WAD_MR

De analysemodule WAD_MR voor WAD software is bedoeld voor analyse van opnames van het ACR fantoom, maar diverse onderdelen ('acties') zijn ook bruikbaar voor andere fantomen. De module is getest voor GE, Philips, Siemens en Toshiba MRI scanners.
De analysemodule kent onderstaande acties:

WAD_MR_TxAmplFreq: Transmitter amplitude en frequentie uit de DICOM header.
WAD_MR_geomXY: Geometrie in het beeldvlak van een ronde of elliptische doorsnede van fantoom. Deze module meet de diameter van het fantoom in horizontale en verticale richting. Bij gebruik van het ACR fantoom is dit de transversale doorsnede.
WAD_MR_geomZ: Geometrie in de lengterichting van een cylindisch fantoom. Bij het ACR fantoom is dit de sagitale doorsnede.
WAD_MR_SNR: SNR van het (phased array: gecombineerde spoelen) beeld, ghosting en signaal (B1) uniformiteit.
WAD_MR_SNR_MultiChannel: SNR analyse per spoelelement voor phased array spoelen.
WAD_MR_B0_uniformity: Uniformiteit van het statisch magneetveld.

Verder bevat deze pagina informatie over de WAD_MR configuratie file, en een voorbeeld configuratie file.

Voor een beschrijving van het scanprotocol zie WAD protocol MRI (te downloaden van DocMan op www.nvkf.nl).

Functionele beschrijving

WAD_MR_TxAmplFreq

Deze actie haalt een aantal parameters uit de DICOM header, te weten de transmitter amplitude en frequentie. De beschikbaarheid van deze parameters hangt af van het merk MR scanner. In de configuratie file moet gedefinieerd staan welke DICOM velden voor Amplitude en Frequentie gebruikt moeten worden. Zie verder hier.

Resultaten van de analyse

Transmitter - Amplitude: bij GE en Siemens beschikbaar in een privé veld
Transmitter - Freq Offset: wordt overgenomen uit DICOM veld ImagingFrequency (configureerbaar). Transmitter frequentie wordt gepresenteerd als verschil met een referentie frequentie, indien niet geconfigureerd wordt deze berekend uit de veldsterkte (DICOM veld MagneticFieldStrength).

WAD_MR_geomXY

Deze actie berekent diameter in horizontale en verticale richting van een rond (of elliptisch) fantoom. Alleen beelden zonder enige objecten in het fantoom zijn geschikt voor deze actie. De berekening bestaat uit de volgende stappen:

image interpolation (optional)
edge detection using Canny edge filter:
- calculate norm of gradient
- thresholding on norm of gradient
- thinning of edge by one of following two options: a) selection of pixel with largest gradient b) find zero-crossing of 2nd derivative by sub-pixel interpolation
fit ellipse to detected/selected edge points
selection of points based on angle (to exclude edge pixels at location of the air bubble in the phantom) and distance from fitted edge ( to exclude falsely detected edge points (2nd and 3rd iteration). These parameters are configurable.
repeat steps 3 and 4 twice (three iterations in total)

Resultaten van de analyse

Geometrie X - Diameter [mm]: horizontale diameter
Geometrie Y - Diameter [mm]: verticale diameter

Op resultaten niveau 2 wordt een afbeelding gepresenteerd die de gefitte ellips toont.

