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skyswordw/LXD_GPU_SERVER

 
 

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实验室GPU服务器的LXD虚拟化

实验室加了台GPU服务器用于深度学习,因为实验室人数比较多,但是每个人使用的软件千差万别,多人使用同一台的话,软件,环境,文件,配置杂七杂八。甚至还有小白会运行损害系统的命令
image
所以我们做了虚拟化。为什么使用LXD呢,而不是使用最热门的docker呢?
两者都是基于lxc虚拟化,而docker作为应用容器,LXD是系统容器(可以安装完整的桌面有没有很赞),更加接近我们的生产环境,想象一下,别人使用docker时,还要自己使用命令上传文件,运行程序。尤其是小白对着黑框框会很头疼。而自己打开远程,打开pycharm,美滋滋。去除什么linux不要用桌面的想法,9102年了,ubuntu桌面已经很稳定了。接下来就来安装使用吧

第一步:宿主机的安装与配置

服务器系统的安装

建议安装server版,通过ssh远程 ubuntu镜像
服务器一般有一块SSD和多块机械做成的RAID的阵列,系统安装在SSD(比较小)还有一块RAID阵列的数据盘

服务器显卡驱动的安装

(如不能访问,在pdf文件夹已经离线好)
显卡驱动安装,
安装NVIDIA显卡驱动、CUDA、cuDNN

第二步:lxd的安装与初始化

安装lxd

LXD 实现虚拟容器
ZFS 用于管理物理磁盘,支持LXD高级功能
bridge-utils 用于搭建网桥

安装LXD、ZFS和bridge-utils

sudo apt-get install lxd zfsutils-linux bridge-utils

配置网桥:

因为学校信息中心网络的限制,如果配置桥接网卡,会导致流量异常,直接断网,因此实现每人一个ip的方式失败,不得已我们采用端口监听的方式来实现各个容器的连接(如果你不想使用监听的方式请自行上网查询LXD配置桥接网卡)

配置ZFS

首先,我们运行sudo fdisk -l列出服务器上的可用磁盘和分区,我们有两块硬盘,第一块为系统盘,第二块为数据盘,现在我们将数据盘(/dev/sdb)分出需要使用的空间,作为容器的存储卷。

查看分区

sudo fdisk /dev/sdb

my-logo.png
按照下图分出了80GB的分区作为容器的存储卷,分区为/dev/sdb1,剩下的空间同理可以分区,可以作为服务器另外的应用使用
my-logo.png

创建块设备

在块设备 /dev/sdb1 上创建一个ZFS存储池

sudo lxc storage create zfs-pool zfs source=/dev/sdb1

LXD初始化

sudo lxd init

my-logo.png
因为我们已经创建好了一个叫zfs-pool的存储池,所以在lxd初始化时不需要创建新的储存池,之后在进行配置即可

再次配置

sudo lxc profile edit default

修改容器内默认磁盘大小

在配置时还将每个容器的硬盘大小限制为固定大小
(如果没有设置,容器里面的磁盘大小为整个储存池的大小)
my-logo.png

第三步:容器的创建

如果你嫌这一步制作容器母本比较麻烦,或者在安装远程连接软件出现问题,你可直接使用镜像备份直接导入我制作好的带桌面可远程的容器(容器不带英伟达驱动),详情在后面

加速源

使用清华的镜像源(加速创建)

sudo lxc remote add tuna-images https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/lxc-images/ --protocol=simplestreams --public

列出可用的镜像

sudo lxc image list tuna-images:

创建ubuntu容器

使用清华源中的ubuntu镜像创建一个叫test的容器

sudo lxc launch tuna-images:ubuntu/18.04 test

进入容器

sudo lxc exec test bash

我们登录的是root用户,在这个容器中已经存在了一个叫ubuntu的用户

修改密码

passwd root
passwd ubuntu

容器里的ubuntu是一个很精简的系统,需要安装各种软件

安装ssh

apt install ssh

通过ssh连接容器

查看容器与宿主机的ip

因为我们没有设置桥接网卡,不能从外部电脑访问容器(不能ping通容器的ip),因此我们采用端口监听的方式来访问我们的容器。

退出容器

exit

在宿主机查看容器

sudo lxc list

图中可知容器的ip地址为10.152.210.183

my-logo.png

查看宿主机ip地址

ip addr

可知宿主机ip为172.22.24.126

端口转发

sudo lxc config device add test proxy0 proxy listen=tcp:172.22.24.126:60601 connect=tcp:10.152.210.183:22 bind=host

60601是我们定的端口号,通过宿主机的60601端口号监听容器中22端口号(SSH默认端口号)

第四步:初始容器的配置

使用ssh连接容器并配置

ssh ubuntu@172.22.24.126 -p 60601

1. 更换源

备份原来的源

sudo mv /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak

编辑写入网易源 (中国源)

(注意系统版本 ubuntu 18.04 bionic)

sudo vim /etc/apt/sources.list

deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse

2. 为容器添加显卡

我们回到宿主机

为容器添加所有GPU:

lxc config device add yourContainerName gpu gpu

添加指定GPU:

lxc config device add yourContainerName gpu0 gpu id=0

安装驱动

添加好显卡后,就相当于我们给容器安装了显卡,我们回到容器,然后安装显卡驱动
与宿主机的显卡版本必须一致,安装方法参考第一步NVIDIA显卡驱动、CUDN、cuDNN的安装
需要注意的是容器里面安装显卡驱动时需要加上后面的参数,安装时不需要安装到内核

sudo sh ./NVIDIA-Linux-X86_64-[YOURVERSION].run --no-kernel-module

到了这一步可以看第七步:容器模板,将server版的容器导出为镜像,可供不需要桌面的同学使用(推荐可以使用VSCode安装Remote SSH插件连接远程服务器)

3. 安装图形化界面

刷新源

sudo apt update

安装无推荐软件的ubuntu桌面(默认安装gnome,完整安装会有很多无关的软件)

sudo apt install --no-install-recommends ubuntu-desktop

4.安装远程连接

使用安装脚本(安装git后下载我们之后需要用的东西)

sudo apt install git
git clone https://github.com/shenuiuin/LXD_GPU_SERVER

打开文件夹

cd LXD_GPU_SERVER/

赋予脚本可执行权限

sudo chmod a+x xrdp-installer-1.2.sh

脚本会下载一些文件,需要有Downloads文件夹

mkdir -p ~/Downloads

安装脚本

./xrdp-installer-1.4.2.sh -c -l -s

安装完成

my-logo.png

如果有其他桌面的需求

kde桌面环境以及xrdp安装
xfce桌面环境以及xrdp安装
xrdp解决声音重定向

5. 远程连接测试

端口转发

在安装好XRDP后,与之前一样,因为我们ping不通容器,所以我们需要使用宿主机的端口号监听容器的xrdp的端口

sudo lxc config device add test proxy1 proxy listen=tcp:172.22.24.126:60611 connect=tcp:10.152.210.183:3389 bind=host

远程连接

60611是我们定的端口号,通过宿主机的60611端口号监听容器中3389端口号(XRDP默认端口号)
可以通过windows的远程连接来使用容器(windows运行mstsc)
my-logo.png
接下来就是当普通的ubuntu来使用,比如可以找一些教程:安装完ubuntu必做的事等等

第五步:ubuntu的美化等配置

icon图标主题

sudo apt update
sudo apt install papirus-icon-theme

GTK主题

git clone https://github.com/vinceliuice/vimix-gtk-themes
cd vimix-gtk-themes
sudo ./vimix-installer

应用主题

主题安装好后用使用gnome-tweak-toos来应用主题
my-logo.png
还可以个性化你的ubuntu,比如加上最大化最小化按钮
my-logo.png

gnome扩展

推荐的这些扩展
my-logo.png

切换中文

系统的中文在Language Support。然后添加简体中文的语言将中文拖到第一项,然后应用到整个系统
my-logo.png

保留旧的名称

重启之后会有提示将文件夹的名字改成中文(最好还是用旧的名称,英文路径)
my-logo.png

安装需要的软件

搜狗输入法、谷歌浏览器等等

显示Linux系统信息

sudo apt install neofetch
neofetch

查看CPU运行以及内存占用情况

sudo apt install htop
htop

查看显卡运行情况

nvidia-smi

实时查看显卡运行情况(按照0.1s的频率实时刷新)

watch -n0.1 nvidia-smi

第六步:容器管理

查看zfs储存卷的占用情况

zpool list

为容器修改参数配置

我们不想每个人使用全部的硬件资源,所以还需要限制每个人的参数
容器参数配置说明

配置容器参数

lxc config edit YourContainerName

一般使用以下的配置即可满足

my-logo.png 其实在教程第二步的最后编辑默认磁盘大小的时候就已经在操作了(default)

配置默认容器参数(新容器的参数会继承default配置的参数,容器会优先使用自己的参数)

sudo lxc profile edit default

管理员须知

管理员应在桌面上新建使用说明read.txt,写下系统的版本等信息、安装了什么软件、各种注意事项等等

第七步:容器模板

我们把这个配置好的容器当成模板,保存为镜像。

停止容器

sudo lxc stop test

将test容器保存为ubuntudemo镜像

sudo lxc publish test --alias ubuntudemo --public

从模板镜像中新建容器

以后直接用模板镜像来创建容器,容器创建好后修改它的配置文件:添加端口映射(远程连接与SSH)、添加显卡(显卡驱动已经有了)、配置硬件参数,(可使用默认配置文件,使得新容器的参数继承于它,这一步就可以省略) my-logo.png

my-logo.png my-logo.png my-logo.png

番外

使用镜像备份直接导入容器(如果嫌制作容器麻烦或者有问题可直接导入)

下载我制作的镜像备份文件(ubuntu2004_xrdp,用户名和密码都为ubuntu)

https://pan.baidu.com/s/1AlnyEblEfP1ruIw9sg5Dtw 密码: cb25

拷贝至服务器,在该文件目录下导入镜像

lxc image import 4dd4710a11c146cbdbba13d7bc8c9fb69d7dca8fb93680b4a9285d2951b05db6.tar.gz --alias ubuntu_demo

就可以直接使用导入的镜像来创建容器,容器创建好后为它添加显卡和端口监听(远程连接与SSH),还有为容器安装显卡驱动(每个人的显卡驱动版本不同,我就没有安装了)

在lxd容器中使用docker

lxc config edit YourContainerName

在config中添加

my-logo.png

然后重启容器

lxc restart YourContainerName

共享目录

path1为宿主机路径,path2为容器内路径。

lxc config set yourContainerName security.privileged true
lxc config device add privilegedContainerName shareName disk source=path1 path=path2

若容器内对共享目录沒有权限,只需将宿主机目录路径权限给足

sudo chmod -R 777 path1

使用自定义lxd容器

上述lxd容器只能使用镜像源中,但如果我们想使用自己喜欢的发行版,或者自己已经有一台各方面已经调教满意的linux实体机,不想折腾了。这时候我们便可以将此系统移植到lxd中

接下来我以manjaro为例演示

my-logo.png

启用aur,安装xrdp、xorgxrdp

yay -S xrdp xorgxrdp

创建以下配置文件 /etc/X11/Xwrapper.config

allowed_users=anybody
needs_root_rights=auto

修改pam.d /etc/pam.d/xrdp-sesman

auth include system-remote-login
account include system-remote-login
password include system-remote-login
session include system-remote-login

修改 ~/.xinitrc

找到这行
local dbus_args=(--sh-syntax --e10.240.135.158xit-with-session)
改为
local dbus_args=(--sh-syntax)

启动服务与添加开机自启

sudo systemctl enable xrdp
sudo systemctl enable xrdp-sesman
sudo systemctl start xrdp
sudo systemctl start xrdp-sesman

测试远程连接,虚拟机可能需要桥接网卡才能访问

manjaro-rdp.png

准备一个linux live cd,可以使用ubuntu、manjaro等,实体机需要制作启动盘,使用rufus刻录即可

实体机U盘启动,虚拟机直接挂载镜像进入live cd

查看分区

sudo fdisk -l
manjaro03.png

这里/dev/sda1分区是安装的系统的根目录,我们将他挂载出来

如果还有其他的挂载点也需要挂载到/data1的相应目录,保证系统文件的完整性

sudo mkdir /data1
sudo mount /dev/sda1 /data1

这里/dev/sdb是我新加的一块硬盘,作为打包文件存放的地方,现在格式化并挂载,实体机可以直接挂载其他分区作为存放的地方

sudo mkfs -t ext4 /dev/sdb
sudo mkdir /data2
sudo mount /dev/sdb /data2

打包系统文件到/data2目录

cd /data2
sudo tar -cvzf rootfs.tar.gz -C /data1 .

创建metadata.yaml文件,根据自己的需要修改

architecture: "x86_64"
creation_date: 1584170077 # To get current date in Unix time, use date +%s command
properties:
architecture: "x86_64"
description: "manjaro_i3wm_xrdp"
os: "manjarolinux"
release: "kyina"

打包metadata.yaml文件

tar -cvzf metadata.tar.gz metadata.yaml

将这两个文件上传到服务器的同一个文件夹

现在我们连接到服务器,切换到那两个文件的目录

导入镜像

lxc image import metadata.tar.gz rootfs.tar.gz --alias manjaro_demo

接下来便可以当做正常的镜像使用

manjaro04.png

可能有些容器不能自动获取ipv4,可以在重启容器时进容器手动获取后添加dhclient开机自启

lxc exec manjaro-test bash
ip a
ip link set eth0 up
dhcpcd eth0
systemctl enable dhclient manjaro05.png

接下来就是为新容器添加显卡,并配置它的硬件参数,安装与宿主机一样版本的NVIDIA、CUDA、cuDNN驱动(可能会遇到gcc版本问题,降级即可)

目前测试成功的有manjaro、deepin(deepin直接安装xrdp)

manjaro06.png deepin.png

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实验室GPU服务器的LXD虚拟化

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