CURSO PRÁCTICO DE INICIACIÓN AL USO DE LA SUPERCOMPUTACIÓN APLICADO AL ANÁLISIS DE DATOS RNA-SEQ. 7ª EDICIÓN - Universidad de Leon

Introducción a R, Bioconductor y Anotaciones funcionales

Author: Pablo Fonseca

Date: 11/07/24-12/07/2024

Índice

• Información general
• Programas
• Contacto

Información general

Este repositorio contiene el material necesario para las prácticas que se realizarán en los módulos: Introducción a R y Bioconductor y Introducción a las anotaciones funcionales.

Enlace para los tutoriales de los módulos

Introducción a R y Bioconductor: https://pablobio.github.io/CursoVeranoRNASeq_2024/intro_R_bioconductor.html

Introducción a las anotaciones funcionales: https://pablobio.github.io/CursoVeranoRNASeq_2024/intro_anotaciones_funcionales.html

Database

Los datos necesarios para los tutoriales se encuentran en la carpeta denominada database.

Software y Programas

Para este curso, necesitará tener instaladas en su ordenador las últimas versiones de R y RStudio. Este software puede descargarse a través de los siguientes enlaces:

• R: https://cran.irsn.fr/

• Rstudio: https://rstudio.com/products/rstudio/download/

Además de R y RStudio, también necesitarás instalar algunos paquetes que serán necesarios para el análisis. La lista de paquetes utilizados en este curso se puede encontrar a continuación.

install.packages("ggplot2")
install.packages("patchwork")
install.packages("ggrepel")
install.packages("tidyverse")
BiocManager::install("biomaRt")
BiocManager::install("gprofiler2")

Contacto

Pablo Fonseca

Grupo MEjoraGeneticaAnimal-ULE (MEGA_ULE)