.",8B22.1,associatedDiagnosis,0..n,,string,
 ,Paramètres vitaux,,,,,,,parameter,0..n,X,vital,
 ,,Type de constante,,,,Permet d'indiquer le type de constante associé à la valeur envoyée,"Fréquence cardiaque, Pression artérielle, Saturation en oxygène, Fréquence respiratoire, Température, Hemoglucotest, Glasgow",type,1..1,,string,"ENUM: FREQUENCE_CARDIAQUE, PRESSION_ARTERIELLE, SATURATION_OXYGENE, FREQUENCE_RESPIRATOIRE, TEMPERATURE, HEMOGLOCOTEST, GLASGOW"
 ,,Valeur de la dernière constante prise,,,,Indique la valeur de la dernière constante prise,,value,1..1,,string,
 ,Antécédents,,,,,Précise les antécédents du patient,,medicalHistory,0..1,,string,
 ,Traitement,,,,,Précise le traitement du patient,,treatment,0..1,,string,
-,Informations complémentaires,,,,,"Permettrait de concaténer dans une zone de commentaire d'autres champs (ex. anamnèse : allergies,, traitements, symptomes, antécédents)",,freetext,0..n,,string,
+,Informations complémentaires,,,,,"Permettrait de concaténer dans une zone de commentaire d'autres champs (ex. anamnèse : allergies, traitements, symptomes, antécédents)",,freetext,0..n,,string,

csv_parser/out/RS-BPV/RS-BPV.uml_diagram

@@ -35,7 +35,7 @@ strict digraph {
                 <TR>
                 <TD ><B>evaluation</B></TD>
                 </TR>
-                <TR><TD  BORDER="0"><I>objet evaluation</I></TD></TR><TR><TD BORDER="0" >procedure <I>string</I> : [0..*] </TD></TR><TR><TD BORDER="0" >mainDiagnosis <I>string</I> : [0..1] </TD></TR><TR><TD BORDER="0" >associatedDiagnosis <I>string</I> : [0..1] </TD></TR><TR><TD BORDER="0" >medicalHistory <I>string</I> : [0..1] </TD></TR><TR><TD BORDER="0" >treatment <I>string</I> : [0..1] </TD></TR><TR><TD BORDER="0" >freetext <I>string</I> : [0..*] </TD></TR>
+                <TR><TD  BORDER="0"><I>objet evaluation</I></TD></TR><TR><TD BORDER="0" >procedure <I>string</I> : [0..*] </TD></TR><TR><TD BORDER="0" >mainDiagnosis <I>string</I> : [0..1] </TD></TR><TR><TD BORDER="0" >associatedDiagnosis <I>string</I> : [0..*] </TD></TR><TR><TD BORDER="0" >medicalHistory <I>string</I> : [0..1] </TD></TR><TR><TD BORDER="0" >treatment <I>string</I> : [0..1] </TD></TR><TR><TD BORDER="0" >freetext <I>string</I> : [0..*] </TD></TR>
                 </TABLE>>]
 	evaluation -> interventionReport [headlabel=1 taillabel="0..1"]
 	interventionReport [label=<<TABLE>

csv_parser/out/hubsante.asyncapi.yaml

@@ -6267,6 +6267,7 @@ components:
             \ \xE9metteur}\n\nOU - uniquement si un ID unique de la demande n'est\
             \ pas disponible : \n{OrgId \xE9metteur}.request.{senderCaseId}.{num\xE9\
             ro d\u2019ordre chronologique}"
+          pattern: ^([\w-]+\.){3,4}request(\.[\w-]+){1,2}$
           examples:
           - 'fr.health.samu770.request.1249875
 
