feat(directory): biobank services as a separate entity #4155
Conversation
There was a problem hiding this comment.
In general the change is consistent with the proposal. I would model TRL as an ontology item.
I do realize by seeing how things are filled in that searching for services will become much harder, so that is something we need to discuss in the working group. For now I would like to keep this on a separate branch and not yet implement frontend changes.
data/biobank-directory/molgenis.csv
Outdated
| Services,,device,Device,string,,false,,"If the service is provided with the use of a certain device or instrument - especially when it is novel, rare or sophisticated.",,,,,,,,, | ||
| Services,,deviceSystem,Device System,string,,false,,The system or platform describing the functioning of the used device - if needed.,,,,,,,,, | ||
| Services,,tRL,Technology Readiness Level ,string,,false,,"Technology Readiness Level - concept for self-assessment of the service, used in some European projects (https://en.wikipedia.org/wiki/Technology_readiness_level). Can take values from 1 to 9.",,,,,,,,, |
There was a problem hiding this comment.
I would use the list from wikipedia as an ontology. Would make things easier to understand for user.
There was a problem hiding this comment.
I think we should also add a ref_array to an service type ontology, like in this presentation:
https://docs.google.com/presentation/d/1YehXQMGbTVwH_zJbrxW7eVqj1E5QMvtt/edit#slide=id.p4
(Slide 4)
That would make it possible to search for services that offer a specific type of service (e.g. DNA analysis service)
There was a problem hiding this comment.
Volgens mij was de bedoeling dat je een ref_array hebt naar een ontology term met een service type en dat elke service type weer getagd is met een (of meerdere) categorieën. Dus je service type is bijv. DNA sequencing en dat valt dan onder de categorie ‘Data & Sample processing’. (en eventueel ook onder Technologies, Bioanalytics?).
|
|
Updated the PR according to the latest version of the document:
|
There was a problem hiding this comment.
Paar punten:
- In het data model staat nog een opmerking over de service types: de parents mogen niet geselecteerd kunnen worden.
- In de services lijst stonden een aantal spellingsfouten zoals nucleis acid ipv nucleic acid. Ik heb die in de lijst gecorrigeerd.
- De quality attributen worden ook hiervoor weer door BBMRI-ERIC quality team beheert dus afwijkend van het model moet dat een externe data structuur zijn, net zoals de biobank en collection quality info. Ik zag dat de opmerking hierover in het model was weggehaald door Andrzej dus dat was niet duidelijk.
=> Dan kunnen deze niet in de parents kolom, ik heb nu een aparte kolom serviceCategory (string) toegevoegd. Of moet dit eventueel een ontology naar een aparte ontology table ServiceCategories worden?
=> Aangepast, ik had er zelf een klein typfoutje uitgehaald, vond nucleis idd ook al raar en er was nog eentje, maar ik dacht zal wel goed zijn als het zo is aangeleverd...
=> Aparte QualityInformationServices tabel aangemaakt, met refback in Services naar deze tabel. |
There was a problem hiding this comment.
- In de service types tabel zijn de labels inconsistent. Die zouden allemaal de human readable tekst moeten zijn, dus niet de woorden met koppelstreepjes verbonden maar met spaties en hoofdletters voor de eerste letter van zelfstandige naamwoorden.
- Ik denk dat het beter is om de service categories als een aparte tabel te modelleren.
|
What are the main changes you did:
how to test:
todo: