snp index

snp index 是一个使用 jquery + bootstrap 作为前端框架，flask 作为后端框架的简单 web application.

基本功能

• Gene Variation:
  • search gene by regin: 根据染色体的区域搜索 gene 的 snp;
  • search gene by name: 根据 gene 的名字进行搜索 snp;
  • search all variations: 根据选择的比较组自动生成结果文件;
• Gene Expression:
  • search expression by gene: 根据 gene 名字（可以输入多个查询 gene）查询 gene 的表达;
• Tools:
  • blast: 使用开源的 ViroBLAST 进行在线的 blast 分析;
  • search locus identidier gene: 获得查询 gene 的基本信息表格;
  • get snp index plot: 利用 bedtools 和 ggplot2 按照输入的比较组信息和染色体进行 snp 位点的可视化;
  • get pca plot: 通过自己上传的 pca 分析数据结果在线生成 pca 图;

关于安装与运行

首先保证已经正确安装 python2.7.12 或在其它 python2.7 的运行环境和 pip 安装工具,然后执行以下代码:

git clone https://www.github.com/jamebluntcc/snp_index.git
pip install -r requirements.txt
python manager.py runserver

Changelog

1.23 (13/11/2017)

• add snp index plot.

1.24 (01/12/2017)

• refactor app and add snp index plot.

1.25 (05/12/2017)

• app download snp index zip and map samples and auth system.

1.26 (26/12/2017)

• add celery,search all snp variation and mail remind user.

2.00 (19/01/2018)

• refactor auth system, mail verify and so on.

2.01 (31/01/2018)

• add pca plot.