WAD_MR_geomZ

This action evaluates the length of the ACR phantom in head-feet direction on mid-saggital slice (the actual length is 148 or 147.5 mm)

Input: SAG series on ACR phantom, for best results rotate the image (in-plane rotation during slice planning) 2 to 5 degrees for edge pixel subsampling. Analysis is performed on first image in series

This action consists of the following seven steps:

Calculation of the row APPROXIMATELY centered in the middle of the phantom ("center row")
1. the image intensities along each row are summed
2. the gradient of summed intensities is calculated
3. the "upper row" is the max after multiplying the gradient with a function to find a positive step
4. the "lower row" is the min after multiplying the gradient with a function to fing a negative step The "center row" will be used for
- help finding the "center column"
- for finding the precise edges a given distance interval above and below the "center row" (to minimize the chance of detecting wrong edges)
Calculation of the column APPROXIMATELY centered in the middle of the phantom ("center column") It is used that a vertical "hole" aligned in the middle is present in the lower half of the phantom.
1. the image intensities below the "center row" along each column are summed
2. the "center column" is the maximum after multiplying the summed intensities with a function to find a symmetric minimum. The "center column" will be used for horizontal cropping of the binary edge image.
Edge detection in horizontal direction, using an edge filter. The result is a gradient image.
Cropping of the gradient image in horizontal direction to the "center column" plus and minus 45 mm Cropping is done for two reasons:
1. A more unambiguous assignment of distance between edges in case these edges are curved.
2. In the upper left corner a second edge (few millimeter lower than "real" edge) might also be detected. This unwanted edge can be aligned (towards the right) with the real edge in case this real edge is curved, giving rise to an unwanted peak in the Radon matrix. The cropped region is visualized in the output by vertical blue lines.
Radon transform. Lines (or aligned line segments) in the cropped edge image are found by means of a Radon transform.
Detection of two lines (or aligned line segments). Hereafter, "shift" (either positive or negative) corresponds to the difference between the "center row" of the phantom and the center row of the image.
1. Most pronounced straight line (or aligned line segments), for which
- shortest distance between line and center pixel is between 65+shift and 85+shift mm
- the point along the line closest to the center pixel is ABOVE the center row of the phantom.
1. Most pronounced straight line (or aligned line segments), for which ("shift" has now opposite sign)
- shortest distance between line and center pixel is between 65+shift and 85+shift mm
- the point along the line closest to the center pixel is BELOW the center row of the phantom The position of the maximum in the Radion transform is detected using the zero-crossing of the derivative. This allows (linear) interpolation. The lines (corresponding to edges in the original image) are visualized in the output by red lines.
Calculation of length of phantom. This length equals the sum of the two "shortest distances". For parallel lines, this corresponds to the distance between the lines. Each shortest distance (center pixel - edge) is visualized in the output by a red line.

Resultaten van de analyse

Geometrie Z - Lengte [mm]: lengte van het fantoom
Geometrie Z - Rotatie [graden]: in-plane rotatie van het fantoom (geen actie limiet)

Op resultaten niveau 2 worden 2 afbeeldingen getoond waarmee te controleren is of de analyse goed is verlopen: een edge beeld en het normale beeld, beiden met daarop de gefitte rand in rood, en de indicatie welk deel van de rand gefit is in blauw.

WAD_MR_SNR

Deze actie berekent SNR, ghosting en signaal (B1) uniformiteit.

SNR SNR wordt berekend door de gemiddelde waarde van het signaal S van een grote ROI in het fantoom te delen door de SD van een ROI in de achtergrond. De SD wordt berekend over alle pixels die binnen de 4 ROI's buiten het fantoom liggen, in de hoeken van het beeld. De berekende ratio S/SD wordt met een factor 0.655 vermenigvuldigd om te corrigeren voor het feit dat er een magnitude beeld gebruikt wordt. Dus:
SNR = 0.655 * S/SD
De fantoom ROI grootte, en de achtergrond ROI grootte en positie zijn configureerbaar.
Ghosting Voor de berekening van ghosting G wordt de ACR definitie aangehouden:
G = 100% * ( Sghost - Sbckg ) / (2.0 * S)
Waarbij Sghost de gemidddelde signaal is over de ghost ROI (rechthoekig, naast fantoom), van de twee ROI's aan beide zijden van het fantoom wordt het hoogste signaal genomen. Sbckg is het gemiddelde signaal van de ROI's in de 4 hoeken van het beeld, en S is het signaal in het fantoom.
Signaal (B1) uniformiteit Voor de signaal uniformiteit U wordt ook de ACR definitie aangehouden. Gezocht wordt naar de maximale (Smax) en minimale (Smin) signaalwaarde binnen een kleine ROI (grootte 1/10 van de fantoom ROI), waarbij het zoekgebied zich beperkt tot de fantoom ROI.
U = 100% * (1 - (Smax - Smin) / (Smax + Smin) )

Resultaten van de analyse

Combined coils - SNR: SNR
Row - Ghosting [%]: ghosting in horizontale richting
Col - Ghosting [%]: ghosting in horizontale richting
Fasecoderingsrichting: uit DICOM header, informatie voor interpretatie van ghosting.
Image - Uniformity [%]: uniformiteit

WAD_MR_SNR_MultiChannel

SNR berekend volgens WAD_MR_SNR, per spoel element van een phased array spoel. De spoel beelden moeten apart bewaard kunnen worden om deze berekening te maken, dit is alleen bij Siemens op een standaard manier mogelijk. Bij de andere fabrikanten is toegang tot Service of Research mode noodzakelijk. Actielimieten zijn momenteel niet mogelijk.

WAD_MR_B0_uniformity

Berekening van uniformiteit van het B0 veld. Aangezien dit zeer fabrikant-specifiek is, zijn er implementaties per fabrikant gemaakt. In de configuratie file moet worden aangegeven welke "read" functie er gebruikt moet worden. Momenteel zijn geimplementeerd:

PhilipsDoubleEcho Voor product versie protocol gradient echo met 2 echo tijden, en fase beelden.
TODO: Inlezen B0 map van een DIXON sequentie.
SiemensPhaseDifference Voor product versie B0-map, valt onder fMRI licensie. Let op dat de B0 map alleen met 2e orde shim mogelijk is (indien aanwezig) waardoor aanwezige verstoringen worden 'weggeshimt'.
SiemensServiceStimEcho Voor de service sequentie met stimulated echo's, dit geeft alleen een resultaat als beeld, maar geen getal.
GE_VUMC_custom Custom sequentie VUmc in research mode
GE_B0map Type-in product sequentie GE (scant alleen in iso-centrum)
ToshibaAAS Product auto shim. Wordt standaard niet met DICOM send verstuurd, vereist daarom speciale instelling DICOM node op de scanner

Configuratie file

Acties

WAD_MR_TxAmplFreq
Parameters <params>
Als de transmitter amplitude is opgeslagen als getal, in een privé veld field, moet de veld naam en het type data gegeven worden. Het type moet een Matlab data type zijn. Voorbeeld van de configuratie voor een GE scanner:

<params>
  <TxAmpl>
    <field>Private_0019_1094</field>
    <type>int16</type>
  </TxAmpl>
  <TxFreq>
    <field>ImagingFrequency</field>
    <!-- Option to set reference frequency in MHz -->
    <!-- <f0_MHz>127.0</f0_MHz> -->
  </TxFreq>
</params>

Als de transmitter amplitude als ascii tekst in een private field is opgeslagen, dan kan een tekenreeks (pattern) gegeven worden waarachter het getal van de transmitter amplitude te vinden is. Voorbeeld configuratie voor een Siemens scanner:

<params>
  <TxAmpl>
    <field>Private_0029_1020</field>
    <type>char</type>
    <pattern>flReferenceAmplitude = </pattern>
  </TxAmpl>
  <TxFreq>
    <field>ImagingFrequency</field>
    <!-- Option to set reference frequency in MHz -->
    <!-- <f0_MHz>127.0</f0_MHz> -->
  </TxFreq>
</params>

Het <type> mag achterwege gelaten worden voor standaard DICOM velden zoals ImagingFrequency.
De transmitter frequentie is doorgaans te vinden in het standaard DICOM veld ImagingFrequency.
Actielimieten <limits> zijn te definieren voor de parameters <TxAmpl> <TxFreq>
WAD_MR_geomXY
Parameters <params>

<params>
    <!-- image nummer voor geometrie -->
    <!-- toegestaan: <nummmer>, firstInSeries, lastInSeries -->
    <image>7</image>
    <!-- optie: interpolatie in beeld domein met factor 2-tot-de-macht <interpolPower> -->
    <!-- default waarde is 1 -->
    <interpolPower>1</interpolPower>
    <!-- optie: exclusie van luchtbel in fit van ellips, gedefinieerd als hoek in graden
    <!-- default waarde is 17 -->	    
    <excludeAngle_deg>17</excludeAngle_deg>
    <!-- optie: exclusie van pixels op afstand van de gefitte ellips, bij 2e en 3e iteratie -->
    <!-- default waardes zijn resp 20 en 10 -->
    <excludedst2_pix>20</excludedst2_pix>
    <excludedst3_pix>10</excludedst3_pix>
</params>

Actielimieten <limits> zijn te definieren voor de parameters <diameterX_mm> en <diameterY_mm>
WAD_MR_geomZ
Parameters <params>: geen (opmerking: het <params> moet wel gedefinieerd zijn, maar mag leeg blijven)
Actielimieten <limits> zijn te definieren voor de parameter <lengthZ_mm>
WAD_MR_SNR
Parameters <params>

<params>
    <!-- welk beeld te gebruiken? -->
    <!-- Custom VUmc sequentie met UserCV nograd=1 en saveinter=1 -->
    <!-- dus uncombined coil images van single slice -->
    <!-- toegestaan: <nummmer>, firstInSeries, lastInSeries, inNextSeries -->
    <image>lastInSeries</image>
    <!-- achtergrond ROI positie (vanuit centrum fantoom) voor SNR en ghosting -->
    <!-- let op: dit is voor beeld ZONDER 2D GradWarp! -->
    <!-- default waarde is 108, waarde in [mm]  -->
    <backgroundROIshift>112</backgroundROIshift>
    <!-- achtergrond ROI grootte voor SNR en ghosting -->
    <!-- default waarde is 7, waarde in [mm]  -->
    <backgroundROIsize>7</backgroundROIsize>
    <!-- Fantoom ROI grootte voor SNR, ghosting en uniformiteit -->
    <!-- default waarde is 75, waarde in [mm] -->
    <ROIradius>75</ROIradius>
    <!-- overige opties: zie WAD_MR_geomXY deze kunnen hier ook gebruikt worden -->
</params>

Actielimieten <limits> zijn te definieren voor de parameters <SNR> <ghostRow_percent> <ghostCol_percent> <imageUniformity_percent>
WAD_MR_SNR_MultiChannel
Parameters <params>

<params>
    <!-- Custom VUmc sequentie met UserCV nograd=1 en saveinter=1 -->
    <!-- dus uncombined coil images van single slice -->
    <!-- toegestaan: <nummmer>, firstInSeries, lastInSeries, inNextSeries -->
    <combinedImage>lastInSeries</combinedImage>
    <!-- achtergrond ROI positie (vanuit centrum fantoom) voor SNR en ghosting -->
    <!-- let op: dit is voor beeld ZONDER 2D GradWarp! -->
    <!-- default waarde is 108, waarde in [mm]  -->
    <backgroundROIshift>112</backgroundROIshift>
    <!-- achtergrond ROI grootte voor SNR en ghosting -->
    <!-- default waarde is 7, waarde in [mm]  -->
    <backgroundROIsize>7</backgroundROIsize>
    <!-- Fantoom ROI grootte voor SNR, ghosting en uniformiteit -->
    <!-- default waarde is 75, waarde in [mm] -->
    <ROIradius>75</ROIradius>
    <!-- overige opties: zie WAD_MR_geomXY deze kunnen hier ook gebruikt worden -->
</params>