@@ -7677,7 +7678,7 @@ components:
       properties:
         caseId:
           type: string
-          title: "Identifiant partag\xE9 du dossier de r\xE9gulation m\xE9dicale (DRM)"
+          title: "Identifiant partag\xE9 du dossier "
           x-health-only: false
           x-cols: 6
           example: example.json#/caseId
@@ -7734,8 +7735,8 @@ components:
           x-health-only: false
           x-cols: 6
           example: example.json#/redactor/label
-          description: "A valoriser avec le pr\xE9nom et le nom du r\xE9dacteur ou\
-            \ un num\xE9ro RPPS. "
+          description: "A valoriser avec le pr\xE9nom et le nom du r\xE9dacteur, un\
+            \ num\xE9ro RPPS, un matricule, etc. "
           examples:
           - Julien Montclar
         role:
@@ -7772,7 +7773,7 @@ components:
           x-health-only: false
           items:
             type: string
-            title: "Actes r\xE9alis\xE9s par le SMUR"
+            title: "Actes r\xE9alis\xE9s par la ressource"
             x-health-only: false
             x-cols: 6
             example: example.json#/evaluation/procedure/0
@@ -7793,15 +7794,18 @@ components:
           examples:
           - MD30.Z
         associatedDiagnosis:
-          type: string
-          title: "Diagnostic associ\xE9  SMUR"
+          type: array
           x-health-only: false
-          x-cols: 6
-          example: example.json#/evaluation/associatedDiagnosis
-          description: "Th\xE9saurus SFMU-FEDORU.\nA valoriser par un code de la nomenclature\
-            \ Diagnostic SMUR."
-          examples:
-          - 8B22.1
+          items:
+            type: string
+            title: "Diagnostic associ\xE9  SMUR"
+            x-health-only: false
+            x-cols: 6
+            example: example.json#/evaluation/associatedDiagnosis/0
+            description: "Th\xE9saurus SFMU-FEDORU.\nA valoriser par un code de la\
+              \ nomenclature Diagnostic SMUR."
+            examples:
+            - 8B22.1
         parameter:
           type: array
           items:
@@ -7834,7 +7838,7 @@ components:
             x-cols: 6
             example: example.json#/evaluation/freetext/0
             description: "Permettrait de concat\xE9ner dans une zone de commentaire\
-              \ d'autres champs (ex. anamn\xE8se : allergies,, traitements, symptomes,\
+              \ d'autres champs (ex. anamn\xE8se : allergies, traitements, symptomes,\
               \ ant\xE9c\xE9dents)"
             examples:
             - None

generator/input/GEO-RES.openapi.yaml

@@ -110,7 +110,7 @@ components:
           - FIXE
           - VEHICULE
           - HELICOPTERE
-          - 'SHIP '
+          - SHIP
           examples:
           - VEHICULE
         capacity:

generator/input/RS-BPV.openapi.yaml

@@ -23,7 +23,7 @@ components:
       properties:
         caseId:
           type: string
-          title: "Identifiant partag\xE9 du dossier de r\xE9gulation m\xE9dicale (DRM)"
+          title: "Identifiant partag\xE9 du dossier "
           x-health-only: false
           x-cols: 6
           example: example.json#/caseId
@@ -80,8 +80,8 @@ components:
           x-health-only: false
           x-cols: 6
           example: example.json#/redactor/label
-          description: "A valoriser avec le pr\xE9nom et le nom du r\xE9dacteur ou\
-            \ un num\xE9ro RPPS. "
+          description: "A valoriser avec le pr\xE9nom et le nom du r\xE9dacteur, un\
+            \ num\xE9ro RPPS, un matricule, etc. "
           examples:
           - Julien Montclar
         role:
@@ -224,7 +224,7 @@ components:
           x-health-only: false
           items:
             type: string
-            title: "Actes r\xE9alis\xE9s par le SMUR"
+            title: "Actes r\xE9alis\xE9s par la ressource"
             x-health-only: false
             x-cols: 6
             example: example.json#/evaluation/procedure/0
@@ -245,15 +245,18 @@ components:
           examples:
           - MD30.Z
         associatedDiagnosis:
-          type: string
-          title: "Diagnostic associ\xE9  SMUR"
+          type: array
           x-health-only: false
-          x-cols: 6
-          example: example.json#/evaluation/associatedDiagnosis
-          description: "Th\xE9saurus SFMU-FEDORU.\nA valoriser par un code de la nomenclature\
-            \ Diagnostic SMUR."
-          examples:
-          - 8B22.1
+          items:
+            type: string
+            title: "Diagnostic associ\xE9  SMUR"
+            x-health-only: false
+            x-cols: 6
+            example: example.json#/evaluation/associatedDiagnosis/0
+            description: "Th\xE9saurus SFMU-FEDORU.\nA valoriser par un code de la\
+              \ nomenclature Diagnostic SMUR."
+            examples:
+            - 8B22.1
         parameter:
           type: array
           items:
@@ -286,7 +289,7 @@ components:
             x-cols: 6
             example: example.json#/evaluation/freetext/0
             description: "Permettrait de concat\xE9ner dans une zone de commentaire\
-              \ d'autres champs (ex. anamn\xE8se : allergies,, traitements, symptomes,\
+              \ d'autres champs (ex. anamn\xE8se : allergies, traitements, symptomes,\
               \ ant\xE9c\xE9dents)"
             examples:
             - None

generator/input/RS-DR.openapi.yaml

@@ -75,6 +75,7 @@ components:
             \ \xE9metteur}\n\nOU - uniquement si un ID unique de la demande n'est\
             \ pas disponible : \n{OrgId \xE9metteur}.request.{senderCaseId}.{num\xE9\
             ro d\u2019ordre chronologique}"
+          pattern: ^([\w-]+\.){3,4}request(\.[\w-]+){1,2}$
           examples:
           - 'fr.health.samu770.request.1249875