GeneFinderFromDNA

GeneFinderFromDNA is a Java application that finds all of the possible genes from the a string of DNA. In molecular biology, reading frames divide up a sequence of nucleotides in DNA into a set of consecutive, non-overlapping triplets, otherwise known as codons. After a start codon ("ATG"), the program splices all of the following codons (triplets of 3 nucleotides) and looks for the first stop codon("TAA", "TAG", or "TGA"). In other words, the stop codon must be at an interval of a multiple of 3 nucleotides from the start codon.

After a gene is found, the program looks more genes using the same process as above until no more nucleotides remain or no more genes can be found.

Usage

Run the main method in the application class. Input your DNA. In the Genes box, you will see all of the genes as well the number of total possible extracted genes in that DNA string.

Example Strings of DNA to Test

1. TTCTTCGCTTATCTATCCGAAGAAAGAGTGTGCGATCCTCCGTTAAGATATTCTTACGTATGATATAGCTATGTATTTTGTAGAGGTAGCGAACGCGTTAAACATTTCACAGATAGTGGGGATTCGGGCAAAAGACGTATAATTGGGGACTAACATAGGCATAAACTACGATGGTACCAACTCAATCGCAGCTCGTACGCCCTAAATAACGTACTCATCTCAACTGATTCTTGGCAATCTACGGAGCGACTTGATTATTAACAGTTGTTTAGTAGTTCTAATCTTTTACCAACATCGTAATAGTTTCCAAGAGATTGATCATACCTATTGACACAAAAGTGACACAACGCCAATGAGTAGCAGACTTTTGGTCAACTACAATTCCCTAAGGGACAGATTCTGCGGTGTACATTATTTTGTATATGTAAGCAACCCAAGTGAGCCTAGCCTAGACTCAGCTGGTTCCTGTGTAAGCTTGAGGCTAAAGATAATAGCTCTTTAAACATAGGATGGGGGCATCAAATGGTCGAGAAATTCATAGTACCTCGGATACCAACTTACTCAGGTTATTGTTTGAAGCTGTACTATTTCAAGGGGGGAGCGCTGAAGGTCTCTTCTTCTGATGACTAAACTCGCAAGGGTCGTGAAGTCGATTCCTTCAATGGTTAAAAAACAAAAATTTACTATGCAGACTGGAACATCTATCTAACGGTTCGTATCTTGAATGCTCAGTCCCTTTTGTTATTCCGGATAAATTCATTTCCCTCATTCACTAGCTTGCGAAGTCTATATTGATATATGAATGCAATCTAGAAGAGGGCACTTAAAATTAGGAGTAGTTAATATTTTATATTCCATTTGGTTTTTTCGTGCATCACCGCGATAGGCTGACAAGGGTTTAACATTGAATAACAAGACACTTCCGGTCTCAATGAAGGGCCGGGAAAGATACACGCGTGGTATAGGAGGATTAAGAAACCAATAGAAAGGCTTCTTCCTC

2. TTAATGAAAAACCTATGCACTTTGTATAGGGTACCATTAAAATTCTAAACCTTCAAATAGTGAAGATCCCGAGTATAGATTTTTATCTGCGGTTCAACTTAAGCATAAACCTTCATGCTATTTTATTAGACCTACTCTGCACAAAGTAAATATAGGATGTGTCCGACCTGGCTCCTGGTGTTCTACATCGTCATGTATTCGTTAACTGTTAATTGGTAACACAAAAATAATATTATAGTCTTTGAAATTCAGCTCAGTTAATTTGAGCGTAATGTCATAAATGGCGTAGAACAGTAATGAGTGTTTAATACTAAGTAGTGTTCAGTTTGGTAATGAAGAAACTATACGGCATACTTAATTATACATTTGAAACACGCTTAAATGATACTAAACAAATTAAAGCAAATTTCCATGTTAGTTTAAAGATAAATATACAAGTCGATTGAAAATGGGTAGGGGGTTTTAATTCATCCAACACTCTACGATATCTTCAAGAATAAGTAGAGTATCCTGTAGTTCAAAATGAAATTATTTCGTAAAGTAAGCTCATATTGTCTTTTTTGCGAATGACTTAACACGTTAAGAAAATGGAATTGATTCAAACGATAGTTATAAATCAAAAAAACGGAACGTTATTTAAAGAATAAATCTAACGGTGTATAACTCGATCACTTATTCATTATTTGAACTGTGCGAAAGTTTCCAGTGCTTATACACTTAATTCCGAGACTTGTCCTGATATATGAACTTAAACTAAAGCGGGACTGTTGACGTTTGGAGTTGAAAAAATCTAATATTCTAATCGGCTTCAACATGCACTATTGCAGGCAATTGACGAGGGGCTCACACCGAGAAAGTAAACTATTATACGTTGGGGATAGTATTAACTAATAAAGATGCTTGGTACAATAAAAGTATCAAACCCGTATAAAGACAACATCCTCACTTTAGTGAATTAAAGCACGGCATCAGAATTACTTTTTAGATACCTGAAACAAAA

3. AACGTCAGTCCAGATATCTTTGATGTTCTGATTGGAAGGATCATTGGCCCCCCATCCTTAGATAGTATATACTCTTCTATAAATGAGTTATTAATTATGAGATCCATAAATTAAAAAGGGTAACAGAATTTGACTGAATAGAAAAGACGAACATTTAGATATCTTAAGTATAATTACGCGTCTATATTAAGCTCTTTTTTATAGGTCTTGGTTATTGTTGGTCGTAAAGCCTAGAACGGATTAGGTAGATGTATAACAATATTATTTAGTCATCTTTAAATCACAATCTACTACCTTACAGGAATTAAAATTATCTATTAATTTCCCTTGCATATATATTACATTTCTTCAACCTTTTAATTGTTCTCTTAGAAGAAAGACAGATAACTTCTTACCTATATTTCATCATTGGTAATACGATTGCATGTCCCACGTAAATGATTGATAAACTCTGTGGTTTATGAACGACAAAAACTTTAATAAGAAATACGCGCTCATAACTTGGTACGAATACAGATTGTAGCAATGTTCGTCTGAATATGATTTATATAATACGGGCGGTATGTTTATTTTAATCAATTTTTAATAGCTTATATAATAATACAGCTACTGGTGATCACTCAATAATCTCGACTTCCCGTTACAACTATGAGGATTTTTAAAGAGCCAATTATATTCGATATTGTGAGGATAATGTAGTATTAGCAAACAATAAGTTTCGAACTAGTTGTAACCTAACAAAAAGAGAATTTCATAATACGTGTTATCCCATGCGTATGGTATATTTGAATAATATTAAATAGAGTTTAATCAATCTTTACATCGATCTAAAATTGAATGCAAAGATTATTCAGGTGCAAATCAAAAATTTTAGGTAACTAGAAGATTTGTAATATTCTAAGTGTTGAACGATATGAATCATGACCTAGGATAATGTCGTTCTAAAAAAAAGATTTTTGTAACTCTCTTCATTAGCAGTTTGGTGTATCGAAAGTACAAAACTAGTCTTCCTAGTAACCGTGGACTAAGAATCTAAGATATGAGTCAAGATATTTACTCAGTAACATATGCTTTAGGTATTTAATTATTCTTTATGTCTTATAGAGACCTATATTATCTGTTTGTCAAACTATAAAATTTATATTAGTGCGCAGATTTGAATCGAAATAAAATCTCCAGAACCTAAAACTACGAGCATTTGGCATCTTGGCTAATCCTCCTACATATTGTTATAAATAATCAGTAGAAATTTAATGTTAGAAGATGGAATGATCTTAAATTAAAAACAATATTAAACGAAATATATATTCAATGTAATGAAGTCGGAGGATTAACATGGGAATCGTGCTTCTGTTTAAATAAGTAAGGATATAAAGTTATAACCATTCCCCAAACGTATAGGGTGCATTTTGTAATAATTTGAGAATCCAAAAACTTGCTATTTTTGAAATTTATCCTCAAGCACAAGTATTGAACTAAGCTTACATCTAAAAATGTAGCAAGCTGATTTAAATAAAATACATTTTACTCGCGTTATATATAAATTAAGTTAAAAGTTATGGAATATAATAATATGTAGATGGCCAGTGGTGGGTTGTTACACCTCTACGGCAATGTTGAAATTTTTGGATTATATTAGTTAAATTTAAGTTGTGACACCCGTTATACTCCATAACCATCTGTAACTTATAACTTGTTCTGGATTGGATTGTCATTTTCTCAGAGTATTATGCAGACTGACGTACAGATCCCATATAAACTTATCATAGTTTATCTGATTTTACTTAAAAATGTAGCTAAGTTTTTACCCACGCACCTAATTAGTCCTCGTTTGCTTTTTAGAACTCGATAAATTACAGAATATTATAAGAATCTCTACTTACTTTACAAAGTACTGGATCTTATTTTAGCAAGATCTTTTATCTAAATACAATGAGAGAAGTATTTGTTAAGCCACATAGTTTTCTTGTTTTGATCAAAACGATCATTGACATCTGATTCCCCGATTTCATAGTAAGTTCTTCGTCTGAGTCATTGTATGCGAAATCGATAAACTAATAGGAAATGCAATATATCTCTGGATATAATAAATATATAGATTGAAATTTTAAATGAAATCACACATTTAAACTCAGCTTTATTTTAGAGGTCATGGGTTTTAGTACCCGCGAGTTATGAAATCAATTAGGAGCATGTATAACAATATTTATTAGTCATCTTTTAAATACAATTTTCCAGCTCACTAGTATATAATTTTTGTTATAATTAGCTTCTTTCATAAGTTATACTACTTCAGTGTCCCAAATGTACCCTTACCACGAAGACAAGATTATCCGATCTTATATTATGATTTTGGTAAGGGATTTGTAAATTCTACCCTAAACGATATTGAAAACTTAGGTTTTACAAGGATAAAAATTTTAAATATGAGTTCCTGTTCATAACCTAAATCAAATGTAGAATTATACATCGTTCCACTATATTCATGTCATCTAGGATGAATGTAAAAGATATATAATTTAATTTTGAATACCTTATATTATTATACATTTACCAGTCACCAGCTAACAATATGTAAATGACGTTACAACTTTTTAAGCCTAATTTAATCATTTTAAATACTACACTCTGGGCAATACGAGGTAAAGCTAGTCACCCAATATTGATTAACACCTAATCTAACAGTAAAAGGCTCATATAATGGCACTGTCAGCGTCTCTAGGGTATTTTACATTAGCATCAGGTAGATTAATATGAATTTTTACTTCCAAACGAAAATGGGTGCGTGGACTAATGAGGAGCAAACGAAAATTCTTGACCTGTTTAGTATCTCATATTTCTCTTAGAGATCAATGAAATGTTTTATAACCAAGAGAAAAATCGTTTTACAAAATAAATTTACGTTACTTTCTCTATAAAGAATTCGATGTAGCAAAGGATCAAAGCGACTTTAGGTAGTAACTATTGATTTTGGCGATAAAGTATCATTCAAGAAGCAGATACAGTAAGACACGGTTTAATTGATTGTTTATCGATTAGGTTAAATAAAGAACTTTAATATTTATATATCTAGCTTTAAAATTTAGTTTAGTGTATTAATCTGAGTCGAAATAAAATCACTAGTATTCAAAATCAAGGGAGCTCATTACATTAATTAATCCTGATATATTTTGTAATCAATATTCAATAGAAAATTTATGTTAAAAGGATAAGTTATCATGTACTAATAGCAATAACGATCGATCAAACTATTCATTATGGTGATGACACTGGGTTTATATGGGAAAAGTGCTTGTGTTCCGATAGGCTAGAATATAATACTAAGGTCTTTCCCTAAACATTTAACATGAGATTTGCTATAACTTTTGAATTCTACATGTATGTATTCATATTATGTATACACAAAGTCAAAAATAGGATATAGTCTTCAAGTTAATATGTAGCGTGGTTGTATAAGTACAGTAGATCCTTCTTATACATTCTATTTATTAAATTAATTCTAAAGTAATACGATCATATGTAAATAGATAGTGACTGATTGTTATATATTTACTGCGGTGCTAAATAATTGGGACTAAAAAAGTGAAGATTATGATGTGTGATCTGTTATGTTCGAGTTCGATCAATGCGTTATTACAAATAGTCGATTATTTTCTCAATTTCCGAGCAATTTAGCGTAACAGTCTCAAAGAACTTATAAAATGTGATCGCAGTCCATCCAATCATACATAAAAAGGAAGGTCTCCATACACCCACGCACCTGTTTACTCATCATATGCATAAAAGAGCTGCACAAATCATAGAGTATAAAGAGGACCTCTAATTTTTTTACAAAATATAGGTTTACTTTTTGGCAAAATGCCTTACTTAGATGTAATAATGGACATATTTTTTTAGTTATATCGATTCCTGTTTTCGCTGAAATTTAAGATTAATAACTAAAACCGCTTTTTCATAGTAAATCCTTCGTCTATAACTAACTGTGCTAAATTATCTAGCAAACTGCTAATCTAATTTAATTTATCAAATTATAACTATATAGACCGAAATTTTAAATCATATCATATAATTAGCCTCTGCTTAATTTTTGTGTTTAAAAGTTTTAGTTTGCTCGAGTAATGTAGTTAATTAGAACTATATAATACATTTGTTACAAGATTTCTTTTAAATATTTTTTTCCTATCCAATAACGGATGATAATCATTGTTGCCAACTGGTATGGAAGGTAATAGCACCGGTGTGAGCCTAATATGCCATCTTCACGAACATAAGGCTATCTGATTATATAATAAGATTCCACAATGGAATTAATAAATAATAGTCTAAACGATATCGGGAACTTGTGATGTATATACTTTGGTATAATACATATGTGATTTAATTATTATTCTATATCAGAACATCAATTGTATATCGGATTAACATATTCATGTCATCTAGGAAGTATATGTAAGATAAATAATTTAATTAAGATGTTATTTTGCTAGTATACGTTTAAGTATCACTCACTATCTGTATATAAGTGAACCGACGAAACATTATCCCTGATTTTTTTACTTCTAATAGTACACATGAGACAATACTAGCACAAGTTAGTTTCGCAACAATGCTTGTTAGTAAATAAAAGAGCTTAAAGCTCGTCAATTCGCATTGTCAGAGTTACTTGAATGTTTTGTACTAGCGTCAGGTACGTTAGTATACGTTCTTCCTTCTAGAGGTATGTGGCTATGTGATCAAATATATGATATACGTATTTGCTCGATGTGTTTACTTTCACAAACTTGATCTGGAAATTAAAAAGATATTTTTTATCAAATTGGACAACGCTTTAACGGAACGAATCTACATTATAACTTGTATAATAAAAACAAAATTGCTGACAACAAAAGTGACTTTGAATTTTGTTTATTGTTATTAGCGAAAAACTTCCGTTTAGAAGGCGGATATTGATTGACACGATTTAATAGAAGGTTTGAGAAATAGATTAAATTAAATAGTTT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