Actielimieten <limits> zijn niet mogelijk met WAD_MR_SNR_MultiChannel
WAD_MR_B0_uniformity Voorbeeld configuratie van B0 uniformiteitsanalyse voor Philips:

<action>
    <!-- shim / B0 map -->
    <name>WAD_MR_B0_uniformity</name>
    <!-- series selectie -->
    <!-- 1e serie heeft 2 magnitude beelden, 2e serie 1 fase beeld. Analyse op 1e serie -->
    <match>ACR B0 MAP</match>
    <match field="ImagesInSeries">4</match>
    <!-- parameters -->
    <params>
	<!-- Vendor-specific import function for phase images. The actual Matlab function
	naming gets a prefix "WAD_MR_B0_read". -->
	<type>PhilipsDoubleEcho</type>
    </params>
</action>

Voorbeeld configuratie van B0 uniformiteitsanalyse voor Siemens (service STE sequentie):

<action>
    <!-- shim / B0 map -->
    <name>WAD_MR_B0_uniformity</name>
    <!-- series selectie -->
    <!-- 1e serie heeft 2 magnitude beelden, 2e serie 1 fase beeld. Analyse op 1e serie -->
    <match>ACR B0 FIELD</match>
    <!-- parameters -->
    <params>
	<!-- Vendor-specific import function for phase images. The actual Matlab function
	naming gets a prefix "WAD_MR_B0_read". -->
	<type>SiemensServiceStimEcho</type>
    </params>
</action>

Voorbeeld configuratie van B0 uniformiteitsanalyse voor Siemens (fMRI fieldmap sequentie):

<action>
    <!-- shim / B0 map -->
    <name>WAD_MR_B0_uniformity</name>
    <!-- series selectie -->
    <!-- 1e serie heeft 2 magnitude beelden, 2e serie 1 fase beeld. Analyse op 1e serie -->
    <match>ACR B0 MAP</match>
    <match field="ImagesInSeries">2</match>
    <match type="DICOM" field="SequenceName">*fm2d2</match>
    <!-- parameters -->
    <params>
	<!-- Vendor-specific import function for phase images. The actual Matlab function
	naming gets a prefix "WAD_MR_B0_read". -->
	<type>SiemensPhaseDifference</type>
    </params>
</action>

Voorbeeld configuratie file

Onderstaand een configuratie file voor een GE scanner

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>

<!--
    Configuratie voor WAD MR analyse module
-->

<WAD_MR_config>
    <!-- naam van de configuratie -->
    <name>GE</name>

    <!-- beschrijving -->
    <description>WAD MR configuratie voor GE scanners</description>

    <!-- versie / datum -->
    <version>1.1.0 / 20131126</version>
    
    <!-- Logfile verbose options -->
    <logverbose>
	<!-- mode: 0 = quiet, 1 = to logfile, 2 = to screen, 3 = to log + screen -->
	<mode>1</mode>
	<!-- level: 1 = normal, 2 = output series search -->
	<level>1</level>
    </logverbose>



    <!-- *** ACTIELIMIETEN *** -->

    <!-- TRANSMITTER -->
    <grens>
        <!-- AMPLITUDE: 105 +/- 15% en 30% -->
	<omschrijving>Transmitter</omschrijving>
	<grootheid>Amplitude</grootheid>
	<grens_relatief_referentie>105</grens_relatief_referentie>
	<grens_relatief_kritisch>30%</grens_relatief_kritisch>
	<grens_relatief_acceptabel>15%</grens_relatief_acceptabel>
    </grens>
    <grens>
        <!-- FREQUENCY: 0.001% en 0.0005% equivalent aan 635 en 1270 Hz @ 127 MHz -->
	<omschrijving>Transmitter</omschrijving>
	<grootheid>Freq Offset</grootheid>
	<eenheid>Hz</eenheid>
	<grens_relatief_referentie>34820</grens_relatief_referentie>
	<grens_relatief_kritisch>1270</grens_relatief_kritisch>
	<grens_relatief_acceptabel>635</grens_relatief_acceptabel>
    </grens>

