Rパッケージのインストールをmambaで行うように変更

[eitsupi]

例題中で使用されているRPostgreSQLとthemisは共にconda-forgeにあるためMRANからインストールするよりもmambaでインストールした方が良いと思います。

• （amd64を前提として）バイナリインストールできるため速くインストールできる
• RPostgreSQLのビルドに必要なlibpq-devのインストールは不要
• バージョン固定の記法が簡素

なお2021-10-05時点のバージョンはRPostgreSQL 0.6-2、DBI 1.1.1、themis 0.1.4ですがDBIはRPostgreSQLの依存関係なので明示しませんでした。

[eitsupi]

調べてみるとPipfileに記載されているPythonパッケージも全てconda-forgeにあるようなのでPythonパッケージとRパッケージを全部まとめてmambaでバージョン固定しても良いかも知れません。
（前提として、ベースイメージはmambaでパッケージ管理を行っているためなるべくmambaに寄せた方が良いと思います）

100knocks-preprocess/Pipfile

Lines 6 to 9 in 03aa690

	[packages]
	ipython-sql = "==0.3.9"
	psycopg2 = "==2.8.5"
	imblearn = "==0.0"

[massongit]

Pythonパッケージもmambaで固定した場合 (依存パッケージをDockerfile内に記述した場合)、Dependabotによるアップデートの対象外になるので (Pythonパッケージのアップデートを自動的に行ってくれなくなるので)、Pipfileの方が良さそうな気がしました。

[eitsupi]

ああ、すみません。ベースイメージ固定されていますしパッケージのバージョンを固定したいのかと思っていました。
テストあるから固定しなくても良いということでしたらRパッケージも固定しなくても大丈夫ですね。

[massongit]

まず前提としてPipfileやPipfile.lockはバージョンを依存関係も含めてバージョンを固定するためにあります。
そして、Dependabotと呼ばれるパッケージをアップデートを更新する仕組みはPipfileには対応していても、Dockerfile内に記述されたバージョン指定には対応していないので、mambaを使った場合は手動でのアップデートが必要になります。

RについてはMRAN依存しない形が望ましいので、mambaで良いと個人的には思います。

[massongit]

バージョンは固定したいですが、いつまでも古いバージョンのままだとそれはそれでまずいので、人手をあまりかけずにアップデートできるようにできたらいいですよね、と。

[eitsupi]

mambaはymlファイルを元にパッケージをインストールできるのでDockefile内ではなくそれを使うという意味でした。
ただ、dependabotは対応していないようです。(dependabot/dependabot-core#2227)

[KazuhiroM]

素敵なPRありがとうごさます！
MRANたまに繋がらなくなるの悩みの種でした

近日中に僕の方でも動作確認して取り込みたいと思いますmm

[KazuhiroM]

素敵です！

[sugarkeys]

mambaの導入に伴いまして、docker/doc/100knocks_guide.pdf の15ページ目、【コンテナ作成に失敗した場合】の「④Rのコードが実行されないケース」からハイパーリンクまでが不要になっているかもしれません。