-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 3
Home
WAD/Analysemodules Matlab Documentatie
Dit archief is bedoeld voor analyse modules geschreven in Matlab die gebruikt kunnen worden als onderdeel van de WAD software.
Voor de WAD software is een executable file nodig. Om Matlab broncode (m-files) te 'compileren' is een Matlab installatie met de Compiler licensie benodigd. Voor eindgebruikers van de WAD software die gebruik maken van de gecompileerde Matlab programma's is echter geen Matlab licensie benodigd. Wel noodzakelijk is de installatie van een Matlab runtime omgeving, de zogenaamde Matlab Compiler Runtime (MCR). De MCR is zonder beperking te downloaden of distribueren. Wel is het nodig dat de versie van de MCR combineert met de versie van Matlab waarmee de broncode gecompileerd is.
Als de WAD software op een Linux server geinstalleerd is, dan moet de analyse module geinformeerd zijn over de lokatie van de MCR installatie. De lokatie /usr/local/MCR staat momenteel "hard coded" in een opstartscript. De aanbeveling is om bij installatie van MCR op Linux dus ook de lokatie /usr/local/MCR in te voeren als installatie lokatie.
Verder gebruikt MCR libxp6, dit pakket moet geinstalleerd worden met [Ubuntu/Debian] sudo apt-get install libxp6 of [RedHat] sudo yum install libxp6. Bij nieuwe distributies moet het libxp6 pakket samen met de runtime omgeving gedownload worden en met sudo dpkg -i libxp6_1.0.2-2_amd64.deb geinstalleerd worden.
Voor WAD2 is er momenteel nog een afhankelijkheid van de python module 'dicom' te installeren met pip3 install --user dicom (voor python3) of pip install --user dicom (voor python2).
Benodigde Matlab licensies
- Image Processing Toolbox
- Curve Fitting Toolbox (alleen voor fMRI_Weisskoff test)
Compiler opties: voeg de map waar de actie functies in staan (met naam overeenkomstig de actie naam in de configuratie file) toe bij 'shared resources and helper files', dit komt overeen met de -a optie op de command line. Verder moeten de mappen WAD en xml_io_tools in het Matlab path staan.
Informatie over de Matlab-WAD interface: zie WAD_demo map voor een voorbeeld implementatie.