    <!-- GEOMETRIE -->
    <grens>
        <!-- GEOMETRIE X voor ACR phantom: 190 +/- 1.0 and 1.5 mm -->
	<omschrijving>Geometrie X</omschrijving>
	<grootheid>Diameter</grootheid>
	<eenheid>mm</eenheid>
	<grens_relatief_referentie>190.0</grens_relatief_referentie>
	<grens_relatief_kritisch>1.5</grens_relatief_kritisch>
	<grens_relatief_acceptabel>1.0</grens_relatief_acceptabel>
    </grens>
    <grens>
        <!-- GEOMETRIE Y voor ACR phantom: 190 +/- 1.0 and 1.5 mm -->
	<omschrijving>Geometrie Y</omschrijving>
	<grootheid>Diameter</grootheid>
	<eenheid>mm</eenheid>
	<grens_relatief_referentie>190.0</grens_relatief_referentie>
	<grens_relatief_kritisch>1.5</grens_relatief_kritisch>
	<grens_relatief_acceptabel>1.0</grens_relatief_acceptabel>
    </grens>
    <grens>
        <!-- GEOMETRIE Z voor ACR phantom: 147.5 +/- 1.0 and 1.5 mm -->
	<omschrijving>Geometrie Z</omschrijving>
	<grootheid>Lengte</grootheid>
	<eenheid>mm</eenheid>
	<grens_relatief_referentie>147.5</grens_relatief_referentie>
	<grens_relatief_kritisch>1.5</grens_relatief_kritisch>
	<grens_relatief_acceptabel>1.0</grens_relatief_acceptabel>
    </grens>
    <!-- no action limits for rotationSAG_deg -->

    <!-- SNR / Ghosting / Image uniformity -->
    <grens>
	<!-- SNR Combined Coils: +/- 10% and 20% -->
        <grootheid>SNR</grootheid>
	<omschrijving>Combined coils</omschrijving>
	<grens_relatief_referentie>580</grens_relatief_referentie>
	<grens_relatief_kritisch>20%</grens_relatief_kritisch>
	<grens_relatief_acceptabel>10%</grens_relatief_acceptabel>
   </grens>   
   <grens>
	<!-- GHOSTING: max 0.5 en 1.0 % -->
	<grootheid>Ghosting</grootheid>
	<eenheid>%</eenheid>
	<omschrijving>Row</omschrijving>
	<grens_acceptabel_onder>0</grens_acceptabel_onder>
	<grens_acceptabel_boven>0.5</grens_acceptabel_boven>
	<grens_kritisch_onder>0</grens_kritisch_onder>
	<grens_kritisch_boven>1</grens_kritisch_boven>
   </grens>
   <grens>
	<!-- GHOSTING: max 0.5 en 1.0 % -->
	<grootheid>Ghosting</grootheid>
	<eenheid>%</eenheid>
	<omschrijving>Col</omschrijving>
	<grens_acceptabel_onder>0</grens_acceptabel_onder>
	<grens_acceptabel_boven>0.5</grens_acceptabel_boven>
	<grens_kritisch_onder>0</grens_kritisch_onder>
	<grens_kritisch_boven>1</grens_kritisch_boven>
    </grens>
    <grens>
	<!-- UNIFORMITEIT: 3% en 6% -->
	<grootheid>Uniformity</grootheid>
	<eenheid>%</eenheid>
	<omschrijving>Image</omschrijving>
	<grens_relatief_referentie>80</grens_relatief_referentie>
	<grens_relatief_kritisch>6%</grens_relatief_kritisch>
	<grens_relatief_acceptabel>3%</grens_relatief_acceptabel>
    </grens>

    <!-- B0 UNIFORMITY: max 1.5 en 2.0 ppm -->
    <grens>
	<grootheid>Uniformity</grootheid>
	<eenheid>ppm</eenheid>
	<omschrijving>B0</omschrijving>
	<grens_acceptabel_onder>0</grens_acceptabel_onder>
	<grens_acceptabel_boven>1.5</grens_acceptabel_boven>
	<grens_kritisch_onder>0</grens_kritisch_onder>
	<grens_kritisch_boven>2</grens_kritisch_boven>
    </grens>






    <!-- *** ACTIES *** -->

<!--
    Lijst van analyses (acties)
    De configuratie is per Matlab functie:
    - <name> naam van de Matlab functie (zie documentatie voor valide funties)
    - <match> series description: indien gelijk wordt de functie gestart
      <match field="SeriesDescription"> idem
      <match type="DCM4CHEE" field="SeriesDescription"> idem
      <match field="ImagesInSeries"> aantal beelden in de DICOM serie: indien gelijk wordt de functie gestart
      <match type="DICOM" field="SequenceName"> DICOM veld inhoud: indien gelijk wordt de functie gestart
      Valide "DCM4CHEE" velden (uit de DCM4CHEE database) zijn SeriesDescription en ImagesInSeries (aantal beelden in serie).
      NB: test op DICOM veld is trager dan "interne" velden.
    - optioneel: <autoComment> kopieer een tekst of float DICOM veld naar resultaten, bijv StudyComment
    - optioneel: <params> configuratie parameters per funtie
-->

    <action>
	<!-- Transmitter amplitude and frequency -->
	<name>WAD_MR_TxAmplFreq</name>
	<!-- series selectie -->
	<match>ACR TRA T1</match>
	<!-- auto comment field -->
	<autoComment>
	    <description>QC Study Comment</description>
	    <field>AdditionalPatientHistory</field>
	    <level>1</level>
	</autoComment>
	<autoComment>
	    <description>Scanner Software Version</description>
	    <field>SoftwareVersion</field>
	    <level>2</level>
	</autoComment>
	<!-- parameters -->
	<params>
	    <!-- scanner-specifieke DICOM info -->
	    <TxAmpl>
		<field>Private_0019_1094</field>
		<type>int16</type>
	    </TxAmpl>
	    <TxFreq>
		<field>ImagingFrequency</field>
		<!-- Optional: set reference frequency in MHz -->
		<!-- <f0_MHz>127.0</f0_MHz> -->
	    </TxFreq>
	</params>
    </action>
    
    <action>
	<!-- Geometry Z-axis: length of ACR phantom -->
	<name>WAD_MR_geomZ</name>
	<!-- series selectie -->
	<match>ACR SAG LOC</match>
    </action>

    <action>
	<!-- Geometry X and Y-axis: diameter of ACR phantom -->
	<name>WAD_MR_geomXY</name>
	<!-- series selectie -->
	<match>ACR TRA T1</match>
	<!-- parameters -->
	<params>
	    <!-- image nummer voor geometrie -->
	    <!-- toegestaan: <nummmer>, firstInSeries, lastInSeries -->
	    <image>7</image>
	    <!-- optie: interpolatie in beeld domein met factor 2-tot-de-macht <interpolPower> -->
	    <!-- default waarde is 1 -->
	    <!-- <interpolPower>1</interpolPower> -->
	    <!-- optie: exclusie van luchtbel in fit van ellips, gedefinieerd als hoek in graden -->
	    <!-- default waarde is 17 -->	    
	    <!-- <excludeAngle_deg>17</excludeAngle_deg> -->
	    <!-- optie: exclusie van pixels op afstand van de gefitte ellips, bij 2e en 3e iteratie -->
	    <!-- default waardes zijn resp 20 en 10 -->
	    <!-- <excludedst2_pix>20</excludedst2_pix> -->
	    <!-- <excludedst3_pix>10</excludedst3_pix> -->
	</params>
    </action>

    <action>
	<!-- SNR, ghosting en signaal (B1) homogeniteit -->
	<name>WAD_MR_SNR</name>
	<!-- series selectie -->
	<match>ACR SNR 8CH</match>
	<!-- parameters -->
	<params>
	    <!-- welk beeld te gebruiken? -->
	    <!-- Custom VUmc sequentie met UserCV nograd=1 en saveinter=1 -->
	    <!-- dus uncombined coil images van single slice -->
	    <!-- toegestaan: <nummmer>, firstInSeries, lastInSeries, inNextSeries -->
	    <image>lastInSeries</image>
	    <!-- achtergrond ROI positie (vanuit centrum fantoom) voor SNR en ghosting -->
	    <!-- let op: dit is voor beeld ZONDER 2D GradWarp! -->
	    <!-- default waarde is 108, waarde in [mm]  -->
	    <backgroundROIshift>112</backgroundROIshift>
	    <!-- achtergrond ROI grootte voor SNR en ghosting -->
	    <!-- default waarde is 7, waarde in [mm]  -->
	    <backgroundROIsize>7</backgroundROIsize>
	    <!-- Fantoom ROI grootte voor SNR, ghosting en uniformiteit -->
	    <!-- default waarde is 75, waarde in [mm] -->
	    <ROIradius>75</ROIradius>
	    <!-- overige opties: zie WAD_MR_geomXY deze kunnen hier ook gebruikt worden -->
	</params>
    </action>

    <action>
	<!-- SNR of separate channels of a multi-channel coil -->
	<name>WAD_MR_SNR_MultiChannel</name>
	<!-- series selectie -->
	<match>ACR SNR 8CH</match>
	<!-- parameters -->
	<params>
	    <!-- Custom VUmc sequentie met UserCV nograd=1 en saveinter=1 -->
	    <!-- dus uncombined coil images van single slice -->
	    <!-- toegestaan: <nummmer>, firstInSeries, lastInSeries, inNextSeries -->
	    <combinedImage>lastInSeries</combinedImage>
	    <!-- achtergrond ROI positie (vanuit centrum fantoom) voor SNR en ghosting -->
	    <!-- let op: dit is voor beeld ZONDER 2D GradWarp! -->
	    <!-- default waarde is 108, waarde in [mm]  -->
	    <backgroundROIshift>112</backgroundROIshift>
	    <!-- achtergrond ROI grootte voor SNR en ghosting -->
	    <!-- default waarde is 7, waarde in [mm]  -->
	    <backgroundROIsize>7</backgroundROIsize>
	    <!-- Fantoom ROI grootte voor SNR, ghosting en uniformiteit -->
	    <!-- default waarde is 75, waarde in [mm] -->
	    <ROIradius>75</ROIradius>
	    <!-- overige opties: zie WAD_MR_geomXY deze kunnen hier ook gebruikt worden -->
	</params>
    </action>

    <action>
	<!-- shim / B0 map -->
	<name>WAD_MR_B0_uniformity</name>
	<!-- series selectie -->
	<match>B0_MAP</match>
	<!-- parameters -->
	<params>
	    <!-- Vendor-specific import function for phase images. The actual Matlab function
	    naming gets a prefix "WAD_MR_B0_read". -->
	    <type>GE_VUMC_custom</type>
	</params>
    </action>

</WAD_MR_config>

Provide feedback

Saved searches

Use saved searches to filter your results more quickly

WAD_MR

Functionele beschrijving

WAD_MR_TxAmplFreq

WAD_MR_geomXY

WAD_MR_geomZ

WAD_MR_SNR

WAD_MR_SNR_MultiChannel

WAD_MR_B0_uniformity

Configuratie file

Acties

Voorbeeld configuratie file

Clone this wiki locally